L’Empire ottoman a entretenu des relations étroites avec les cités-États italiennes voisines aux 16e et 17e siècles. Yacub Pacha (1425-1481), médecin personnel de Mehmed II le Conquérant, était un juif italien qui a accédé au titre de pacha et de vizir. Domenico Hierosolimitano (vers 1552-1622), troisième médecin du sultan Murad III, était un rabbin de Jérusalem. Son livre est une source importante sur la vie quotidienne et la pratique médicale à Istanbul à cette époque. Nuh bin Abd al-Mennab (1627-1707), également de souche italienne, était le médecin en chef de l’Empire ottoman, qui a traduit une pharmacopée en turc. Au cours du même siècle, deux Italiens, Israël Conegliano (Conian) et Tobia Cohen, sont devenus les médecins privés de grands pachas ottomans et du Grand Vizir. A. Vuccino (1829-1893) et Antoine Calleja Pasha (1806-1893) ont enseigné à l’école de médecine d’Istanbul. L’Italie était un pays privilégié pour l’enseignement médical au cours de la première période d’occidentalisation ottomane. Sanizade Mehmet Ataullah Efendi (1771-1826) a traduit de l’italien en turc le premier livre de médecine imprimé dans l’Empire ottoman. Mustafa Behcet Efendi (1774-1833), médecin en chef du sultan et fondateur de la première école de médecine occidentale en Turquie, a traduit plusieurs ouvrages médicaux de l’italien en turc. La première pharmacopée imprimée dans l’Empire ottoman était également d’origine italienne. Au XIXe siècle, Edouard Ottoni et son fils Giuseppe Ottoni étaient des pharmaciens militaires réputés, tous deux sous le nom de Faik Pacha. Le médecin d’origine italienne le plus influent était probablement Giovanni Battista Violi (1849-1928), qui a pratiqué la pédiatrie en Turquie pendant plus de cinquante ans. Violi a été le fondateur du premier hôpital pour enfants, du premier institut de vaccins et de la première revue pédiatrique de l’Empire ottoman.