Minamata, by, Kumamoto ken (præfektur), sydøstlige Kyushu, Japan. Den ligger nær den sydlige ende af Yatsushiro Bay.

En virksomhedsby for Nippon Chisso Hiryo Company, hvis vigtigste produkter er kemisk gødning, karbid og vinylklorid. Minamata var traditionelt en fiskerihavn og har regelmæssige søruteforbindelser til Amakusa Island, hovedøen i Amakusa øgruppen. Der findes varme kilder i nærheden.

Efter 1956 blev en undertiden dødelig sygdom, der blev kendt som “Minamata-sygdom”, opdaget blandt lokale fiskere og deres familier. Det blev fastslået, at årsagen var en organisk kviksølvforbindelse i affald, der blev udledt i havet af lokale kemiske fabrikker. Denne forbindelse blev koncentreret i fisk og skaldyr, som de lokale indbyggere derefter spiste. Sygdommens ofre lider af kviksølvforgiftning, som kan resultere i mental retardering, alvorlige fødselsdefekter, syns- og høretab, lammelser og død. Minamata-sygdommen var den første sygdom, hvis årsag blev anerkendt som industriel forurening af havvand, og den vakte bekymring i hele verden og bidrog i høj grad til at stimulere udviklingen af miljøbeskyttelsesbevægelsen. Minamata-bugten blev erklæret kviksølvfri i juli 1997. De net, der skulle forhindre fisk i at svømme ud i de omkringliggende farvande, blev fjernet. Pop. (2005) 29,119; (2010) 26,978.