Le clivage protéolytique, l’hydrolyse des liaisons peptidiques d’une protéine, est une réaction omniprésente dans la nature catalysée par des enzymes appelées peptidases (également appelées protéases, protéinases et enzymes protéolytiques). Qu’il s’agisse du piégeage digestif des nutriments ou de la régulation d’un processus physiologique critique comme la coagulation sanguine, les peptidases jouent un rôle essentiel dans la croissance et la survie de tous les organismes vivants. En raison de leur abondance et de leur importance, les mécanismes de réaction des peptidases ont été étudiés de manière plus approfondie que toute autre classe d’enzymes. Un grand nombre des premières structures cristallines à haute résolution des protéines ont été obtenues pour les peptidases. Notre compréhension du mécanisme d’accélération de la vitesse utilisé par les peptidases et de la base structurelle de leur spécificité s’est considérablement améliorée grâce à l’utilisation d’une technique d’ADN recombinant appelée mutagenèse spécifique de site. Mise au point au début des années 1980, la mutagenèse spécifique de site est une méthode par laquelle un ou plusieurs résidus spécifiques dans la séquence d’acides aminés d’une protéine peuvent être supprimés ou, plus couramment, remplacés par un autre acide aminé par mutagenèse du gène cloné correspondant. La contribution à la catalyse d’un groupe fonctionnel d’acide aminé dans le site actif d’une enzyme peut alors être déterminée directement. Grâce aux connaissances précieuses sur le mécanisme de réaction des peptidases fournies par les études de mutagenèse spécifique au site et la cristallographie aux rayons X à haute résolution, des progrès significatifs ont été réalisés dans la conception de nouveaux médicaments inhibiteurs de peptidases ainsi que dans le développement de peptidases aux propriétés améliorées pour des applications médicinales et industrielles.