PeptideProphetTM

PeptideProphetTM validerer automatisk peptidtilknytninger til MS/MS-spektre, der er foretaget af databasesøgningsprogrammer som SEQUEST. Fra hvert datasæt lærer det fordelinger af søgescorer og peptidegenskaber blandt korrekte og ukorrekte peptider og bruger disse fordelinger til at beregne sandsynligheden for, at hvert resultat er korrekt, for hvert resultat. Relevante peptidegenskaber omfatter antallet af terminaler, der er kompatible med enzymatisk spaltning (for ubegrænsede søgninger), antallet af missede enzymspaltninger, masseforskellen i forhold til forløberionen, tilstedeværelsen af let eller tung cystein (for ICAT-forsøg) og tilstedeværelsen af et N-glykosyleringsmotiv (for N-glykosyleringsindfangningseksperimenter). PeptideProphet kan anvendes som et andet trin efter analysen af MS/MS-spektrer, der er genereret fra enhver type massespektrometer, og tilknyttede peptider ved hjælp af et hvilket som helst antal databasesøgningsprogrammer.

Denne software blev udviklet på Institute for Systems Biology i Seattle og er beskrevet i Analytical Chemistry 2002, 74, 5383-5392.

Typisk efterfølges PeptideProphet-analysen af ProteinProphet, som grupperer peptider efter deres tilsvarende protein(er) for at beregne sandsynlighederne for, at disse proteiner var til stede i den oprindelige prøve.

PeptideProphet er en komponent i den open source LC/MS/MS-analyserørledning, der er udviklet på ISB

Andre komponenter omfatter:

Hvorfor open source?

• Open source-software giver dig en fleksibilitet, som ikke kan matches af nogen proprietær source-software. Det kan nemt skræddersys til at opfylde dine særlige behov.
• Open source-software giver dig fuld indsigt i, hvordan dine data håndteres.
• Open source-software er sandsynligvis den mest demokratiske måde at etablere en bredt accepteret standard inden for dataanalyse.

Hvordan kan jeg hjælpe?

Der er mange måder, du kan hjælpe os på, og du behøver ikke at være massespektrometriker eller programmør for at gøre det.Den nemmeste måde at hjælpe os på er ved at give os feedback på vores værktøjer! Lad os vide, hvis noget ikke virker, hvis en ændring af et bestemt værktøj ville gøre det mere nyttigt, hvis der er et nyttigt værktøj eller en funktion, der mangler, osv.Hvis du mener, at du er kvalificeret til at hjælpe os på mere specifikke måder, så skriv til os! Vi vil elske at tilføje dit navn til udviklersektionen 🙂