El análisis del metaboloma con cobertura de todos los componentes posiblemente detectables en la muestra, en lugar del análisis de cada metabolito individual en un momento dado, se puede lograr mediante el análisis metabólico. Los enfoques dirigidos y/o no dirigidos se aplican según sea necesario para experimentos particulares. El seguimiento de cientos o más metabolitos en un momento dado requiere técnicas de alto rendimiento y de alta gama que permitan el cribado de los cambios relativos, en lugar de las concentraciones absolutas, de los compuestos dentro de un amplio rango dinámico. La mayoría de las técnicas analíticas útiles para estos fines utilizan módulos de separación GC o HPLC/UPLC acoplados a un espectrómetro de masas rápido y preciso. Las separaciones por GC requieren una modificación química (derivatización) antes del análisis, y funcionan eficazmente para las moléculas pequeñas. Las separaciones por HPLC son más adecuadas para el análisis de compuestos polares y no polares lábiles y no volátiles en su forma nativa. Las técnicas de infusión directa y las basadas en la RMN se utilizan sobre todo para la toma de huellas dactilares y el fenotipado instantáneo, en su caso. El descubrimiento y la validación de biomarcadores metabólicos son oportunidades interesantes y prometedoras que ofrece el análisis metabólico aplicado a los experimentos biológicos y biomédicos. Hemos demostrado que las técnicas GC-TOF-MS, HPLC/UPLC-RP-MS e HILIC-LC-MS utilizadas para el análisis metabólico ofrecen un mapeo del metaboloma suficiente que proporciona a los investigadores datos seguros para el posterior análisis multivariante y la minería de datos.