Metabolickou analýzou lze provést analýzu metabolomu s pokrytím všech možných detekovatelných složek ve vzorku namísto analýzy každého jednotlivého metabolitu v daném čase. Cílené a/nebo necílené přístupy se používají podle potřeby konkrétních experimentů. Sledování stovek nebo více metabolitů v daném čase vyžaduje vysoce výkonné a špičkové techniky, které umožňují screening spíše relativních změn než absolutních koncentrací sloučenin v širokém dynamickém rozsahu. Většina analytických technik použitelných pro tyto účely využívá separační moduly GC nebo HPLC/UPLC spojené s rychlým a přesným hmotnostním spektrometrem. GC separace vyžadují před analýzou chemickou modifikaci (derivatizaci) a účinně fungují pro malé molekuly. Separace HPLC jsou vhodnější pro analýzu labilních a netěkavých polárních a nepolárních sloučenin v jejich nativní formě. Přímá infuze a techniky založené na NMR se většinou používají pro fingerprinting a případnou snap fenotypizaci. Objevování a ověřování metabolických biomarkerů jsou vzrušující a slibné možnosti, které nabízí metabolická analýza aplikovaná na biologické a biomedicínské experimenty. Prokázali jsme, že techniky GC-TOF-MS, HPLC/UPLC-RP-MS a HILIC-LC-MS používané pro metabolickou analýzu nabízejí dostatečné mapování metabolomu, které výzkumníkům poskytuje jistá data pro následnou vícerozměrnou analýzu a dolování dat.