Mange traditionelle kontraindikationer for hormonsubstitutionsterapi (HRT) er baseret på den teoretiske mulighed for, at disse hormoner kan forværre en sygdomsproces, og er sjældent baseret på data, der støtter dem. Denne gennemgang omhandler de tilgængelige data og manglende data, der gør det vanskeligt at ordinere HRT i forbindelse med en række almindelige sygdomstilfælde. I hver enkelt tilfælde antages det, at der er forsøgt konservative evidensbaserede behandlinger, og at menopausale symptomer fortsat er invaliderende og nedsætter livskvaliteten. Ved at skræddersy produkt, dosis, vej og regime kan man undgå nogle af de teoretiske risici ved HRT hos bestemte kvinder eller tilstande, og der gives retningslinjer for hver enkelt co-morbiditet. Specifikt diskuteres det, at skræddersyet HRT kan anvendes uden stærke beviser for en skadelig virkning efter æggestokkræft, endometriecancer, de fleste andre gynækologiske kræftformer, tarmkræft, melanom, en familiehistorie med brystkræft, godartet brystsygdom, hos bærere af BRACA-mutationer, efter brystkræft, hvis der ikke anvendes adjuverende behandling, tidligere tromboembolisme, åreknuder, fibromer og tidligere endometriose. Relative kontraindikationer er eksisterende kardiovaskulær og cerebrovaskulær sygdom og brystkræft, der behandles med adjuverende behandlinger. Det anbefales at rådføre sig med andre pårørende og give skriftligt samtykke under alle disse vanskelige omstændigheder, men ingen tilstand er en absolut kontraindikation for HRT, hvis den potentielle risiko er kendt, hvis HRT er effektiv i forhold til symptomkontrol, og hvis kvaliteten af det resterende liv er af afgørende betydning.