I begyndelsen af de makedonske krige i 214 f.Kr. foretog Filip V af Makedonien flere aggressive handlinger mod romerske allierede. Derudover syntes Makedonien at være en trussel, da det valgte at alliere sig med Karthago under de puniske krige. Rom, der måtte tage sig af Hannibal på deres egen halvø, sendte dog nogle tropper over Adriaterhavet, men kunne ikke helt løse situationen. Mange græske byer og bystater, der foragtede det makedonske styre, dannede imidlertid den Ætoliske Liga og allierede sig med romerne. Krigen oplevede ingen større romerske engagementer og endte ubeslutsomt med våbenhvileaftaler mellem Den Ætoliske Liga og Makedonien i 205 f.Kr.

Efter den anden puniske krig bønfaldt Pergamon og Rhodos imidlertid begge Rom om støtte på grund af deres frygt for Filip V’s formodede alliance med Antiokus III fra det seleukidiske rige. Rom sendte en hær under Quinctius Flamininus for at angribe makedonerne, og drog sammen med sine allierede fra Den Ætoliske Liga til Larissa for at finde Filip. Hærerne mødtes nær Pherae, hvor Filip med sine allierede kommanderede omkring 25.000 tropper i modsætning til Flaminimus’ 33.000 tropper. Slaget fandt sted ved Cynoscephalae, en gruppe af højdedrag, der er formet som et hundehoved.

Philip sendte en fremskudt styrke for at indtage bakkerne, mens Flamininus, der ikke kendte til Philips position, sendte nogle af sine kavalerister og sit lette infanteri som spejdere. Disse blev angrebet af Filip’s fremskudte gruppe. Filip sendte sit kavaleri, som var i stand til at drive romerne ned ad bakken, indtil deres tunge infanteri engagerede og drev den makedonske styrke tilbage. På dette tidspunkt var Philips hær begyndt at opstille sig på toppen af højderyggen, og han beordrede phalanxen, som var nået toppen af højderyggen, til at fordoble sin dybde. Filip opstillede sin hær på højre fløj og sendte den ned i et angreb. Ved hjælp af vægten af deres formation og det høje terræn var makedonerne i stand til at tvinge romerne tilbage.

Da han så sin venstre side blive presset tilbage af phalanxen, tog Flamininus kommandoen over sin højre side. Da han observerede, at de makedonske phalangitter på venstre side netop var ankommet op ad bakken og var uvirksomme, beordrede han sine legioner, anført af elefanter, til at angribe. Med Filip på deres højre side var makedonerne lederløse og også sårbare på grund af det stejle terræn. De brød sammen under elefanternes angreb, da de ikke engang havde dannet deres phalanx. Efter at have brudt den makedonske venstre side, tog en tribune 20 manipler på højre side, som var i forfølgelse, og de drejede deres formationer og ramte den makedonske højre side bagud. Da phalanxen ikke var i stand til at vende hurtigt, blev mange makedonere dræbt, og flere kastede til gengæld deres våben ned i overgivelse.

I følge Polybius gav Filip derefter op og trak sig tilbage mod Tempe. Tabene som rapporteret af Polybius talte med 700 romerske tabte og 8.000 makedonere. Mange mener dog, at dette misforhold er en smule overdrevet, og at de faktiske tal er tættere på 5.000 makedonere og 2.000 romere.

Efter sit nederlag til romerne underskrev Filip Traktaten af Tempea, der forbød ham at blande sig i anliggender i det nedre Grækenland eller på anden måde uden for hans grænser.

Hvortil Cynoscephalae var den makedonske phalanx blevet betragtet som den overlegne styrke i den klassiske verden. Hvordan var romerne så i stand til at besejre den? Polybius deler sine tanker med os om dette. Den makedonske phalanx, der er opstillet seksten dybder i tæt rækkefølge, er næsten ustoppelig, når den er forenet som et frontalangreb. Denne formation kræver imidlertid meget specielle omstændigheder med et terræn, der ikke er afbrudt af forhindringer og er jævnt i naturen. Desuden har denne formation, når den enten forfølger en fjende eller bliver drevet tilbage af en fjende, en tendens til at have brud, hvilket skaber en svaghed i dens front. Hele phalanxen skal kæmpe i fællesskab, mens den romerske legionær er effektiv som en enkelt troppe eller som en deling fra hovedgruppen. Dette giver romerne mulighed for at holde en del af deres hær i reserve, for at udmanøvrere en phalanx eller en anden fjendtlig formation eller for at forstærke, hvor romerne er svage.

Dette skulle ses igen, da Makedonien igen ville udfordre Rom under Perseus, søn af Filip V. Ved at bryde traktaten om Tempea forsøgte han at genoprette Makedoniens internationale magt. Hans phalanxstyrke havde indledningsvis succes, inden han mødte Paullus i slaget ved Pydna i 18. I lighed med Cynoscephalae havde phalanxen indledningsvis succes, men da den pressede det romerske infanteri tilbage over ujævnt terræn, dannedes der huller i deres linjer, som gjorde det muligt for legionærer at trænge igennem muren af spidser og flankere deres ustabile formation, hvilket igen fik infanteriet til at bryde og flygte. Perseus flygtede også og blev bragt tilbage til Rom i lænker, mens Rom opsplittede Makedonien i fire marionetregeringer, som det kontrollerede.

Balkanhalvøen skulle blive skueplads for flere andre hellenisk-romerske konflikter, men efter Pydna stod det fast, hvem der var den overlegne magt. Både de syriske krige med Rom og det seleukidiske rige samt de sidste oprør i både Makedonien og Akaja endte med overvældende romerske sejre, og gav den romerske republik betydelige provinser at kontrollere. Et sådant herredømme blev fastslået endegyldigt i 146 f.Kr. med Roms ødelæggelse af både Korinth og Karthago.