V roce 1920 se konalo císařské zasedání Shrinersů v Portlandu, Oregon. Během tohoto zasedání členové jednomyslně schválili rezoluci předloženou W. Freelandem Kendrickem, který (v době, kdy zastával funkci císařského potentáta) předložil rezoluci, na jejímž základě vznikly Shriners Hospitals for Children. První nemocnice tohoto systému byla otevřena v roce 1922 ve Shreveportu ve státě Louisiana. Poskytovala dětskou ortopedickou péči.
Nemocnice Shriners Hospitals for Children úzce spolupracovaly s Jižním velitelstvím Spojených států a dalšími vojenskými velitelstvími, včetně armády a letectva, guatemalských kombinovaných vojenských sil a prostřednictvím velvyslanectví USA, Ministerstva zdravotnictví USA & Human Services a Ministerstva zdravotnictví USA.Ministerstva zahraničí USA zařizovat lékařská víza a přepravu do Spojených států, „s globálním závazkem vůči dětem na celém světě“.
V roce 1962 vyčlenila organizace Shriners of North America 10 milionů dolarů na založení tří nemocnic, které se specializovaly na léčbu a rehabilitaci popálených dětí. Po návštěvě 21 univerzitních zdravotnických zařízení bylo rozhodnuto vybudovat jejich první dětskou popáleninovou nemocnici v areálu University of Texas Medical Branch v Galvestonu v Texasu.
V roce 1994 zveřejnila oborová publikace Chronicle of Philanthropy výsledky největší studie popularity a důvěryhodnosti charitativních a neziskových organizací. Studie ukázala, že Shrinerovy nemocnice se umístily na 9. místě „nejoblíbenějších charitativních/neziskových organizací v Americe“ z více než 100 zkoumaných charitativních organizací, přičemž 40 % Američanů starších 12 let zvolilo pro Shrinerovy nemocnice „Love“ a „Like A Lot“.
V září 2008 utrpěla Shrinerova nemocnice v Galvestonu značné škody v důsledku hurikánu Ike. Nemocnice byla v té době uzavřena kvůli rekonstrukci a péče o děti s akutními popáleninami byla poskytována v jiných Shriners Hospitals for Children. Shriners zvažovali uzavření zařízení ve Shreveportu v Louisianě, Greenville v Jižní Karolíně, Erie v Pensylvánii, Spokane ve Washingtonu, Springfieldu v Massachusetts a Galvestonu v Texasu, čímž by bylo zrušeno celkem 225 lůžek. V červenci 2009 však Shriners National Convention drtivou většinou hlasoval proti uzavření jakýchkoli nemocnic a pro opravu a znovuotevření zařízení v Galvestonu.
V roce 2009, navzdory nadačnímu jmění, které se kvůli špatné ekonomické situaci snížilo z 8 miliard dolarů na 5 miliard dolarů za méně než rok, Douglas Maxwell, generální ředitel nemocnic, uvedl, že on i ostatní Shriners jsou přesvědčeni, že systém nemocnic bude schopen zůstat dlouhodobě solventní. Maxwell v červenci 2009 uvedl, že některá zařízení se možná stanou ambulantními chirurgickými centry a poprvé v 87leté historii nemocnic začnou přijímat platby od pojišťoven (za většinu péče). Maxwell uvedl, že děti trpící popáleninami, ortopedickými onemocněními, poraněním míchy a rozštěpem patra budou i nadále léčeny bez poplatků pro své rodiny.
V květnu 2015 se Shriners Hospitals for Children staly členem Mayo Clinic Care Network, národní sítě organizací, které se zavázaly lépe sloužit pacientům a jejich rodinám prostřednictvím spolupráce s lékaři.