Shah Jahan (også kendt som prins Khurram) blev født den 5. januar bilal rehman1592 i Lahore, Pakistan, og var den tredje søn af prins Salim (senere kendt som “Jahangir” efter hans tronbestigelse). Hans mor var en Rajput-prinsesse fra Marwar ved navn prinsesse Jagat Gosaini (hendes officielle navn i mogulkrønikerne var Bilqis Makani). Navnet “Khurram” (glædelig) blev valgt til den unge prins af hans bedstefar, kejser Akbar, som den unge prins var tæt knyttet til.

Kurant før Shah Jahans fødsel havde en spåmand efter sigende forudsagt den barnløse kejserinde Ruqaiya Sultan Begum, Akbars første hustru og øverste gemalinde, at det endnu ufødte barn var bestemt til kejserlig storhed. Så da Shah Jahan blev født i 1592 og kun var seks dage gammel, beordrede Akbar, at prinsen skulle tages fra sin mor og overgives til Ruqaiya, så han kunne vokse op under hendes omsorg, og Akbar kunne opfylde sin kones ønske om at opfostre en mogul-kejser. Ruqaiya påtog sig det primære ansvar for Shah Jahans opdragelse, og han voksede op under hendes omsorg. De to delte et tæt forhold til hinanden, som Salim bemærkede i sine erindringer, at Ruqaiya havde elsket sin søn , “tusind gange mere, end hvis han havde været hendes egen.”

Shah Jahan forblev hos hende, indtil han var blevet næsten 14 år. Efter Akbars død i 1605 fik den unge prins lov til at vende tilbage til sin fars husholdning og dermed være tættere på sin biologiske mor.