Dne 29. ledna 1861 byl Kansas přijat do Unie jako svobodný stát, což byla porážka jižanské strany. I poté zůstal jižanský živel pevně zakotven v mnoha obcích východního Kansasu. Po vypuknutí občanské války vstoupilo asi 20 000 missourských mužů do armády Unie, zatímco asi 1 000 se přidalo ke konfederačním silám. Mnoho jižanů však vrhlo celé srdce na podporu Unie, protože chtěli, aby Kansas zůstal jejich domovem.

Přechod od teritoriálního statusu ke státnosti vykoupil některé změny v typech pevností existujících v Kansasu. Zmizela stranická rivalita. Stále však existovalo mnoho osadnických pevností na ochranu před útoky indiánů. Pravděpodobně pouze jeden tábor, Livingston’s Hideout, existoval během občanské války v Kansasu jako konfederační stanoviště. Další stálé úkryty však mohly existovat na kansaské straně hranice v oblastech Wyandotte (Kansas City) a Olathe. Všechny ostatní se nacházely na straně Unie. Také počet pevností se zvýšil. V roce 1861 jich měl stát 26 a do roku 1864 se jejich počet zvýšil na 43. Na konci války v roce 1865 měl stát ještě 36 fortů a postů.

Forty stále sloužily podobným účelům jako v teritoriálních dobách. Armáda některé udržovala na ochranu cestujících a osadníků před indiány. Některé z nových armádních postů však byly zřízeny na ochranu obcí podél hranice mezi Kansasem a Missouri před pravidelnými a partyzánskými jednotkami Konfederace.

Další armádní posty, jako Fort Scott, Fort Leavenworth a Fort Riley, sloužily jako správní velitelství v řetězci pevností táhnoucích se po celém západě. Forty Leavenworth a Scott se také staly hlavními základnami operací s cílem získat zpět od Konfederace části indiánského území, Missouri a Arkansasu. Riley, Leavenworth a Scott byly využívány k dalším různým účelům. Občas se ve všech třech z nich nacházelo mnoho konfederačních zajatců. Leavenworth byl využíván k přeměně zajatých konfederátů na „galvanizované Yankee“.

Tito galvanizovaní Yankeeové byli konfederační zajatci organizovaní do nových unijních rot používaných k obsazování pohraničních pevností hluboko v indiánských územích. Nikdy nebyli použiti k boji proti kolegům z Konfederace, protože mohli odmítnout bojovat proti svým bývalým spojencům. Většina galvanizovaných Yankees se do takových jednotek pravděpodobně přihlásila, aby unikla ponurým podmínkám v zajateckých táborech.

Těmito „napravenými“ konfederáty opovrhovali ostatní vojáci Unie, protože ti usoudili, že tito muži se nejprve osvědčili jako zrádci Unie a pak se stali zrádci Konfederace. Byli tedy považováni za dvojí zrádce bez jakýchkoli vykupitelských vlastností. Galvanizovaní Yankeeové také nemohli doma na Jihu očekávat žádný respekt za to, že vstoupili do armády Unie. Nebylo divu, že po nasazení ve velkém počtu dezertovali.

Fort Zarah a Fort Larned měly po určitou dobu posádky s velkým počtem těchto bývalých zajatců Konfederace. Důvodem, proč se Unie uchýlila k vybavení konfederačními zajatci, byla skutečnost, že armáda mohla postrádat jen málo mužů, kteří by chránili stezky a osadníky.

Shodou okolností byla většina pevností zřízených armádou někdy zcela obsazena dobrovolníky nebo jednotkami domobrany, které byly shromážděny pro boj s Konfederací. K dalším funkcím, které armádní pevnosti plnily, patřilo, že sloužily jako poštovní úřady a stávaly se sídly indiánských agentur. Jedna pevnost, Fort Lincoln, sloužila po určitou dobu jako vězení pro zajaté konfederáty.

Po zahájení občanské války zřídilo mnoho obcí pevnosti, většinou postavené z klád. Některé z těchto fortů měly jedinečné povinnosti. V Humboldtu byla jedna z nich opevněným mlýnem, zatímco jiná byla opevněným skladem drogistického zboží. Fort Drinkwater sloužil jako poštovní úřad a Fort Montgomery (Eureka) jako školní budova.

Síla vojenských a obecních fortů se značně lišila. Překvapivě některé forty postavené komunitami byly podstatně lépe hájitelné než některé postavené armádou. Několik velmi silných fortů však bylo zřízeno armádou. Fort Sully, postavený nad pevností Leavenworth, byl postaven na takovém místě, že byl prakticky nedobytný. Tábor Bena Butlera v Baxter Springs se rovněž nacházel na prakticky nedobytném místě.

