Metabolisk analyse kan foretages ved hjælp af metabolisk analyse af metabolomet med dækning af alle de potentielt påviselige komponenter i prøven i stedet for analyse af hver enkelt metabolit på et givet tidspunkt. Målrettede og/eller ikke-målrettede metoder anvendes efter behov i forbindelse med bestemte eksperimenter. Overvågning af hundreder eller flere metabolitter på et givet tidspunkt kræver high-throughput- og high-end-teknikker, der gør det muligt at screene for relative ændringer i, snarere end absolutte koncentrationer af, forbindelser inden for et bredt dynamisk område. De fleste analyseteknikker, der er nyttige til disse formål, anvender GC- eller HPLC/UPLC-separationsmoduler koblet til et hurtigt og præcist massespektrometer. GC-separationer kræver kemisk modifikation (derivatisering) før analysen og fungerer effektivt for de små molekyler. HPLC-separationer er bedre egnede til analyse af labile og ikke-flygtige polære og ikke-polære forbindelser i deres oprindelige form. Direkte infusion og NMR-baserede teknikker anvendes for det meste til fingeraftryk og snap-fænotyping, hvor det er relevant. Opdagelse og validering af metaboliske biomarkører er spændende og lovende muligheder, som metabolisk analyse i forbindelse med biologiske og biomedicinske eksperimenter giver. Vi har vist, at GC-TOF-MS, HPLC/UPLC-RP-MS og HILIC-LC-MS teknikker, der anvendes til metabolisk analyse, giver tilstrækkelig metabolomkortlægning, der giver forskerne sikre data til efterfølgende multivariat analyse og datamining.