Los orígenes de la Escuela Bíblica de Vacaciones se remontan a Hopedale, Illinois, en 1894. La maestra de escuela dominical D. T. Miles, que también era maestra de escuela pública, sintió que estaba limitada por la falta de tiempo para enseñar la Biblia a los niños. Así que comenzó una escuela bíblica diaria para enseñar a los niños durante el verano. La primera escuela bíblica contó con cuarenta alumnos y duró cuatro semanas. Se utilizó una escuela local para las clases, mientras que un parque adyacente se utilizó para el recreo.

En 1898 Virginia Sinclair Hawes (a menudo identificada como la «Sra. Walker Aylett Hawes»), directora del departamento de niños de la Iglesia Bautista de Epifanía en la ciudad de Nueva York, comenzó una «Escuela Bíblica Diaria» para los niños del vecindario durante el verano en un salón de cerveza alquilado en el lado este de Nueva York. Hay una placa de bronce en honor a sus esfuerzos ubicada en su ciudad natal de Charlottesville, Virginia, en el vestíbulo de la Primera Iglesia Bautista.

Robert Boville, de la Sociedad Misionera Bautista, conoció el programa de verano de Hawes y lo recomendó a otras iglesias bautistas. Boville estableció un puñado de escuelas de verano que fueron impartidas por estudiantes del Seminario Teológico de la Unión. Durante un verano, se inscribieron mil estudiantes en cinco escuelas diferentes. En 1922, fundó la Asociación Mundial de Escuelas Bíblicas de Vacaciones Diarias.

Un año más tarde, Standard Publishing produjo el primer plan de estudios impreso de las EBV. Se proporcionó suficiente material para un curso de cinco semanas para tres niveles de edad (jardín de infancia, primaria y juvenil).

Aunque no bajo el título de Escuela Bíblica de Vacaciones, el Dr. Abraham L. Latham de la Tercera Iglesia Presbiteriana en Chester, Pensilvania, inició una escuela bíblica de verano de cinco semanas y cuatro horas diarias en 1912, que en su punto álgido tuvo entre 650 y 700 estudiantes. Se dice que fue la primera escuela bíblica de verano del mundo.

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Hoy en día, muchas iglesias dirigen sus propios programas de Escuela Bíblica de Vacaciones sin estar bajo el paraguas de una organización nacional. Algunas iglesias optan por utilizar programas curriculares temáticos, como bajo el mar, etc., de sus respectivas denominaciones o de editoriales independientes que facilitan la preparación e incluyen herramientas de marketing.

Los programas modernos suelen consistir en un programa de educación religiosa de una semana de duración que puede emplear historias bíblicas, canciones religiosas, artes y oficios, sátiras o espectáculos de marionetas que se dirigen a niños en edad escolar. Los grupos de iglesias locales que no cuentan con los recursos necesarios para llevar a cabo la EBV durante todo el verano pueden optar por coordinar sus horarios para proporcionar un cuidado continuo de los niños.

La mayoría de las iglesias ofrecen programas de EBV sin coste alguno para los asistentes. Sin embargo, algunas iglesias pueden cobrar una cuota por el programa. El coste, si lo hay, lo establece la iglesia.

Los estudios han demostrado que la EBV está en declive. Barna Research descubrió que el 81 por ciento de las iglesias estadounidenses ofrecían EBV en 1997, y en 2012 ese número había descendido al 68 por ciento.