Elle a subi de nombreuses vicissitudes après l’expulsion des jésuites, d’abord ordonnée par Charles III d’Espagne en 1767, puis dans les années 1850 et 1861, pendant les premières années de l’ère républicaine. Pendant de nombreuses années, il a servi de parc à la caserne adjacente, qui occupait une partie de la maison-école de la Compagnie de Jésus.

Son architecture correspond au style dit « jésuitique », de type dénommé « de prédication ». Une grande partie de la façade a été sculptée dans la pierre de l’île de Tierrabomba, et à l’intérieur, au bas du maître-autel en marbre importé d’Italie par l’évêque Eugenio Biffi, reposent les reliques du propriétaire dans une urne en bronze doré et en verre, cadeau du pape Léon XIII.

En 1921, la moitié orange typique a été éliminée et le dôme actuel, œuvre de Lelarge, a été érigé. La façade de l’église s’écarte du style baroque des autres entrées. Il y a un deuxième étage au-dessus des chapelles, qui sont intercommuniquées par des arcs en demi-point et couvertes de voûtes en arête. Cette église possède un orgue et un chœur semblables à ceux de l’archibasilique de Saint-Jean-de-Latran à Rome.

L’intérieur de l’église de la Compagnie se distingue par la sévérité de ses éléments architecturaux, en contraste avec la profusion baroque utilisée par les jésuites dans d’autres régions de l’Amérique espagnole. Sa façade est considérée comme la plus riche et la plus monumentale de Carthagène.