Nová aktivita starého enzymu: bakteriální alkalická fosfatáza Escherichia coli je hydrogenáza závislá na fosfitu

, Author

Výsledky a diskuse

Dvě cesty oxidace Pt v E. coli. Genetické studie ukázaly, že enzym C-P lyáza, kódovaný operonem phn, je schopen oxidovat Pt (26). V nedávné studii (9) jsme však s překvapením zjistili, že některé mutanty E. coli phn zůstaly schopné oxidovat Pt. Zkoumání genotypu těchto kmenů naznačilo, že se na oxidaci Pt může podílet lokus phoA. Abychom tuto hypotézu přímo otestovali, zkoumali jsme kmeny E. coli, které se lišily pouze v lokusech phn a phoA, z hlediska jejich schopnosti oxidovat Pt, což se projevilo jejich schopností růst na médiích s Pt jako jediným zdrojem Pt. Protože fosfáty jsou pro růst nezbytné, nemohou organismy na tomto médiu růst, pokud nemají schopnost oxidovat Pt na fosfáty. Kmeny, které byly buď phoA +, nebo phn +, rostly na Pt médiu (bez ohledu na to, zda byl druhý lokus mutován), zatímco kmeny s mutacemi v phn i phoA nerostly (obr. 1). E. coli má tedy dvě cesty pro oxidaci Pt: jednu, která je závislá na phn, a druhou, která je závislá na phoA.

Navzdory produkci značného množství fosfátu v našich pokusech se nám však nepodařilo zjistit ani spotřebu O2 (pomocí citlivého měření na O2 elektrodě), ani produkci H2O2 (pomocí citlivého křenového peroxidázového testu). Kromě toho byla oxidace Pt pozorována podobnou rychlostí za přísně anaerobních podmínek v pokusech, které zahrnovaly pouze BAP, Pt a vodu. Tyto údaje silně naznačují, že protony pocházející z vody jsou chybějícím akceptorem elektronů pro oxidační reakci Pt a že dalším produktem reakce je pravděpodobně molekulární H2, podle rovnice 2. Math Na podporu této hypotézy jsme zjistili in vitro i in vivo produkci H2 závislou na Pt. Testy in vitro byly prováděny aerobně v uzavřených lahvičkách za použití vysoce přečištěného BAP. Po inkubaci byl analyzován headspace na H2 a vodný podíl byl analyzován na fosfát. Jak ukazuje obr. 2B , v přítomnosti BAP se z Pt vytvořilo stechiometrické množství fosfátu a H2, zatímco v kontrolních reakcích obsahujících buď samotný BAP, nebo Pt se nevytvořil ani fosfát, ani H2.

Obr. 2. Fosfát a H2 v přítomnosti BAP.

Produkty oxidace Pt katalyzované BAP jsou fosfát a molekulární H2. (A) Protonově oddělená spektra nukleární magnetické rezonance 31P a polohy píků jsou uvedeny pro kontrolní reakce s 5 mM Pt a 5 mM fosfátu a pro noční reakci, která původně obsahovala 5 mM Pt plus 500 μg purifikovaného BAP. Ve spektru enzymatické reakce je patrný pík nezreagovaného Pt a nový fosfátový pík, ale žádné další produkty nevznikly. Mírný posun polohy píku fosfátu mezi kontrolním produktem a produktem reakce katalyzované BAP je způsoben drobnými rozdíly v pH: přidání zásobního roztoku fosfátu do testu zvýšilo výšku píku Pi, ale nevytvořilo další píky. Protonově vázaná spektra jsou s touto interpretací zcela v souladu (údaje nejsou uvedeny). (B) Oxidace Pt katalyzovaná BAP produkuje stechiometrické množství fosfátu a molekulárního H2. Reakce in vitro obsahující uvedené složky byly inkubovány přes noc při 37 °C v uzavřených lahvičkách. Atmosféra v hlavě byla poté analyzována na přítomnost H2 pomocí plynové chromatografie s tepelně vodivostní detekcí, zatímco vodná fáze byla analyzována na přítomnost fosforečnanů pomocí testu s malachitovou zelení. Reakce (3 ml) byly provedeny v 50 mM Mops (pH 7,0) s 50 mM Pt (pH 7,0) a 387 μg purifikovaného BAP, jak je uvedeno. Byly provedeny trojnásobné kontroly obsahující buď samotný BAP, nebo Pt, ale za těchto podmínek nebyl zjištěn ani fosfát, ani H2. Výsledky in vivo ukazují množství H2 produkovaného během růstu WM3924 (Δlac X74, Δphn 33-30, ΔhypABCDE) v 0,4% bujónu glukózy/Mops obsahujícím 2,5 μmol uvedeného zdroje P. Protože tato hladina P (500 μM) je limitující pro růst, očekává se, že zdroj P bude zcela asimilován, až kultury dosáhnou nasycení. Po nočním růstu při 37 °C v uzavřených lahvičkách byl v hlavovém prostoru stanoven obsah H2 pomocí plynové chromatografie s tepelně vodivostní detekcí. Experimenty in vitro i in vivo byly prováděny aerobně (tj. během oxidace Pt byl přítomen O2)

