Minamata, město, prefektura Kumamoto ken, jihovýchodní Kjúšú, Japonsko. Leží poblíž jižního konce zálivu Yatsushiro.

Je to město společnosti Nippon Chisso Hiryo Company, jejímiž hlavními produkty jsou chemická hnojiva, karbid a vinylchlorid. Minamata byla tradičně rybářským přístavem a má pravidelné námořní spojení s ostrovem Amakusa, hlavním ostrovem souostroví Amakusa. V okolí se nacházejí horké prameny.

Po roce 1956 bylo mezi místními rybáři a jejich rodinami rozpoznáno někdy smrtelné onemocnění, které vešlo ve známost jako „minamatská nemoc“. Jako příčina byla určena organická sloučenina rtuti v odpadech vypouštěných místními chemickými továrnami do moře. Tato sloučenina se koncentrovala v rybách a měkkýších, které pak místní obyvatelé konzumovali. Oběti nemoci trpí otravou rtutí, která může mít za následek mentální retardaci, těžké vrozené vady, ztrátu zraku a sluchu, ochrnutí a smrt. Minamatská nemoc, jejíž příčinou bylo poprvé uznáno průmyslové znečištění mořské vody, vzbudila celosvětový zájem a významně přispěla k rozvoji hnutí za ochranu životního prostředí. Záliv Minamata byl v červenci 1997 označen za záliv bez rtuti. Sítě, které měly zabránit rybám plavat do okolních vod, byly odstraněny. Pop. (2005) 29,119; (2010) 26,978.