Den 29. januar 1861 blev Kansas optaget i unionen som en fri stat, hvilket var et nederlag for sydstaternes sag. Selv da forblev det sydlige element solidt forankret i mange af de østlige Kansas-samfund. Da borgerkrigen brød ud, sluttede omkring 20.000 mænd fra Missouri sig til unionshæren, mens omkring 1.000 sluttede sig til de konfødererede styrker. Mange sydstatsborgere kastede dog helhjertet støtte til Unionen, da de ønskede, at Kansas skulle forblive deres hjem.
Overgangen fra territorial status til statsdannelse købte nogle ændringer i de typer af forter, der fandtes i Kansas. Væk var den partipolitiske rivalisering. Der eksisterede stadig mange bosætterforter for at beskytte sig mod indianske angreb. Muligvis eksisterede kun én lejr, Livingston’s Hideout, som en konfødereret post i Kansas under borgerkrigen. Der kan dog have eksisteret andre permanente skjulesteder på Kansas-siden af grænsen i Wyandotte- (Kansas City) og Olathe-områderne. Alle de øvrige befandt sig på unionssiden. Desuden steg antallet af forter. Staten havde 26 i 1861, og antallet steg til 43 i 1864. Ved krigens afslutning i 1865 havde staten stadig 36 forter og poster.
Forterne tjente stadig samme formål som i territorialtiden. Hæren opretholdt nogle for at beskytte rejsende og bosættere mod indianere. Nogle af de nye hærposter blev imidlertid oprettet for at beskytte samfund langs grænsen mellem Kansas og Missouri mod konføderationens regulære styrker og guerillastyrker.
Andre hærposter, såsom Fort Scott, Fort Leavenworth og Fort Riley, fungerede som administrative hovedkvarterer i den kæde af forter, der strakte sig over hele vesten. Fort Leavenworth og Scott blev også vigtige baser for operationer for at generobre dele af Indian Territory, Missouri og Arkansas fra Konføderationen. Riley, Leavenworth og Scott blev brugt til andre forskellige formål. Til tider blev der i alle tre fængslet et stort antal konfødererede fanger. Leavenworth blev brugt til at omdanne tilfangetagne konfødererede til “Galvaniserede Yankees.”
Disse Galvaniserede Yankees var konfødererede fanger, der blev organiseret i nye unionskompagnier, som blev brugt til at bemande grænseforter dybt inde i områder, der var gennemtrængt af indianere. De blev aldrig brugt til at kæmpe mod andre forbundsfæller, da de måske nægtede at kæmpe mod deres tidligere allierede. De fleste Galvanized Yankees meldte sig sandsynligvis til sådanne enheder for at undslippe de dystre forhold i fangelejrene.
Disse “reformerede” konfødererede blev foragtet af andre unionssoldater, fordi sidstnævnte mente, at disse mænd først havde vist sig som forrædere mod Unionen, og derefter var de blevet forrædere mod Konføderationen. De blev således set som dobbelte forrædere uden nogen forløsende kvaliteter. Desuden kunne de galvaniserede yankees ikke forvente nogen respekt hjemme i sydstaterne for at have sluttet sig til unionshæren. Det var ikke underligt, at de deserterede i stort antal, når de først var indsat.
Fort Zarah og Fort Larned havde i en periode garnisoner med et stort antal af disse tidligere konfødererede fanger. Grunden til, at Unionen tyede til at udstyre konfødererede fanger, var, at hæren kun kunne undvære få mænd til at beskytte stier og bosættere.
Helt tilfældigt blev de fleste af de forter, der blev oprettet af hæren, til tider bemandet helt af frivillige eller militsstyrker, der var rejst for at bekæmpe konfødererede. Andre funktioner, som hærens forter fik, var bl.a. at fungere som postkontorer og blive hovedkvarter for indianske agenturer. Et fort, Fort Lincoln, blev i en periode brugt som fængsel for tilfangetagne konfødererede.
Når borgerkrigen begyndte, etablerede mange samfund forter, hvoraf de fleste var bygget af tømmer. Nogle af disse forter havde unikke opgaver. I Humboldt var et af dem en befæstet mølle, mens et andet var en befæstet tørlastbutik. Fort Drinkwater fungerede som postkontor, og Fort Montgomery (Eureka) fungerede som skolehus.
Styrken af de militære og kommunale forter varierede meget. Overraskende nok var nogle af de forter, der blev bygget af lokalsamfundene, betydeligt mere forsvarlige end nogle af dem, der blev bygget af militæret. Nogle få af de allerstærkeste forter blev imidlertid oprettet af hæren. Fort Sully, der blev bygget med udsigt over Fort Leavenworth, blev bygget på et sted, der gjorde det praktisk talt uindtageligt. Camp Ben Butler i Baxter Springs var også placeret på en praktisk talt uindtagelig beliggenhed.