Měření H2 in vivo je komplikováno skutečností, že E. coli má více hydrogenáz, které mohou produkovat i spotřebovávat H2. Abychom tento problém obešli, zkonstruovali jsme mutant ΔhypABCDE, který nemůže produkovat žádné aktivní hydrogenázy kvůli neschopnosti dozrát prekurzorové proteiny (32). Mutant hyp, pěstovaný aerobně v uzavřených zkumavkách, produkoval zhruba stechiometrické množství H2 i v kulturách pěstovaných s limitujícími hladinami Pt, zatímco v kulturách pěstovaných s limitujícími hladinami fosfátu nebo esteru fosfoserinu nebyl zjištěn žádný H2 (obr. 2B ).

Oxidace Pt není společným rysem všech alkalických fosfatáz. Účinná oxidace Pt se zdá být jedinečnou vlastností alkalické fosfatázy E. coli. Ani Bacillus subtilis, o kterém je známo, že produkuje více vysoce aktivních fosfatáz (33), ani P. stutzeri, o kterém je známo, že produkuje fosfatázu odlišnou od BAP (u kmenů, které postrádají Pt dehydrogenázový systém) (A. K. White, S. Neuhaus, M. M. Wilson a W. W. M., nepublikované údaje), nedokáží využít Pt jako jediný zdroj P (obr. 3A ), ačkoli oba organismy rostou na médiích s fosfoserinem jako jediným zdrojem P (údaje nejsou uvedeny). Fosfatasy produkované těmito organismy tedy nejsou schopny oxidovat Pt v míře dostatečné pro podporu růstu. Testovali jsme také komerční preparáty telecí střevní fosfatázy (CIP) a krevetové alkalické fosfatázy (SAP) na jejich schopnost produkovat fosfát z Pt (obr. 3B ). Ačkoli eukaryotické fosfatázy produkovaly po noční inkubaci malá množství fosfátu, pouze E. coli BAP byla schopna katalyzovat reakci ve významné míře. Toto zjištění je obzvláště překvapivé, protože eukaryotické enzymy jsou ve skutečnosti mnohem lepší fosfatázy, jejichž specifická aktivita je až 40krát vyšší než u BAP (27). Všechny tyto enzymy sdílejí značnou homologii (25-35% identitu) s BAP E. coli; navíc většina zbytků na aktivním místě, včetně Ser-102 (který vytváří kovalentní fosfoenzymový meziprodukt během fosfatázové reakce), je konzervována (27).

Obr. 3. Fosfatázová reakce.

