Da Qing-regeringen hørte om den mongolske mission til Rusland, gav den Sando besked om at undersøge sagen. Sando indkaldte straks lederen af Khutukhtu’s kirkelige administration (Ikh shav’), Erdene Shanzav, og forlangte en forklaring. Erdene Shanzav, der påstod, at han ikke havde været involveret, afslørede hele komplottet. Sando krævede derefter, at Khutuktu trak sin anmodning om russiske tropper tilbage. Khutuktu gik med til det på betingelse af, at Sando opløste den nye administration. Sando telegraferede til Beijing for at få instruktioner, og fik at vide, at dele af den Nye Administration kunne blive forsinket.
Sando beordrede fyrsterne i Urga til at underskrive en erklæring om, at kun nogle få personer havde været ansvarlige for appellen til Rusland. Fyrsterne afgav en sådan erklæring, men kun mundtligt. Sando beordrede derefter mongolerne til ikke at have yderligere kontakt med det russiske konsulat og truede med i tilfælde af ulydighed at bringe yderligere 500 tropper til Urga og bevæbne den kinesiske befolkning i byen. Han posterede vagter omkring Khutuktus palads med ordre om at udelukke russiske besøgende. Og han sendte et kontingent tropper til den russisk-mongolske grænse for at opsnappe den mongolske delegation til Rusland, når den vendte tilbage.
Events af seismiske proportioner fandt dengang sted i selve Kina. Den 10. oktober var der et oprør i Wuchang, og en revolution mod den herskende minoritetsklasse var begyndt. Den ene provins efter den anden erklærede sin uafhængighed fra Qing-styret. Sando mente, at hans stilling var uholdbar, og sendte et telegram til regeringen i Beijing for at bede om tilladelse til at træde tilbage, men hans anmodning blev afvist. I mellemtiden vendte den mongolske delegation til Rusland hemmeligt tilbage og rapporterede resultaterne af sin rejse til en gruppe af prinser og lamaer. De skrev et fælles memorandum til Khutukhtu, hvori de spurgte, hvad Mongoliet skulle gøre i stedet for provinsopstandene. Han rådede til, at mongolerne skulle danne deres egen stat.
Begejstret af Khutututtuktu’s støtte og af Qing-dynastiets forestående sammenbrud blev den provisoriske regering i Khalkha dannet med nogle fremtrædende Khalkha-adelsmænd i spidsen. Den 28. november beordrede regeringen alle fire provinser (aimag) i Khalkha til at mobilisere tusind soldater hver. Næsten øjeblikkeligt havde 500 mænd fra de nærliggende khoshuuns samlet sig i Urga. To dage senere modtog Sando et brev, underskrevet i Khalkhas adelsmænds og lamaers navn, hvori de oplyste, at de havde hørt om en løsrivelsesbevægelse i Kina, og at kinesiske tropper fra det “revolutionære parti” forberedte sig på at marchere mod Urga fra Indre Mongoliet. Brevet fortsatte med at fortælle, at i betragtning af de fordele, som khalkhaerne tidligere havde opnået fra Qing, havde khutuktu beordret mobilisering af 4000 tropper til at rykke frem mod Beijing for at forsvare kejseren. Sando blev bedt om at forsyne disse mænd med proviant og våben. Han fik tre timer til at svare. Der kom intet svar. Da man opgav dette tynde bedrag, besøgte en delegation af adelsmænd og lamas ambanens kontor og informerede ham om deres beslutning om at erklære uafhængighed og indsætte Khutuktu som kejser. Sando bønfaldt delegationen. Han indrømmede, at det, der var sket, var resultatet af hans egen tåbelighed, og han lovede at anbefale fuld autonomi for Mongoliet, men ikke uafhængighed. Delegationen svarede kortfattet, at den blot var kommet for at overbringe et budskab og ikke for at diskutere det. Sando blev beordret til at forlade landet inden for 24 timer.
Der var ikke meget Sando kunne gøre. Han havde kun 150 tropper, som under alle omstændigheder var i et modvilligt humør på grund af efterbetaling af efterbetaling. Den følgende dag blev hans soldater afvæbnet af mongolske militsfolk samt af russiske kosakker fra den konsulære konvoj under kommando af Grigorij Semjonov, den senere Ataman. Sando og hans stab flyttede ind i det russiske konsulats område for deres egen sikkerheds skyld.
Den 30. november 1911 etablerede mongolerne den midlertidige regering i Khalkha. Den 5. december forlod Sando Mongoliet med russisk eskorte. Den kinesiske autoritet i resten af landet kollapsede hurtigt efter dette. Senere samme måned eller i januar 1912 (kilderne er forskellige) forlod militærguvernøren af Uliastai i det vestlige Mongoliet, hans stab og militærvagter fredeligt under beskyttelse af kosak-tropper. Vice-militærguvernøren i Khovd besluttede imidlertid at gøre modstand, idet han håbede på forstærkninger fra Xinjiang. Tropperne kom for sent: byen blev omringet af mongolske tropper, forstærkningsdetachementet blev knust. I august 1912 blev hans fæstning overvundet af mongolske tropper, og han og hans stab blev eskorteret ud af landet af kosakker.
Den 1. december udstedte den provisoriske regering i Khalkha en generel proklamation, hvori den bekendtgjorde afslutningen på Qing-herskab og oprettelsen af et teokrati under Jebtsundamba Khutuktu. I slutningen af måneden, den 29. december, blev Khutuktu formelt indsat som Bodg Khaan (“stor khan” eller “kejser”) i den nye mongolske stat. Dette indvarslede Bogd Khan-æraen. Mens alle Barga, Dariganga, Khovd, Huvsgul-regionen, 26 hoshuns i Ili-regionen (Dzungariske Oirads), 24 hoshuns fra Øvre Mongoliet 29 hosnuns, 35 hoshuns fra Indre Mongoliet 49 hoshuns sendte erklæringer for at støtte Bogd Khans opfordring til mongolsk genforening, var de fleste af dem dog i virkeligheden for forsigtige eller ubeslutsomme til at forsøge at tilslutte sig Bogd Khans regime.
Den mongolske revolution var for størstedelen en velordnet magtoverdragelse. Dens relativt fredelige karakter skyldtes den realisme, som Qing-myndighederne i Mongoliet udviste, og i ikke ringe grad tilstedeværelsen af russiske tropper, som ydede beskyttelse til disse myndigheder og kinesiske tropper. Situationen var anderledes i det indre Mongoliet. Her forblev de kinesiske myndigheder ved magten, selv om mongolske aktivister forberedte sig på at slutte sig til det ydre Mongoliet og opnå uafhængighed. Medlemmer af det pro-Qing Royalist Party var kendt for at støtte Indre Mongoliets uafhængighed, og nogle argumenterede for en monarkistisk stat, der omfattede såvel Manchuriet som Ydre og Indre Mongoliet. Især Gungsangnorbu, lederen af det indre mongolske Harqin Banner, knyttede tætte kontakter med japanerne i december 1911. Han og andre prinser fra det indre Mongoliet tog lån, lovede japanerne minerettigheder og modtog store våbenleverancer.