Mezi slabší pevnosti patřil Fort Larned, původně postavený převážně z cihel. Pro mnoho vojenských pevností bylo typické, že začínaly jako skupiny budov a zemljanek krytých drny, které by bylo obtížné bránit, kdyby proti nim byly podniknuty útoky v plném rozsahu. Forty Dodge a Zarah také začínaly jako slabé pevnosti. Zarah se nakonec proměnil v jeden z nejsilnějších fortů státu.

Tři události způsobily, že Kansas po vypuknutí občanské války rychle budoval další forty a stanoviště. Jednou z nich byla neúspěšná snaha armády zbavit východní Kansas útoků konfederačních partyzánů. Dvakrát, v letech 1861 a 1862, se do jihovýchodního Kansasu přesunuly pravidelné konfederační jednotky. Také indiánské síly Konfederace pod vedením podplukovníka Johna Jumpera se v květnu 1862 zorganizovaly, aby se zmocnily pevnosti Fort Larned v jihozápadním Kansasu. Indiáni o tento podnik ztratili zájem a pevnosti nikdy nedosáhli. Hlavní starostí armády však byla ochrana Kansasu před partyzánskými bandami, které terorizovaly obyvatele na obou stranách hranice mezi Kansasem a Missouri.

13. března 1863 byl plukovník Thomas Ewing mladší povýšen na brigádního generála a bylo mu svěřeno velení Hraničního distriktu, který zahrnoval celý Kansas a také části dalších jurisdikcí. K Ewingovým povinnostem patřilo udržovat hranici v bezpečí před partyzánskými útoky. Za tímto účelem se Ewing rozhodl rozmístit armádní stanoviště podél hranice mezi Kansasem a Missouri od řeky Missouri na severu až po hranici s Indiánským teritoriem na jihu. Chtěl mít dostatek stanovišť, aby nebyla od sebe vzdálena více než deset mil. Byla vybudována taková nová stanoviště jako Coldwater Grove, Potosi a řada stanovišť u Baxter Springs.

V létě 1863 se předpokládalo, že řetězec stanovišť podél hranice ukončí partyzánská přepadení v Kansasu. Došlo však k řadě malých nájezdů, k jednomu došlo až na západě v Council Grove. Partyzáni unikali armádním jednotkám, z nichž mnohé byly na hlídkovou službu příliš nezkušené. Kromě toho měly jednotky Unie mnohdy koně a zbraně horší kvality než partyzáni. A konečně, několik důstojníků Unie pod Ewingovým velením bylo vyloženě nekompetentních.

Přesto zavládl falešný pocit bezpečí. Lawrence například dokonce přijal vyhlášku, která jeho obyvatelům zakazovala držení střelných zbraní na území města. Všechny zbraně a střelivo měly být uzamčeny v městské zbrojnici. Dokonce ani rekruti ve dvou táborech ve městě neměli žádnou munici a velitel oddílu vojáků v Lawrence musel mít své poboční zbraně ve zbrojnici.

Tento falešný pocit bezpečí byl jednoho horkého a slunečného srpnového dne náhle narušen. Odpoledne 20. srpna vjel partyzánský velitel William C. Quantrill s téměř 450 stoupenci do Kansasu a zamířil k Lawrence. Překvapivě řada jednotlivců odhalila Quantrillův pohyb a posádka v Aubry, západně od hranic s Missouri, sledovala průjezd partyzánů poblíž svého stanoviště. Velitel stanoviště se ani neobtěžoval pokusit se procházející jednotky identifikovat.

Na druhý den ráno vtrhli Quantrillovi muži do bezbranného Lawrence a spáchali jedno z nejhorších zvěrstev občanské války. Velká část Lawrence byla vypleněna a vypálena. Asi 180 mužů a chlapců, prakticky všichni bezbranní, bylo zastřeleno. Asi 6 000 vojáků Unie a kansaských a missourských milicionářů se pokusilo partyzány zajmout nebo zničit, ale prakticky všichni partyzáni unikli. Ustupující partyzáni při svém kvapném ústupu dokonce dočasně obsadili stanoviště v Paole.

Ewing reagoval vydáním generálního rozkazu č. 11, který nařizoval faktické vylidnění rozsáhlé oblasti na missourské straně hranice. Součástí záměru bylo připravit partyzány o operační základnu. Útoky partyzánů však neustávaly a mnoho nevinných obyvatel Missouri bylo Ewingovým nařízením potrestáno.

Quantrill dokonce 6. října zaútočil na pevnost Fort Blair (Fort Baxter) u dnešního Baxter Springs. Přestože se pevnost podařilo udržet, bylo zabito 91 vojáků Unie a zaměstnanců armády a asi 25 jich bylo zraněno. Podle odhadů bylo zabito tři až 30 partyzánů a nejméně tři byli zraněni. Mnoho vojáků Unie, kteří toho dne zemřeli, se vzdalo Quantrillovým mužům, kteří je pak zavraždili v dalším z nejhorších válečných zvěrstev.

