Mnoho tradičních kontraindikací hormonální substituční léčby (HRT) je založeno na teoretickém potenciálu těchto hormonů zhoršit chorobný proces a jen zřídka se zakládají na podpůrných údajích. Tento přehled se zabývá dostupnými údaji a nedostatkem údajů, které ztěžují předepisování HRT u řady běžných onemocnění. Za každých okolností se předpokládá, že byly vyzkoušeny konzervativní terapie založené na důkazech a že menopauzální symptomy zůstávají vysilující a snižují kvalitu života. Přizpůsobení přípravku, dávky, způsobu podání a režimu může zabránit některým teoretickým rizikům HRT u konkrétních žen nebo stavů a pro každou komorbiditu jsou uvedeny pokyny. Konkrétně se hovoří o tom, že HRT šitá na míru může být použita bez silných důkazů o škodlivém účinku po karcinomu vaječníků, karcinomu endometria, většině dalších gynekologických nádorů, karcinomu střev, melanomu, rodinné anamnéze karcinomu prsu, nezhoubném onemocnění prsu, u nosiček mutací BRACA, po karcinomu prsu, pokud se nepoužívá adjuvantní léčba, prodělané tromboembolii, křečových žilách, myomech a prodělané endometrióze. Relativní kontraindikací je existující kardiovaskulární a cerebrovaskulární onemocnění a karcinom prsu léčený adjuvantní terapií. Za všech těchto obtížných okolností se doporučuje konzultace s dalšími pečujícími osobami a písemný souhlas, ale žádné onemocnění není absolutní kontraindikací HRT, pokud je pochopeno potenciální riziko, pokud je HRT účinná při kontrole symptomů a pokud je nejdůležitější kvalita zbývajícího života.