PeptideProphetTM

PeptideProphetTM automaticky ověřuje přiřazení peptidů k MS/MS spektrům provedené databázovými vyhledávacími programy, jako je SEQUEST. Z každého souboru dat se naučí distribuce skóre vyhledávání a vlastností peptidů mezi správnými a nesprávnými peptidy a pomocí těchto distribucí vypočítá pro každý výsledek pravděpodobnost, že je správný. Mezi relevantní vlastnosti peptidů patří počet konců kompatibilních s enzymatickým štěpením (pro neomezené vyhledávání), počet chybějících enzymových štěpení, hmotnostní rozdíl vzhledem k prekurzorovému iontu, přítomnost lehkého nebo těžkého cysteinu (pro experimenty ICAT) a přítomnost N-glykosylačního motivu (pro experimenty zachycení N-glykosylace). Program PeptideProphet lze použít jako druhý krok po analýze MS/MS spekter generovaných z libovolného typu hmotnostního spektrometru a přiřazených peptidů pomocí libovolného počtu programů pro vyhledávání v databázích.

Tento software byl vyvinut v Institute for Systems Biology v Seattlu a je popsán v Analytical Chemistry 2002, 74, 5383-5392.

Typicky po analýze PeptideProphet následuje ProteinProphet, který seskupuje peptidy podle odpovídajících proteinů a vypočítává pravděpodobnosti, že tyto proteiny byly přítomny v původním vzorku.

PeptideProphet je jednou ze součástí open source LC/MS/MS analytické pipeline vyvinuté v ISB

Další součásti zahrnují:

Proč open source?

• Open source software poskytuje flexibilitu, které se nemůže rovnat žádný proprietární software. Lze jej snadno přizpůsobit vašim konkrétním potřebám.
• Open source software vám dává plný přehled o tom, jak je s vašimi daty nakládáno.
• Open source software je pravděpodobně nejdemokratičtější způsob, jak vytvořit široce přijímaný standard v oblasti analýzy dat.

Jak mohu pomoci?

Je mnoho způsobů, jak nám můžete pomoci, a nemusíte k tomu být hmotnostní spektrometrista ani programátor. nejjednodušší způsob, jak nám pomoci, je poskytnout nám zpětnou vazbu k našim nástrojům! Dejte nám vědět, pokud něco nefunguje, pokud by změna určitého nástroje zvýšila jeho užitečnost, pokud nějaký užitečný nástroj nebo funkce chybí atd. pokud si myslíte, že jste kvalifikovaní nám pomoci konkrétnějším způsobem, napište nám! Rádi vaše jméno přidáme do sekce pro vývojáře 🙂