Den har været udsat for mange omskiftelser efter jesuitternes udvisning, først på ordre af Karl III af Spanien i 1767 og derefter i 1850 og 1861 i de første år af den republikanske æra. I mange år tjente den som park til den tilstødende kaserne, som indtog en del af Jesu Kristi kompagnis husskole.

Dets arkitektur svarer til den stil, der kaldes “jesuitisk”, af typen betegnet “af prædiken”. En stor del af facaden er hugget i sten fra øen Tierrabomba, og indenfor, i bunden af hovedalteret af marmor, der er importeret fra Italien af biskop Eugenio Biffi, ligger ejerens relikvier i en urne af guldbronze og glas, en gave fra pave Leo XIII.

I 1921 blev den typiske orange halvdel fjernet og den nuværende kuppel, der er et værk af Lelarge, blev opført. Kirkens facade afviger fra den barokke stil, som de andre indgange har. Der er en anden etage over kapellerne, som er forbundet med hinanden gennem buer af halv spids og dækket af arista-vælvinger. Denne kirke har et orgel og et kor, der ligner dem i Archbasilica of St. John Lateran i Rom.

Det indre af Kompagniets kirke udmærker sig ved de arkitektoniske elementers strenghed i modsætning til den barokke overdådighed, som jesuitterne brugte i andre dele af spansk Amerika. Dens facade anses for at være den rigeste og mest monumentale i Cartagena.