Under fyrstbiskopperne
I 1516 skete der et skift i Montenegros forfatning, som mange historikere anser for at have sikret landets overlevelse som en uafhængig stat. Den sidste af Crnojević-dynastiet trak sig tilbage til Venedig og overdrog arvefølgen til biskopperne i Cetinje. Tidligere havde de mindre høvdinge og bøndernes loyalitet over for deres herskere været ustabilt. Det var ikke usædvanligt, at den politiske kontrol på hele Balkan overgik fra slaviske herskere til de osmanniske tyrkere, ikke fordi de førstnævnte var blevet besejret i kamp, men fordi de lokale stormænd ikke formåede at sikre sig støtte fra deres undersåtter. I Montenegro bragte stillingen som vladika, som prins-biskoppen blev kaldt, stabilitet til territoriets ledelse. Forbindelsen mellem kirke og stat ophøjede den i bøndernes øjne, institutionaliserede en form for succession og udelukkede muligheden for kompromitterende alliancer med tyrkerne.
Nu var denne periode ikke desto mindre en vanskelig periode for det lille, dengang indlandsklædte Montenegro, som næsten konstant var i krig med Det Osmanniske Rige. Selve Cetinje blev erobret i 1623, i 1687 og igen i 1712. Tre faktorer forklarer, hvorfor det ikke lykkedes osmannerne at underlægge sig byen fuldstændigt: befolkningens hårdnakkede modstand, terrænets ugæstfrie karakter (hvor det blev sagt, at “en lille hær bliver slået, en stor dør af sult”) og den behændige udnyttelse af de diplomatiske forbindelser med Venedig.
Fra 1519 til 1696 havde vladika-stillingen været en valgbar stilling, men i sidstnævnte år blev Danilo Nikola Petrović valgt til stillingen (som Danilo I) med den nye bestemmelse, at han selv kunne udnævne sin efterfølger. Selv om østlige ortodokse gejstlige generelt har lov til at gifte sig, er biskopper forpligtet til at leve i cølibat; derfor overdrog Danilo sit embede til sin nevø og etablerede en tradition, der varede indtil 1852.
To vigtige ændringer skete i den bredere europæiske kontekst for Montenegro i løbet af Danilos regeringstid: udvidelsen af det osmanniske område blev gradvist vendt, og Montenegro fandt i Rusland en ny magtfuld protektor til at erstatte det faldende Venedig. Den aftagende osmanniske bølge viste sig at have betydning for den montenegrinske religiøse identitet, som synes at have været særlig ustabil i hele det 18. århundrede. På trods af etableringen af et ortodoks teokratisk styre og den apokryfe masseslagtning af dem, der var konverteret til islam (den “montenegrinske vesper” juleaftensdag i 1702), er der omstridte beviser for, at montenegrinske slægtslinjer skiftede på en meget flydende måde, ikke kun mellem den romersk-katolske og den muslimske tro, men også mellem montenegrinske og albanske identiteter. Det ser ud til, at i betragtning af usikkerheden om, hvem der havde magten i regionen, blev mangfoldighed ofte betragtet som en slags kollektiv forsikringspolice. Montenegros ortodokse identitet blev dog gradvist stabiliseret, efterhånden som den osmanniske magt gik tilbage. Romersk-katolicismen bevarede en fodfæste i området, og kun i moderne tid har montenegrinske katolikker identificeret sig selv som kroater.
Afløsningen af Venedig med russisk protektionisme var særlig betydningsfuld, da den medførte økonomisk støtte (efter at Danilo I besøgte Peter den Store i 1715), en beskeden territorial gevinst og en formel anerkendelse i 1799 af det osmanniske Porte af Montenegros uafhængighed som en stat under vladika Petar Petrović Njegoš (Peter I). Russisk støtte på Wienerkongressen i 1815, efter den franske kejser Napoleon I’s endelige nederlag, lykkedes ikke at sikre Montenegro en udgang til havet, selv om montenegrinerne havde deltaget i erobringen af Kotor-bugten fra franske styrker i 1806.