Virginia State University blev grundlagt den 6. marts 1882, da den lovgivende forsamling vedtog et lovforslag om oprettelse af Virginia Normal and Collegiate Institute.
Lovforslaget blev støttet af delegeret Alfred W. Harris, en sort advokat, hvis kontor lå i Petersburg, men som boede i og repræsenterede Dinwiddie County i generalforsamlingen. En fjendtlig retssag forsinkede åbningsdagen i nitten måneder, indtil den 1. oktober 1883. I 1902 reviderede den lovgivende forsamling loven for at indskrænke det kollegiale program og ændre navnet til Virginia Normal and Industrial Institute.
I 1920 blev land- grant-programmet for sorte flyttet fra en privatskole, Hampton Institute, hvor det havde været siden 1872, til Virginia Normal and Industrial Institute. I 1923 blev collegeprogrammet genoprettet, og navnet blev ændret til Virginia State College for Negroes i 1930. Den toårige afdeling i Norfolk blev føjet til kollegiet i 1944; Norfolk-afdelingen blev en fireårig afdeling i 1956 og opnåede selvstændighed som Norfolk State College i 1969. I mellemtiden blev moderskolen omdøbt til Virginia State College i 1946. Endelig vedtog den lovgivende forsamling i 1979 en lov, der gav det nuværende navn, Virginia State University.
I det første akademiske år, 1883-84, havde universitetet 126 studerende og syv fakulteter (alle sorte), en bygning, 33 acres, et bibliotek med 200 bøger og et budget på 20.000 dollars. I hundredeåret 1982 var universitetet fuldt integreret og havde næsten 5.000 studerende, et fuldtidsansat fakultet på ca. 250, et bibliotek med 200.000 bøger og 360.000 mikroformede og ikke-trykte emner, et campus på 236 acre og en gård på 416 acre, mere end 50 bygninger, herunder 15 sovesale og 16 klasseværelser, og et toårigt budget på 31.000.000 dollars, eksklusive anlægsudgifter.
Universitetet ligger i Chesterfield County ved Ettrick, på en bluff på den anden side af Appomattox-floden fra byen Petersburg. Det er tilgængeligt via motorvejene Interstate Highways 95 og 85, som mødes i Petersburg. Universitetet er kun to og en halv time væk fra Washington, D.C. mod nord, Raleigh-Durham-Chapel Hill-området mod sydvest og Charlottesville mod nordvest.
Virginia State University har en lang historie med et fremragende fakultet og administration. Den første person, der bar titlen som præsident, John Mercer Langston, var en af de mest kendte sorte i sin tid. Indtil 1992 var han den eneste sorte, der nogensinde blev valgt til USA’s kongres fra Virginia (valgt i 1888), og han var storonkel til den berømte forfatter Langston Hughes. Fra 1888 til 1968 var der fire præsidenter – James H. Johnston, John M. Gandy, Luther H. Foster og Robert P. Daniel – der i gennemsnit fungerede i 20 år og hjalp skolen med at overvinde modgang og komme videre.
I de næste fire årtier skulle yderligere otte præsidenter lede universitetet til dets nuværende niveau af ekspertise, herunder James F. Tucker, Wendell P. Russell, Walker H. Quarles, Jr, Thomas M. Law, Wilbert Greenfield, Wesley Cornelious McClure, Eddie N. Moore, Jr., Keith T. Miller og Pamela V. Hammond.
Den 10. december 2015 meddelte Virginia State University Board of Visitors, at Makola M. Abdullah, Ph.D., ville blive institutionens præsident. Dr. Abdullah tiltrådte officielt sin stilling den 1. februar 2016.