PeptideProphetTM

PeptideProphetTM valide automatiquement les assignations de peptides aux spectres MS/MS effectuées par des programmes de recherche de bases de données tels que SEQUEST. À partir de chaque ensemble de données, il apprend les distributions des scores de recherche et des propriétés des peptides parmi les peptides corrects et incorrects, et utilise ces distributions pour calculer pour chaque résultat une probabilité qu’il soit correct. Les propriétés peptidiques pertinentes comprennent le nombre de terminaisons compatibles avec un clivage enzymatique (pour les recherches sans contrainte), le nombre de clivages enzymatiques manqués, la différence de masse par rapport à l’ion précurseur, la présence de cystéine légère ou lourde (pour les expériences ICAT) et la présence d’un motif de N-glycosylation (pour les expériences de capture de N-glycosylation). PeptideProphet peut être utilisé comme deuxième étape après l’analyse des spectres MS/MS générés par tout type de spectromètre de masse, et des peptides assignés à l’aide de n’importe quel nombre de programmes de recherche de base de données.

Ce logiciel a été développé à l’Institute for Systems Biology de Seattle et est décrit dans Analytical Chemistry 2002, 74, 5383-5392.

Typiquement, l’analyse PeptideProphet est suivie de ProteinProphet, qui regroupe les peptides par leur(s) protéine(s) correspondante(s) pour calculer les probabilités que ces protéines soient présentes dans l’échantillon d’origine.

PeptideProphet est l’un des composants du pipeline d’analyse LC/MS/MS open source développé à l’ISB

Les autres composants comprennent :

Pourquoi l’open source ?

• Le logiciel open source vous donne une flexibilité qui ne peut être égalée par aucun logiciel propriétaire. Il peut être facilement adapté pour répondre à vos besoins particuliers.
• Un logiciel open source vous donne un aperçu complet de la façon dont vos données sont traitées.
• Un logiciel open source est probablement la façon la plus démocratique d’établir une norme largement acceptée dans l’analyse des données.

Comment puis-je aider ?

Il y a plusieurs façons de nous aider et vous n’avez pas besoin d’être un spectrométriste de masse ou un programmeur pour le faire.La façon la plus simple de nous aider est de nous fournir des commentaires sur nos outils ! Faites-nous savoir si quelque chose ne fonctionne pas, si une modification d’un outil particulier le rendrait plus utile, s’il manque un outil ou une fonction utile, etc. Si vous pensez être qualifié pour nous aider de manière plus spécifique, écrivez-nous ! Nous serions ravis d’ajouter votre nom à la section des développeurs :).