Le 29 janvier 1861, le Kansas est admis dans l’union en tant qu’État libre, une défaite pour la cause sudiste. Même alors, l’élément sudiste restait fermement ancré dans de nombreuses communautés de l’est du Kansas. Lorsque la guerre civile éclate, environ 20 000 hommes du Missouri rejoignent l’armée de l’Union, tandis qu’environ 1 000 rejoignent les forces confédérées. Cependant, de nombreux Sudistes ont apporté un soutien sans réserve à l’Union, car ils voulaient que le Kansas reste leur foyer.

Le passage du statut de territoire à celui d’État a acheté quelques changements dans les types de forts existant au Kansas. La rivalité partisane avait disparu. Il existait encore de nombreux forts de colons pour se protéger des attaques indiennes. Il est possible qu’un seul camp, Livingston’s Hideout, ait existé en tant que poste confédéré au Kansas pendant la guerre civile. Cependant, d’autres cachettes permanentes auraient pu exister du côté du Kansas, dans les régions de Wyandotte (Kansas City) et d’Olathe. Toutes les autres se trouvaient du côté de l’Union. Le nombre de forts a également augmenté. L’État en comptait 26 en 1861 et ce nombre est passé à 43 en 1864. À la fin de la guerre en 1865, l’État comptait encore 36 forts et postes.

Les forts servaient encore à des fins similaires à celles de l’époque territoriale. L’armée en maintenait certains pour protéger les voyageurs et les colons contre les Indiens. Certains des nouveaux postes de l’armée, cependant, ont été établis pour protéger les communautés le long de la frontière entre le Kansas et le Missouri contre les forces régulières et la guérilla confédérées.

D’autres postes de l’armée, comme Fort Scott, Fort Leavenworth et Fort Riley, servaient de sièges administratifs dans la chaîne de forts qui s’étendait dans l’ouest. Les forts Leavenworth et Scott devinrent également d’importantes bases d’opérations pour reprendre à la Confédération certaines parties du Territoire indien, du Missouri et de l’Arkansas. Riley, Leavenworth et Scott furent utilisés à d’autres fins. A certaines époques, tous trois détenaient un grand nombre de prisonniers confédérés. Leavenworth fut utilisé pour convertir les Confédérés capturés en « Yankees galvanisés ».

Ces Yankees galvanisés étaient des prisonniers confédérés organisés en nouvelles compagnies de l’Union utilisées pour tenir des forts frontaliers au plus profond des territoires traversés par les Indiens. Ils n’ont jamais été utilisés pour combattre des camarades confédérés, car ils ont pu refuser de combattre leurs anciens alliés. La plupart des Yankees galvanisés s’enrôlèrent probablement dans de telles unités pour échapper aux conditions sinistres des camps de prisonniers.

Ces Confédérés  » réformés  » étaient méprisés par les autres soldats de l’Union, car ces derniers se figuraient que ces hommes avaient d’abord prouvé qu’ils étaient des traîtres à l’Union, puis qu’ils étaient devenus des traîtres à la Confédération. Ils étaient donc considérés comme des traîtres doubles sans aucune qualité rédemptrice. De plus, les Yankees galvanisés ne pouvaient s’attendre à aucun respect dans le Sud pour avoir rejoint l’armée de l’Union. Il n’est pas étonnant qu’ils aient déserté en grand nombre une fois déployés.

Fort Zarah et Fort Larned ont eu pendant un temps des garnisons avec un grand nombre de ces anciens prisonniers confédérés. La raison pour laquelle l’Union avait recours à l’équipement des prisonniers confédérés était que l’armée pouvait se passer de peu d’hommes pour protéger les sentiers et les colons.

Incidemment, la plupart des forts établis par l’armée étaient parfois totalement occupés par des forces volontaires ou de milice levées pour combattre les Confédérés. Les forts de l’armée ont également servi de bureaux de poste et de quartiers généraux pour les agences indiennes. Un fort, Fort Lincoln, a été utilisé pendant un certain temps comme prison pour les Confédérés capturés.

Après le début de la guerre civile, de nombreuses communautés ont établi des forts, la plupart construits en rondins. Certains de ces forts avaient des fonctions uniques. À Humboldt, l’un d’eux était un moulin fortifié tandis qu’un autre était un magasin de marchandises sèches fortifié. Fort Drinkwater servait de bureau de poste et Fort Montgomery (Eureka) servait d’école.

La puissance des forts militaires et communautaires variait considérablement. Étonnamment, certains des forts construits par les communautés étaient considérablement plus défendables que certains construits par les militaires. Quelques-uns des forts les plus solides, cependant, ont été établis par l’armée. Le fort Sully, qui surplombe le fort Leavenworth, a été construit à un endroit qui le rendait pratiquement imprenable. Le camp Ben Butler, à Baxter Springs, était également perché dans un endroit pratiquement imprenable.