Oxidace Pt je jedinečná pro alkalickou fosfatázu E. coli. (A) Byla testována schopnost B. subtilis a P. stutzeri oxidovat Pt, prokázaná růstem na médiích s Pt jako jediným zdrojem P, jak je popsáno na obr. 1. Ani jeden z organismů nerostl na médiu s Pt, zatímco oba organismy rostly na fosfátovém médiu. Přestože tedy oba organismy mají aktivní fosfatázy, ani jeden z nich nedokáže oxidovat Pt v míře dostatečné pro podporu růstu. P. stutzeri WM3617 (ΔptxA-htxP, Δphn) obsahuje mutace, které eliminují dvě charakterizované oxidační cesty Pt tohoto organismu, ale které nemají vliv na expresi fosfatáz (9, 10). (B) BAP (E. coli alkalická fosfatáza), SAP (krevetová alkalická fosfatáza; Roche Applied Science, Mannheim, Německo) a CIP (telecí střevní fosfatáza; Sigma) byly testovány na oxidaci Pt, jak je popsáno výše. V každém testu jsme použili 56 μg uvedené fosfatázy, což odpovídá 3 jednotkám BAP, 32 jednotkám SAP a 65 jednotkám CIP fosfatázy, měřeno hydrolýzou pNPP. Navzdory mnohem vyšším fosfatázovým aktivitám eukaryotických enzymů katalyzoval oxidaci Pt významnou měrou pouze BAP. Je vynesen průměr dvou pokusů.

Zdá se být pravděpodobné, že oxidaci Pt katalyzuje BAP podobným mechanismem jako při hydrolýze fosfátových esterů (obr. 4A ). V souladu s tím může být Pt hydrolyzován BAP s hydridovým aniontem jako formální odcházející skupinou. Na podporu této myšlenky mutant phoA se zbytkem Ser-102 na aktivním místě změněným na alanin není schopen využívat Pt jako jediný zdroj P, což naznačuje, že tato aminokyselina je nezbytná pro hydrolýzu fosfátových esterů (27) a pro oxidaci Pt (obr. 4B ). Přestože přímý přenos hydridu ze substrátu na vodný proton je z biochemického hlediska bezprecedentní, je tato reakce termodynamicky přiměřená vzhledem k silnému redukčnímu potenciálu páru fosfát-Pt (E o′ = -0,650 V). Reakce produkující H je tedy poměrně příznivá: ΔG o′ = -46,3 kJ/mol (vypočteno z redoxních potenciálů v ref. 34). Pokud se hydrolytický model oxidace Pt ukáže jako správný, jednalo by se o velmi neobvyklou enzymatickou reakci. Studie ukázaly, že BAP je schopen hydrolyzovat také fosfodiestery (35), fosfoamidy (36), sulfátové estery (37) a thiofosfát (38). Tyto reakce však probíhají rychlostí, která je podstatně pomalejší než rychlost reakce hydrolýzy Pt, a to navzdory skutečnosti, že zahrnují mnohem lepší odcházející skupiny. Rovněž se nejedná o redoxní reakce. Analogická reakce zahrnující hydrolýzu alkylfosfonových kyselin není katalyzována BAP, což se ukázalo jak biochemicky (39), tak neschopností kmenů Δphn využívat tyto sloučeniny jako jediný zdroj P (13).

Obr. 4. Reakce s alkylfosfonovými kyselinami.

Oxidace Pt pomocí BAP může probíhat hydrolýzou s hydridovým aniontem jako odcházející skupinou. (A) Chemický mechanismus hydrolýzy fosfátového esteru pomocí BAP zahrnuje nukleofilní atak aktivovaného serinového zbytku (Ser-102) na fosfátový ester za vzniku enzymového meziproduktu fosfoserinu. Alkoxidová výstupní skupina rychle získává z roztoku proton za vzniku odpovídajícího alkoholu. Zdá se pravděpodobné, že oxidace Pt probíhá podobným mechanismem s hydridovým aniontem jako odcházející skupinou. (B) Úloha Ser-102 v oxidaci Pt byla testována zkoumáním, zda mutant nesoucí mutaci Ser-102-Ala v genu phoA může růst na Pt médiu, jak je popsáno na obr. 1. Mutant nerostl na Pt médiu, což dokazuje požadavek na Ser-102 na aktivním místě při oxidaci Pt. Hostitelským kmenem byl BW14893 (Δlac X74, ΔphoA532, Δphn 33-30), WM3610 a WM3611 nesou jednokopírové integranty plazmidů pKY1 a pKY2, které kódují divoký typ genu phoA (phoA+), resp. mutantu phoA-S102A (Ser-102-Ala).