Svækkede forter omfattede Fort Larned, der oprindeligt hovedsageligt var bygget af adobe. Typisk startede mange militære forter som grupper af bygninger og jorddækkede underjordiske hytter, som ville have været vanskelige at forsvare, hvis der var blevet iværksat fuldskalaangreb mod dem. Fort Dodge og Zarah startede også som svage forter. Zarah endte med at blive omdannet til et af delstatens stærkeste forter.
Tre begivenheder fik Kansas til hurtigt at bygge flere forter og stillinger efter borgerkrigens udbrud. Den ene var et mislykket forsøg fra hærens side på at befri det østlige Kansas for guerillaangreb fra konføderationens side. To gange, i 1861 og 1862, rykkede regulære konfødererede styrker ind i det sydøstlige Kansas. Desuden organiserede konfødererede indianske styrker under oberstløjtnant John Jumper i maj 1862 sig for at indtage Fort Larned i det sydvestlige Kansas. Indianerne mistede interessen for foretagenet og nåede aldrig frem til fortet. Hærens største bekymring var imidlertid at beskytte Kansas mod guerillabander, der terroriserede beboerne på begge sider af grænsen mellem Kansas og Missouri.
Den 13. marts 1863 blev oberst Thomas Ewing, Jr. forfremmet til brigadegeneral og fik kommandoen over grænsedistriktet, der omfattede hele Kansas samt dele af andre jurisdiktioner. Ewings ansvarsområde omfattede bl.a. at holde grænsen sikker mod guerillaangreb. For at opnå dette besluttede Ewing at opstille hærposter langs grænsen mellem Kansas og Missouri fra Missouri-floden i nord til grænsen til Indian Territory i syd. Han ville have nok poster, så de ikke skulle være mere end 16 miles fra hinanden. Der blev bygget nye poster som Coldwater Grove, Potosi og en række poster ved Baxter Springs.
I sommeren 1863 antog man, at rækken af poster langs grænsen ville gøre en ende på guerillaplagerierne i Kansas. Der fandt imidlertid en række mindre angreb sted, hvoraf et fandt sted så langt mod vest som Council Grove. Guerillaerne undgik hærens tropper, hvoraf mange var for uerfarne til deres patruljeopgaver. Desuden havde unionsstyrkerne mange gange heste og våben af ringere kvalitet end dem, som guerillaerne var i besiddelse af. Endelig var nogle få af unionsofficererne under Ewings kommando rent ud sagt inkompetente.
Nuvel, der herskede en falsk følelse af sikkerhed. Lawrence vedtog for eksempel endda en bekendtgørelse, der forbød sine indbyggere at besidde skydevåben inden for byens grænser. Alle våben og ammunition skulle låses inde i byens våbenkammer. Selv rekrutterne i to lejre i byen havde ingen ammunition, og chefen for troppeskadronen i Lawrence måtte opbevare sine sidevåben i våbenkammeret.
Denne falske følelse af sikkerhed blev pludselig brudt en varm og solrig augustdag. Om eftermiddagen den 20. august red guerillakommandanten William C. Quantrill og næsten 450 tilhængere ind i Kansas og satte kursen mod Lawrence. Overraskende nok opdagede en række personer Quantrills bevægelser, og garnisonen i Aubry, lige vest for grænsen til Missouri, så guerillaerne passere tæt på deres post. Postkommandanten gjorde sig ikke engang den ulejlighed at forsøge at identificere den forbipasserende styrke.
Den næste morgen stormede Quantrill’s mænd ind i et forsvarsløst Lawrence og begik en af borgerkrigens værste grusomheder. En stor del af Lawrence blev plyndret og brændt ned. Omkring 180 mænd og drenge, der stort set alle var forsvarsløse, blev skudt ihjel. Omkring 6.000 unionssoldater og militsfolk fra Kansas og Missouri forsøgte at fange eller ødelægge guerillastyrken, men næsten alle guerillaerne slap væk. De tilbagetrædende guerillaer overrumplede endda midlertidigt posten i Paola under deres hastige tilbagetog.
Ewing reagerede ved at udstede General Orders No. 11, som beordrede den praktiske affolkning af et stort område på Missouris side af grænsen. En del af ideen var at fratage guerillaerne en base for deres operationer. Guerillaangrebene fortsatte imidlertid ufortrødent, og mange uskyldige missourianere blev straffet af Ewings dekret.
