Za knížecích biskupů

V roce 1516 došlo v ústavě Černé Hory ke změně, která podle mnohých historiků zajistila její přežití jako nezávislého státu. Poslední z dynastie Crnojevićů odešel do Benátek a nástupnictví svěřil cetinjským biskupům. Dříve byla loajalita drobných náčelníků a rolníků vůči jejich vládcům nestálá. Nebylo neobvyklé, že politická kontrola na celém Balkáně přecházela od slovanských vládců k osmanským Turkům, a to nikoliv z důvodu porážky prvních v bitvě, ale proto, že si místní velmoži nedokázali zajistit podporu svých poddaných. V Černé Hoře přinesla pozice vladika, jak se říkalo knížeti-biskupovi, stabilitu vedení území. Propojení církve a státu ji vyzdvihovalo v očích rolnictva, institucionalizovalo určitou formu nástupnictví a vylučovalo možnost kompromisního spojenectví s Turky.

Přesto bylo toto období pro malou, tehdy vnitrozemskou Černou Horu, která byla téměř neustále ve válce s Osmanskou říší, obtížné. Samotné Cetinje bylo dobyto v roce 1623, v roce 1687 a znovu v roce 1712. Tři faktory vysvětlují, proč se Osmanům nepodařilo ji zcela podmanit: nepoddajný odpor obyvatelstva, nehostinný charakter terénu (v němž prý „malá armáda je poražena, velká umírá hlady“) a obratné využití diplomatických vazeb s Benátkami.

Od roku 1519 do roku 1696 byla funkce vladyky volitelná, ale v posledním roce byl do této funkce zvolen Danilo Nikola Petrović (jako Danilo I.) s novým ustanovením, že může jmenovat svého nástupce. Ačkoli východní pravoslavní duchovní mají obecně povoleno uzavírat manželství, od biskupů se vyžaduje celibát; Danilo proto předal svůj úřad synovci, čímž založil tradici, která trvala až do roku 1852.

Za Danilovy vlády došlo v širším evropském kontextu pro Černou Horu ke dvěma důležitým změnám: postupně se zvrátila expanze osmanského území a Černá Hora našla v Rusku nového mocného patrona, který nahradil upadající Benátky. Odeznívání osmanského přílivu se ukázalo jako významné pro černohorskou náboženskou identitu, která se zdá být v průběhu 18. století obzvláště nestabilní. Navzdory nastolení pravoslavného teokratického zřízení a apokryfnímu masovému vyvražďování těch, kteří konvertovali k islámu („černohorské nešpory“ na Štědrý den roku 1702), existují sporné důkazy o tom, že černohorské linie se pohybovaly velmi proměnlivým způsobem nejen mezi římskokatolickou a muslimskou vírou, ale také mezi černohorskou a albánskou identitou. Zdá se, že vzhledem k nejistotě, kdo má v regionu moc, byla rozmanitost často považována za jakousi kolektivní pojistku. Černohorská pravoslavná identita se však postupně stabilizovala s úpadkem osmanské moci. Římský katolicismus si v oblasti udržel pozici a teprve v moderní době se černohorští katolíci identifikovali jako Chorvati.

Nastoupení Benátek ruským patronátem bylo obzvláště významné, neboť přineslo finanční pomoc (po návštěvě Danila I. u Petra Velikého v roce 1715), skromný územní zisk a v roce 1799 formální uznání nezávislosti Černé Hory jako státu pod vládou vladyky Petra Petroviče Njegoše (Petra I.) osmanskou Portou. Ruská podpora na Vídeňském kongresu v roce 1815 po konečné porážce francouzského císaře Napoleona I. nezajistila Černé Hoře východ k moři, přestože se Černohorci v roce 1806 podíleli na obsazení Kotorského zálivu francouzskými vojsky.

.