Au début des guerres de Macédoine en 214 avant J.-C., Philippe V de Macédoine a fait plusieurs mouvements d’agression contre les alliés romains. De plus, la Macédoine apparaît comme une menace puisqu’elle choisit de s’allier à Carthage pendant les guerres puniques. Cependant, Rome, qui devait faire face à Hannibal sur sa propre péninsule, a envoyé quelques troupes à travers l’Adriatique, mais n’a pas pu faire face à la situation. Cependant, de nombreuses villes et cités-États grecques, méprisant la domination macédonienne, formèrent la Ligue Aetolienne et s’allièrent aux Romains. La guerre ne vit aucun engagement romain majeur, et se termina de manière indécise avec des traités d’armistice entre la Ligue Aétolienne et la Macédoine en 205 av. J.-C..

Toutefois, après la deuxième guerre punique, Pergame et Rhodes plaidèrent toutes deux auprès de Rome pour un soutien en raison de leurs craintes d’une alliance supposée de Philippe V avec Antiochus III de l’Empire séleucide. Rome envoya une armée sous les ordres de Quinctius Flamininus pour engager les Macédoniens, et se dirigea avec ses alliés de la Ligue Aetolienne vers Larissa à la recherche de Philippe. Les armées se rencontrèrent près de Phérae, Philippe et ses alliés commandant environ 25 000 hommes contre 33 000 pour Flaminimus. La bataille se déroula à Cynoscephalae, un groupe de crêtes en forme de tête de chien.

Philippe envoie une force d’avance pour prendre les collines, tandis que Flamininus, ignorant la position de Philippe, envoie une partie de sa cavalerie et de son infanterie légère en éclaireurs. Ceux-ci furent engagés par l’avance de Philippe. Philippe envoya sa cavalerie, qui fut capable de pousser les Romains à descendre la colline, jusqu’à ce que leur infanterie lourde engage et repousse la force macédonienne. A ce moment-là, l’armée de Philippe avait commencé à se déployer au sommet de la crête, et il ordonna à la phalange, qui avait atteint le sommet de la crête, de doubler sa profondeur. Philippe forma son armée sur l’aile droite et l’envoya à la charge. En utilisant le poids de leur formation et le terrain élevé, les Macédoniens ont pu forcer les Romains à reculer.

Voyant sa gauche repoussée par la phalange, Flamininus prit le commandement de sa droite. Observant que les phalangistes macédoniens sur la gauche venaient d’arriver en haut de la colline et étaient désœuvrés, il ordonna à ses légions, menées par des éléphants, d’attaquer. Avec Philippe sur leur droite, les Macédoniens étaient sans chef et également vulnérables à cause du terrain escarpé. Ils se brisèrent sous la charge des éléphants, n’ayant même pas formé leur phalange. Après avoir brisé la gauche macédonienne, un tribun a pris 20 manipules sur la droite qui étaient à sa poursuite, a fait pivoter sa formation et a frappé la droite macédonienne à l’arrière. La phalange étant incapable de se retourner rapidement, de nombreux Macédoniens furent tués, et d’autres à leur tour jetèrent leurs armes en se rendant.

Selon Polybe, Philippe prit alors la fuite et se retira vers Tempe. Les pertes telles que rapportées par Polybe s’élèvent à 700 victimes romaines et 8000 macédoniens. Cependant, beaucoup pensent que cette disparité est légèrement exagérée, les chiffres réels étant plus proches de 5 000 Macédoniens et 2 000 Romains.

Après sa défaite face aux Romains, Philippe signe le traité de Tempea, lui interdisant de s’ingérer dans les affaires de la Grèce inférieure ou autrement hors de ses frontières.

Jusqu’à Cynoscéphalie, la phalange macédonienne avait été considérée comme la force supérieure du monde classique. Comment, dès lors, les Romains ont-ils pu la vaincre ? Polybe nous livre ses réflexions à ce sujet. La phalange macédonienne, disposée sur seize rangs en ordre serré, est presque invincible lorsqu’elle est réunie en une attaque frontale. Cependant, cette formation nécessite des circonstances très spécifiques de terrain sans obstacles et de nature plane. De plus, lorsqu’elle poursuit un ennemi ou qu’elle est repoussée par lui, cette formation a tendance à avoir des ruptures, créant une faiblesse sur son front. La phalange entière doit combattre de concert, tandis que le légionnaire romain est efficace en tant que troupe unique ou en tant que détachement du corps principal. Cela permet aux Romains de garder une partie de leur armée en réserve, de manœuvrer davantage une phalange ou une autre formation ennemie, ou de renforcer là où les Romains sont faibles.

On le verra à nouveau lorsque la Macédoine défiera Rome sous Persée, fils de Philippe V. Rompant le traité de Tempea, il tente de restaurer la puissance internationale de la Macédoine. Sa force de phalange connaît un succès initial avant de rencontrer Paullus à la bataille de Pydna en 18. Comme à Cynoscéphalie, la phalange a connu un succès initial, mais lorsqu’elle a repoussé l’infanterie romaine sur un terrain accidenté, des brèches se sont formées dans leurs lignes, ce qui a permis aux légionnaires de pénétrer le mur de piques et de flanquer leur formation instable, provoquant à nouveau la rupture et la fuite de l’infanterie. Persée prit également la fuite et fut ramené à Rome enchaîné, tandis que Rome brisait la Macédoine en quatre gouvernements fantoches qu’elle contrôlait.

La péninsule des Balkans serait le théâtre de plusieurs autres conflits helléno-romains, mais après Pydna, il était fermement établi qui était la force supérieure. Les guerres de Syrie avec Rome et l’empire séleucide, ainsi que les dernières insurrections de Macédoine et d’Achaïe, se sont soldées par des victoires romaines écrasantes et ont donné à la République romaine d’importantes provinces à contrôler. Cette domination a été affirmée de manière concluante en 146 avant J.-C. avec la destruction par Rome de Corinthe et de Carthage.