Shodou okolností většina stanovišť zřízených Ewingem zůstala zachována, přestože se nepodařilo zastavit nájezdy partyzánů. Poskytovaly určitý odstrašující účinek. Bez nich by se pravděpodobně uskutečnilo více nájezdů.

V roce 1864 vedly zvýšené střety s indiány k výstavbě nových komunitních a armádních pevností. V březnu 1864 se zřejmě konalo mnoho porad mezi indiánskými kmeny, jejichž předmětem byla snaha udržet bělochy mimo oblasti obsazené indiány. Koncem jara začali indiáni z plání napadat bělošské osady a pocestné v západních dvou třetinách Kansasu ve snaze vytlačit bělochy.

Jedním z výsledků byl výskyt nájezdů s cílem zajistit koně z pevností Fort Larned a Fort Ellsworth. Také proto, že všechny jednotky, které bylo možné ušetřit, byly poslány do boje proti Konfederaci, byly k posílení některých posádek použity galvanizované jednotky Yankeeů. Některé osadnické pevnosti byly využity k ochraně obcí před indiánskými útoky. Na ochranu oblastí před nepřátelskými indiány byla vybudována řada nových armádních stanovišť a obecních pevností. Západní dvě třetiny Kansasu byly obléhány po celou následující zimu.

Na podzim roku 1864 byl generálmajor Sterling Price, bývalý guvernér Missouri, vybrán, aby vedl invazi Konfederace (Price’s Missouri Raid) s cílem dobýt St. Louis a vtrhnout do Illinois. Tato invaze začala 28. srpna, kdy Price vyrazil na jihozápad Arkansasu s 12 000 špatně vybavenými vojáky. Očekával, že dobude a udrží St. Louis. Když se zde setkal s 6 000 vojáky Unie, Price změnil své plány. Místo toho se rozhodl získat Missouri zpět pro Konfederaci.

Price byl neustále konfrontován s federálními jednotkami nebo milicemi státu Missouri a nebyl schopen trvale obsadit žádné oblasti. Jeho invaze se změnila ve slavný nájezd, protože byl odříznut od podpory Konfederace v Arkansasu a Texasu. Když se však Price obrátil ze St. Louis na západ, začaly být kansaské úřady znepokojeny. V polovině října se Price blížil ke Kansas City.

Priceho hrozba vyvolala reakci, která změnila postavení mnoha pevností a stanovišť ve východním Kansasu. Mnohé lokality vyslaly vojáky vstříc Konfederaci. Řada malých armádních stanovišť byla vyklizena nebo zmenšena na kostrové posádky, aby mohlo Priceovým mužům čelit co nejvíce vojáků. Byly zřízeny nové pevnosti, které měly pomoci bránit Fort Leavenworth, Lawrence a Topeku (hlavní město státu) před konfederáty.

Hrozba pro východní Kansas byla velmi reálná. Price se vyjádřil, že chce večeřet ve Fort Leavenworth, což naznačovalo, že doufá v dobytí tohoto důležitého stanoviště. Price pokračoval v postupu na západ, ale 23. října byl v bitvě u Westportu definitivně poražen. Westport se nacházel jihovýchodně od Kansas City. Tato porážka ukončila postup Konfederace a donutila útočníky k rychlému ústupu směrem k bezpečnému území.

Tento ústup probíhal podél hranice Kansasu a Missouri a přítomnost tolika konfederátů narušila linii stanovišť, kterou vytvořil Ewing. Cestou na jih byla ohrožena řada stanovišť a armádní stanoviště v Trading Post a Potosi byla krátce obsazena Priceovými muži. Dne 25. října byli konfederáti opět poraženi v bitvě u Mine Creek. Mine Creek se nacházel poblíž Mound City, místa dalšího významného stanoviště.

V den bitvy bylo staré stanoviště Fort Lincoln zničeno konfederáty. Po ohrožení města a stanoviště Fort Scott Priceovy jednotky oblast opustily. Několik postů opuštěných federály během Priceova nájezdu nebylo znovu otevřeno. Boje zanechaly mnoho zraněných na obou stranách a mnoho z nich bylo převezeno do Mound City a Fort Leavenworth.

S koncem Priceova nájezdu partyzánská činnost podél hranic ochabla. Úplně nezanikla až zhruba rok po kapitulaci generála Roberta E. Lee ve Virginii v dubnu 1865. Teprve tehdy byla většina komunit a armádních stanovišť uzavřena, protože již nebyla potřeba.