Les forts les plus faibles comprenaient Fort Larned, construit à l’origine principalement en adobe. Typiquement, de nombreux forts militaires ont commencé comme des groupes de bâtiments et des abris couverts de gazon qui auraient été difficiles à défendre si des attaques à grande échelle avaient été montées contre eux. Les forts Dodge et Zarah ont également commencé comme des forts faibles. Zarah a fini par être transformé en l’un des forts les plus solides de l’État.

Trois événements ont poussé le Kansas à construire rapidement d’autres forts et postes après le début de la guerre civile. L’un d’eux est l’effort infructueux de l’armée pour débarrasser l’est du Kansas des attaques de la guérilla confédérée. Par deux fois, en 1861 et 1862, des forces confédérées régulières ont pénétré dans le sud-est du Kansas. Par ailleurs, en mai 1862, des forces indiennes confédérées commandées par le lieutenant-colonel John Jumper s’organisent pour s’emparer de Fort Larned dans le sud-ouest du Kansas. Les Indiens se désintéressent de l’entreprise et n’atteignent jamais le fort. Cependant, la principale préoccupation de l’armée était de protéger le Kansas contre les bandes de guérilleros qui terrorisaient les habitants des deux côtés de la frontière entre le Kansas et le Missouri.

Le 13 mars 1863, le colonel Thomas Ewing, Jr. est promu général de brigade et se voit confier le commandement du district de la frontière, qui comprend tout le Kansas, ainsi que des parties d’autres juridictions. Les responsabilités d’Ewing incluaient le maintien de la frontière à l’abri des attaques de la guérilla. Pour ce faire, Ewing décide d’installer des postes de l’armée le long de la frontière entre le Kansas et le Missouri, depuis le fleuve Missouri au nord jusqu’à la frontière du territoire indien au sud. Il voulait suffisamment de postes pour qu’ils ne soient pas distants de plus de dix miles. Des postes tels que Coldwater Grove, Potosi et une série de postes à Baxter Springs furent construits.

À l’été 1863, on supposait que la chaîne de postes le long de la frontière mettrait fin aux déprédations de la guérilla au Kansas. Cependant, un certain nombre de petits raids ont eu lieu, dont un jusqu’à Council Grove à l’ouest. Les guérilleros échappent aux troupes de l’armée, dont beaucoup sont trop inexpérimentées pour leurs tâches de patrouille. En outre, les forces de l’Union disposaient souvent de chevaux et d’armes de qualité inférieure à ceux que possédaient les guérilleros. Enfin, quelques officiers de l’Union sous le commandement d’Ewing étaient carrément incompétents.

Néanmoins, un faux sentiment de sécurité prévalait. Lawrence, par exemple, a même adopté une ordonnance interdisant à ses habitants de posséder des armes à feu dans les limites de la ville. Toutes les armes et munitions devaient être enfermées dans l’armurerie de la ville. Même les recrues de deux camps de la ville n’avaient pas de munitions et le commandant de l’escouade des troupes de Lawrence devait garder ses armes de poing dans l’armurerie.

Ce faux sentiment de sécurité fut soudainement brisé par une journée d’août chaude et ensoleillée. Dans l’après-midi du 20 août, le commandant de la guérilla William C. Quantrill et près de 450 partisans sont entrés dans le Kansas et se sont dirigés vers Lawrence. Étonnamment, un certain nombre de personnes ont découvert les mouvements de Quantrill et la garnison d’Aubry, juste à l’ouest de la frontière du Missouri, a vu les guérilleros passer près de son poste. Le commandant du poste ne prend même pas la peine d’essayer d’identifier la force qui passe.

Le lendemain matin, les hommes de Quantrill font irruption dans un Lawrence sans défense et commettent l’une des pires atrocités de la guerre civile. Une grande partie de Lawrence a été pillée et brûlée. Environ 180 hommes et garçons, pratiquement tous sans défense, ont été abattus. Environ 6 000 soldats de l’Union et miliciens du Kansas et du Missouri ont tenté de capturer ou de détruire la guérilla, mais pratiquement tous les guérilleros se sont enfuis. Les guérilleros en retraite ont même temporairement envahi le poste de Paola au cours de leur retraite précipitée.

Ewing réagit en émettant l’ordre général n° 11, qui ordonne le dépeuplement virtuel d’une vaste zone du côté Missouri de la frontière. L’idée était en partie de priver les guérilleros d’une base d’opération. Cependant, les attaques de guérilla se poursuivirent sans relâche et de nombreux Missouriens innocents furent punis par le décret d’Ewing.

Quantrill attaqua même Fort Blair (Fort Baxter), à l’actuelle Baxter Springs, le 6 octobre. Bien que le fort ait été tenu avec succès, 91 soldats de l’Union et employés de l’armée ont été tués et environ 25 ont été blessés. On estime que de trois à 30 guérilleros ont été tués et au moins trois ont été blessés. Beaucoup des troupes de l’Union qui moururent ce jour-là se rendirent aux hommes de Quantrill, qui les assassinèrent ensuite dans une autre des pires atrocités de la guerre.

