Las zonas litorales están sometidas a graves y crecientes presiones derivadas de las actividades humanas que tienen lugar a lo largo o junto a la costa. En este estudio, se compararon los patrones de variabilidad en la estructura de los conjuntos bentónicos intermareales rocosos y en la abundancia de taxones individuales entre localidades cercanas a las ciudades costeras de Oporto y Vila Nova de Gaia (norte de Portugal) y localidades de referencia alejadas de ellas en condiciones mucho menos urbanizadas a lo largo de una escala temporal de catorce meses y múltiples escalas espaciales. Los resultados presentes indicaron que los ensamblajes estaban distribuidos de forma más heterogénea en la condición urbana que en la extraurbana. El número total de taxones y varios taxones individuales mostraron, en general, este mismo patrón de variabilidad. Esto podría interpretarse como el inicio de un proceso de deterioro del hábitat con consecuencias en gran medida imprevisibles. El diseño de muestreo adoptado apoya la necesidad de incluir simultáneamente una serie de escalas temporales y espaciales al evaluar las respuestas de la biodiversidad marina costera a las perturbaciones antropogénicas.