Pt dehydrogenáza (PtxD) byla jediným in vitro charakterizovaným enzymem, u kterého bylo prokázáno, že katalyzuje oxidaci Pt (11). Přestože detaily reakce BAP ještě nebyly objasněny, chemické mechanismy obou enzymů se zřetelně liší. Zatímco PtxD vyžaduje NAD jako akceptor elektronů pro redoxní reakci, reakce katalyzovaná BAP nevyžaduje žádné exogenní akceptory elektronů, ale využívá velké termodynamické hnací síly reakce k produkci vysoce redukovaného produktu (H2) z vody v podstatě nevratnou reakcí (vypočtené K eq = 1,1 × 108). Všechny ostatní známé reakce produkující H2 probíhají mnohem blíže chemické rovnováze a jsou obvykle vratné. Navíc všechny ostatní známé hydrogenasy obsahují ve svých aktivních místech buď Fe, nebo Ni, nebo obojí (40). Toto pozorování zahrnuje i takzvanou „bezkovovou“ H2-tvořící methylen tetrahydromethanopterin dehydrogenázu methanogenních archeí, o které je nyní známo, že obsahuje i Fe (41). Naproti tomu BAP neobsahuje žádné redoxně aktivní kovy, ačkoli Zn i Mg jsou pro hydrolytickou aktivitu nezbytné (27). Ošetření BAP chelátory inhibuje oxidaci Pt, což naznačuje, že kovy hrají v reakci Pt určitou roli (údaje nejsou uvedeny).

Koneckonců, zde uvedené údaje in vivo naznačují, že oxidační reakce Pt je biologicky relevantní. Pozorování, že mnoho bakterií má enzymy určené k oxidaci Pt, ukazuje, že tato vlastnost je v mikrobiálních populacích pod silným selekčním tlakem (4, 5, 9, 42). S ohledem na tuto skutečnost je zajímavé, že ačkoli jsou eukaryotické enzymy mnohem lepšími fosfatázami, nejsou schopny oxidace Pt. Toto pozorování vyvolává možnost, že BAP E. coli se možná nevyvinula jako nejúčinnější fosfatáza, ale spíše jako fosfatáza se schopností hydrolyzovat Pt. Tato myšlenka je v souladu se zajímavým pozorováním, že E. coli BAP je velmi silně exprimována (až 6 % celkového buněčného proteinu) za podmínek fosfátového hladovění (28). Tradičním vysvětlením tohoto jevu je, že nějaký neznámý substrát BAP musí být špatně hydrolyzovatelný, a proto vyžaduje obrovské množství enzymu, aby podpořil konkurenceschopnou rychlost růstu. Protože se však naměřené rychlosti hydrolýzy u široké škály substrátů fosfátových esterů příliš neliší (39, 43), zdá se nepravděpodobné, že by tímto špatným substrátem mohl být fosfátový ester. Naproti tomu rychlost hydrolýzy Pt je podstatně nižší než rychlost hydrolýzy fosfátových esterů, což naznačuje, že Pt může být substrátem, který vysvětluje extrémní úroveň exprese phoA pozorovanou u E. coli s nedostatkem fosfátů.

Je zřejmé, že mnoho detailů reakce BAP s Pt zbývá objasnit. Další studium této unikátní reakce pravděpodobně přispěje nejen k našemu pochopení redoxní chemie P a reakcí přenosu fosforylu, ale také k našim znalostem o přenosu hydridů, reakcích produkujících H2 a úloze redukovaných sloučenin P v přírodě.

Napsat komentář

Vaše e-mailová adresa nebude zveřejněna.