Shakira blev født i Barranquilla, Colombia. Hun er det eneste barn af Nidia Ripoll og William Mebarak Chadid. Hendes bedsteforældre fra faderen emigrerede fra Libanon til New York City, hvor hendes far blev født. Fra sin mor, Nidia Ripoll, har hun spansk (catalansk og castiliansk) og italiensk afstamning. Hun har otte ældre halvsøskende fra sin fars tidligere ægteskab. Shakira tilbragte en stor del af sin ungdom i Barranquilla, en by, der ligger på den nordlige caribiske kyst i Colombia. Shakira skrev sit første digt med titlen “La Rosa De Cristal” (“The Crystal Rose”), da hun kun var fire år gammel. Da hun voksede op, var hun fascineret af at se sin far skrive historier på en skrivemaskine, og hun bad om at få en sådan i julegave. Hun fik en skrivemaskine som syvårig og har siden da fortsat med at skrive digte. Disse digte udviklede sig til sidst til sange. Da Shakira var to år gammel, blev en ældre halvbror dræbt i en motorcykelulykke, og i en alder af otte år skrev Shakira sin første sang med titlen “Tus gafas oscuras” (“Dine mørke briller”), som var inspireret af hendes far, der i årevis bar mørke briller for at skjule sin sorg.