Incidemment, la plupart des postes établis par Ewing restèrent, malgré l’échec à arrêter les raids de la guérilla. Ils ont eu un effet dissuasif. Sans eux, probablement plus de raids auraient été menés.

En 1864, l’augmentation des confrontations avec les Indiens a entraîné la construction de nouvelles communautés et de forts de l’armée. Apparemment, en mars 1864, de nombreux conseils ont été tenus parmi les tribus indiennes, le sujet étant les tentatives de garder les Blancs hors des zones occupées par les Indiens. À la fin du printemps, les Indiens des plaines ont commencé à attaquer les colonies blanches et les voyageurs dans les deux tiers occidentaux du Kansas dans le but de forcer les Blancs à partir.

Un des résultats fut l’apparition de raids pour sécuriser les chevaux de Fort Larned et Fort Ellsworth. De plus, comme toutes les troupes qui pouvaient être épargnées étaient envoyées pour combattre les Confédérés, des unités yankees galvanisées furent utilisées pour renforcer certaines garnisons. Certains forts de colons ont été utilisés pour protéger les communautés contre les attaques indiennes. Un certain nombre de nouveaux postes de l’armée et de forts communautaires sont construits pour protéger les régions contre les Indiens hostiles. Les deux tiers occidentaux du Kansas sont assiégés tout au long de l’hiver suivant.

À l’automne 1864, le major-général Sterling Price, ancien gouverneur du Missouri, est choisi pour diriger une invasion confédérée (Price’s Missouri Raid) visant à capturer Saint-Louis et à envahir l’Illinois. Cette invasion débute le 28 août, lorsque Price part du sud-ouest de l’Arkansas avec 12 000 soldats mal équipés. Il pensait conquérir et tenir St. Louis. Lorsqu’il y est confronté à 6 000 soldats de l’Union, Price change ses plans. Il décida plutôt de reconquérir le Missouri pour la Confédération.

Price était constamment confronté aux troupes fédérales ou à la milice de l’État du Missouri et n’était pas en mesure d’occuper de manière permanente une quelconque zone. Son invasion se transforme en un raid glorifié, car il est coupé du soutien confédéré en Arkansas et au Texas. Toutefois, lorsque Price tourne vers l’ouest à partir de St. Louis, les autorités du Kansas s’inquiètent. A la mi-octobre, Price approchait de Kansas City.

La menace de Price provoqua une réaction qui changea le statut de nombreux forts et postes de l’est du Kansas. De nombreuses localités envoyèrent des troupes à la rencontre des Confédérés. Un certain nombre de petits postes de l’armée furent libérés ou réduits à des garnisons squelettiques afin qu’un maximum de soldats puissent affronter les hommes de Price. De nouveaux forts furent établis pour aider à défendre Fort Leavenworth, Lawrence et Topeka (la capitale de l’État) contre les Confédérés.

La menace qui pesait sur l’est du Kansas était bien réelle. Price a commenté qu’il voulait dîner à Fort Leavenworth, une indication qu’il espérait capturer ce poste important. Price continua à avancer vers l’ouest, mais fut défait de manière décisive le 23 octobre lors de la bataille de Westport. Westport se trouvait juste au sud-est de Kansas City. Cette défaite mit fin aux avancées des Confédérés et contraignit les envahisseurs à une retraite rapide vers un territoire sûr.

Cette retraite s’effectuait le long de la frontière entre le Kansas et le Missouri et la présence d’un si grand nombre de Confédérés perturba la ligne de postes établie par Ewing. Sur la route vers le sud, un certain nombre de postes sont menacés et les postes de l’armée à Trading Post et Potosi sont brièvement occupés par les hommes de Price. Le 25 octobre, les Confédérés furent à nouveau vaincus lors de la bataille de Mine Creek. Mine Creek se trouvait près de Mound City, le site d’un autre poste important.

Le jour de la bataille, l’ancien poste de Fort Lincoln fut détruit par les Confédérés. Après avoir menacé la ville et le poste de Fort Scott, les troupes de Price quittèrent la région. Plusieurs des postes abandonnés par les Fédéraux lors du raid de Price ne furent pas rouverts. Les combats firent de nombreux blessés des deux côtés et beaucoup d’entre eux furent emmenés à Mound City et à Fort Leavenworth.

A la fin du raid de Price, l’activité de guérilla le long de la frontière diminua. Elle ne disparut jamais complètement jusqu’à environ un an après la reddition du général Robert E. Lee en Virginie en avril 1865. Ce n’est qu’à ce moment-là que la plupart des postes communautaires et de l’armée ont fermé, n’étant plus nécessaires.