En 1920, la session impériale des Shriners s’est tenue à Portland, Oregon. Au cours de cette session, les membres ont adopté à l’unanimité une résolution présentée par W. Freeland Kendrick qui (alors qu’il était potentat impérial) a présenté la résolution qui a créé les hôpitaux Shriners pour enfants. Le premier hôpital du système a ouvert ses portes en 1922 à Shreveport, en Louisiane. Il fournissait des soins orthopédiques pédiatriques.
Les hôpitaux Shriners pour enfants ont travaillé en étroite collaboration avec le commandement sud des États-Unis et d’autres commandements militaires, y compris l’armée de terre et l’armée de l’air, la force militaire combinée guatémaltèque et via l’ambassade des États-Unis, le département américain de la santé & des services humains, et le département d’État américain.Département d’État américain pour organiser les visas médicaux et le transport vers les États-Unis, « avec un engagement global pour les enfants du monde entier ».
En 1962, les Shriners d’Amérique du Nord ont alloué 10 millions de dollars pour établir trois hôpitaux spécialisés dans le traitement et la réhabilitation des enfants brûlés. Après avoir visité 21 institutions médicales universitaires, la décision a été prise de construire leur premier hôpital pédiatrique pour grands brûlés sur le campus de l’Université du Texas Medical Branch à Galveston, au Texas.
En 1994, la Chronicle of Philanthropy, une publication de l’industrie, a publié les résultats de la plus grande étude sur la popularité et la crédibilité des organisations caritatives et sans but lucratif. L’étude a montré que les hôpitaux Shriners étaient classés au 9e rang des « organismes de bienfaisance/à but non lucratif les plus populaires en Amérique » sur plus de 100 organismes de bienfaisance ayant fait l’objet d’une recherche, 40 % des Américains de plus de 12 ans ayant choisi « Love » et « Like A Lot » pour les hôpitaux Shriners.
En septembre 2008, l’hôpital Shriners de Galveston a subi d’importants dommages causés par l’ouragan Ike. L’hôpital a été fermé pour rénovation à ce moment-là, et les soins pour les enfants souffrant de brûlures aiguës ont été fournis dans d’autres hôpitaux Shriners pour enfants. Les Shriners avaient envisagé de fermer les établissements de Shreveport (Louisiane), de Greenville (Caroline du Sud), d’Erie (Pennsylvanie), de Spokane (Washington), de Springfield (Massachusetts) et de Galveston (Texas), éliminant ainsi 225 lits au total. Cependant, en juillet 2009, la Convention nationale des Shriners a voté à une écrasante majorité contre la fermeture de tout hôpital et pour la réparation et la réouverture de l’établissement de Galveston.
En 2009, malgré une dotation qui a diminué de 8 milliards de dollars à 5 milliards de dollars en moins d’un an en raison de la mauvaise économie, Douglas Maxwell, le PDG des hôpitaux a déclaré que lui et d’autres Shriners sont convaincus que le système hospitalier sera en mesure de rester solvable à long terme. Maxwell a déclaré en juillet 2009 que certains établissements pourraient devenir des centres de chirurgie ambulatoire et qu’ils commenceraient à accepter les paiements d’assurance (pour la plupart des soins) pour la première fois en 87 ans d’histoire des hôpitaux. Maxwell a déclaré que les enfants souffrant de brûlures, d’affections orthopédiques, de lésions de la moelle épinière et de fentes palatines continueront à être traités sans frais pour leurs familles.
En mai 2015, les hôpitaux Shriners pour enfants sont devenus membres du Mayo Clinic Care Network, un réseau national d’organisations qui s’engagent à mieux servir les patients et leurs familles grâce à la collaboration des médecins.