Quantrill angreb endda Fort Blair (Fort Baxter), ved det nuværende Baxter Springs, den 6. oktober. Selv om det lykkedes at holde fortet, blev 91 unionssoldater og ansatte i hæren dræbt, og omkring 25 blev såret. Man anslår, at tre til 30 guerillaer blev dræbt, og mindst tre blev såret. Mange af de unionstropper, der døde den dag, overgav sig til Quantrill’s mænd, som derefter myrdede dem i endnu en af krigens værste grusomheder.
Helt tilfældigt forblev de fleste af de poster, der blev oprettet af Ewing, til trods for, at det ikke lykkedes at stoppe guerillaangreb. De udgjorde en vis afskrækkelse. Uden dem ville der sandsynligvis være blevet gennemført flere razziaer.
I 1864 førte øgede konfrontationer med indianere til, at der blev bygget nye samfunds- og hærforter. Tilsyneladende blev der i marts 1864 afholdt mange rådsmøder blandt indianerstammerne, hvor emnet var forsøg på at holde de hvide ude af de områder, der var besat af indianerne. Sidst på foråret begyndte Plains indianere at angribe hvide bosættelser og rejsende i de vestlige to tredjedele af Kansas i et forsøg på at tvinge de hvide ud.
Et resultat var forekomsten af razziaer for at sikre sig heste fra Fort Larned og Fort Ellsworth. Da alle tropper, der kunne spares, blev sendt til at bekæmpe konfødererede, blev galvaniserede yankee-enheder også brugt til at forstærke nogle garnisoner. Nogle af bosætternes forter blev taget i brug for at beskytte samfund mod indianerangreb. Der blev bygget en række nye hærposter og samfundsforter for at beskytte områder mod fjendtlige indianere. De vestlige to tredjedele af Kansas blev belejret gennem den næste vinter.
I efteråret 1864 blev generalmajor Sterling Price, en tidligere guvernør i Missouri, valgt til at lede en konfødereret invasion (Price’s Missouri Raid) for at erobre St. Louis og invadere Illinois. Invasionen begyndte den 28. august, hvor Price startede i det sydvestlige Arkansas med 12.000 dårligt udrustede tropper. Han forventede at erobre og holde St. Louis. Da han blev konfronteret med 6.000 unionstropper der, ændrede Price sine planer. Han besluttede i stedet at generobre Missouri til Konføderationen.
Price blev konstant konfronteret med føderale tropper eller Missouris statsmilitser og var ikke i stand til permanent at besætte nogen områder. Hans invasion blev til et glorificeret raid, da han blev afskåret fra konføderationens støtte i Arkansas og Texas. Da Price drejede vestpå fra St. Louis, blev myndighederne i Kansas imidlertid bekymrede. I midten af oktober nærmede Price sig Kansas City.
Den trussel fra Price forårsagede en reaktion, der ændrede status for mange forter og poster i det østlige Kansas. Mange lokaliteter sendte tropper af sted for at møde de konfødererede. En række små hærposter blev ryddet eller skåret ned til skeletgarnisoner, så så mange soldater som muligt kunne stå over for Prices mænd. Der blev oprettet nye forter for at hjælpe med at forsvare Fort Leavenworth, Lawrence og Topeka (delstatens hovedstad) mod konfødererede.
Truslen mod det østlige Kansas var meget reel. Price kommenterede, at han ønskede at spise middag i Fort Leavenworth, hvilket var et tegn på, at han håbede på at erobre denne vigtige post. Price fortsatte sin bevægelse mod vest, men blev afgørende besejret 23. oktober i slaget ved Westport. Westport lå lige sydøst for Kansas City. Dette nederlag satte en stopper for de konfødererede fremrykninger og tvang angriberne til et hurtigt tilbagetog mod sikkert område.
Dette tilbagetog foregik langs grænsen mellem Kansas og Missouri, og tilstedeværelsen af så mange konfødererede forstyrrede den linje af poster, som Ewing havde etableret. På vejen sydpå blev en række poster truet, og hærens poster ved Trading Post og Potosi blev kortvarigt besat af Prices mænd. Den 25. oktober blev de konfødererede igen besejret i slaget ved Mine Creek. Mine Creek lå nær Mound City, hvor der lå endnu en større post.
Dagen for slaget blev den gamle post Fort Lincoln ødelagt af de konfødererede. Efter at have truet byen og posten Fort Scott forlod Price’ tropper området. Flere af de poster, der blev forladt af de føderale styrker under Prices angreb, blev ikke genåbnet. Kampene efterlod mange sårede på begge sider, og mange af disse blev bragt til Mound City og Fort Leavenworth.
Med afslutningen af Prices raid aftog guerillaaktiviteten langs grænsen. Den forsvandt aldrig helt før omkring et år efter general Robert E. Lees kapitulation i Virginia i april 1865. Det var først da, at de fleste af samfundets og hærens poster lukkede, da der ikke længere var brug for dem.