Shakira se narodila v Barranquille, Kolumbie. Je jediným dítětem Nidie Ripoll a Williama Mebaraka Chadida. Její prarodiče z otcovy strany emigrovali z Libanonu do New Yorku, kde se narodil její otec. Po matce Nidii Ripollové má španělský (katalánský a kastilský) a italský původ. Z otcova předchozího manželství má osm starších nevlastních sourozenců. Shakira strávila většinu svého mládí v Barranquille, městě ležícím na severním karibském pobřeží Kolumbie. Svou první báseň s názvem „La Rosa De Cristal“ („Křišťálová růže“) napsala Shakira, když jí byly pouhé čtyři roky. Když vyrůstala, fascinovaně sledovala, jak její otec píše příběhy na psacím stroji, a požádala o jeden jako vánoční dárek. Psací stroj dostala v sedmi letech a od té doby pokračovala v psaní poezie. Z těchto básní se nakonec vyvinuly písně. Když byly Shakiře dva roky, zahynul její starší nevlastní bratr při nehodě na motorce a v osmi letech napsala Shakira svou první píseň s názvem „Tus gafas oscuras“ („Tvé tmavé brýle“), která byla inspirována jejím otcem, jenž léta nosil tmavé brýle, aby skryl svůj smutek.