En apprenant la mission mongole en Russie, le gouvernement Qing chargea Sando d’enquêter. Sando convoqua immédiatement le chef de l’administration ecclésiastique (Ikh shav’) du Khutukhtu, l’Erdene Shanzav, et exigea une explication. L’Erdene Shanzav, plaidant qu’il n’était pas impliqué, a révélé tout le complot. Sando a alors exigé que le Khutuktu retire sa demande de troupes russes. Le Khutuktu accepte, à condition que Sando démantèle la Nouvelle Administration. Sando téléphona à Pékin pour obtenir des instructions, et on lui répondit que certaines parties de la Nouvelle Administration pouvaient être retardées.
Sando ordonna aux princes d’Urga de signer une déclaration selon laquelle seuls quelques individus avaient été responsables de l’appel à la Russie. Les princes ont effectivement fait une telle déclaration, mais seulement oralement. Sando ordonne ensuite aux Mongols de ne plus avoir de contact avec le consulat russe, menaçant en cas de désobéissance d’amener 500 troupes supplémentaires à Urga et d’armer la population chinoise de la ville. Il a posté des sentinelles autour du palais de Khutuktu avec l’ordre d’interdire les visiteurs russes. Et il envoya un contingent de troupes à la frontière russo-mongole pour intercepter la délégation mongole en Russie à son retour.
Des événements de proportions sismiques se déroulaient alors en Chine proprement dite. Le 10 octobre, il y eut un soulèvement à Wuchang et une révolution contre la classe dirigeante minoritaire avait commencé. Une province après l’autre déclarait son indépendance vis-à-vis de l’autorité des Qing. Estimant que sa position est intenable, Sando envoie un courrier au gouvernement de Pékin pour demander la permission de démissionner, mais sa demande est rejetée. Pendant ce temps, la délégation mongole en Russie rentre secrètement et fait part des résultats de son voyage à un groupe de princes et de lamas. Ils ont composé un mémorial commun au Khutukhtu demandant ce que la Mongolie devrait faire à la place des soulèvements provinciaux. Il a conseillé aux Mongols de former un État à part entière.
Fort du soutien du Khutuktu et de l’effondrement imminent de la dynastie Qing, le gouvernement provisoire de Khalkha a été formé, dirigé par quelques nobles éminents de Khalkha. Le 28 novembre, le gouvernement ordonne aux quatre provinces (aimag) de Khalkha de mobiliser mille soldats chacune. Presque immédiatement, 500 hommes des khoshuuns voisins se sont rassemblés à Urga. Deux jours plus tard, Sando reçoit une lettre, signée au nom des nobles et des lamas de Khalkha, déclarant qu’ils ont entendu parler d’un mouvement sécessionniste en Chine, et que les troupes chinoises du « parti révolutionnaire » se préparent à marcher sur Urga depuis la Mongolie intérieure. La lettre poursuit en indiquant que, compte tenu des avantages obtenus par les Khalkhas auprès des Qing dans le passé, le Khutuktu a ordonné la mobilisation de 4000 hommes pour avancer sur Pékin afin de défendre l’Empereur. Il est demandé à Sando de fournir à ces hommes des provisions et des armes. On lui a donné trois heures pour répondre. Aucune réponse n’est venue. Abandonnant cette mince tromperie, une délégation de nobles et de lamas se rendit au bureau de l’amban, et l’informa de leur décision de déclarer l’indépendance et d’installer le Khutuktu comme empereur. Sando a plaidé auprès de la délégation. Il admet que ce qui s’est passé est le résultat de sa propre folie et promet de recommander une autonomie totale pour la Mongolie, mais pas l’indépendance. La délégation répond sèchement qu’elle est venue simplement pour délivrer un message, pas pour en débattre. Sando reçut l’ordre de quitter le pays dans les 24 heures.
Il n’y avait pas grand chose à faire pour Sando. Il n’avait que 150 soldats, qui de toute façon étaient d’humeur réfractaire à cause des arriérés de salaire. Le lendemain, ses soldats sont désarmés par les miliciens mongols, ainsi que par les cosaques russes du convoi consulaire sous le commandement de Grigory Semyonov, futur Ataman. Sando et son personnel s’installent dans l’enceinte du consulat russe pour leur propre sécurité.
Le 30 novembre 1911, les Mongols établissent le gouvernement temporaire de Khalkha. Le 5 décembre, Sando quitte la Mongolie sous escorte russe. L’autorité chinoise dans le reste du pays s’est effondrée rapidement après cela. Plus tard dans le mois ou en janvier 1912 (les sources diffèrent), le gouverneur militaire d’Uliastai, en Mongolie occidentale, ainsi que son personnel et ses gardes militaires, quittent pacifiquement le pays sous la protection des troupes cosaques. Le gouverneur militaire adjoint de Khovd, cependant, a décidé de résister, espérant des renforts du Xinjiang. Les troupes arrivent trop tard : la ville est encerclée par les troupes mongoles, le détachement de renfort est écrasé. En août 1912, son bastion fut vaincu par les troupes mongoles, et lui et son personnel furent escortés hors du pays par des cosaques.
Le 1er décembre, le gouvernement provisoire de Khalkha publia une proclamation générale annonçant la fin de la domination Qing et l’établissement d’une théocratie sous le Jebtsundamba Khutuktu. À la fin du mois, le 29 décembre, le Khutuktu est officiellement installé comme Bodg Khaan (« Grand Khan » ou « Empereur ») du nouvel État mongol. Ceci marque le début de l’ère du Bogd Khan. Alors que tous les Barga, Dariganga, Khovd, la région de Huvsgul, 26 hoshuns de la région d’Ili (Oirads dzungariens), 24 hoshuns des 29 hosnuns de Haute-Mongolie, 35 hoshuns des 49 hoshuns de Mongolie intérieure ont envoyé des déclarations pour soutenir l’appel de Bogd Khan à la réunification de la Mongolie, en réalité cependant, la plupart d’entre eux étaient trop prudents ou irrésolus pour tenter de rejoindre le régime de Bogd Khan.
La révolution mongole fut pour l’essentiel un transfert ordonné du pouvoir. Son caractère relativement pacifique était dû au réalisme des autorités Qing en Mongolie, et en grande partie à la présence des troupes russes, qui assuraient la protection de ces autorités et des troupes chinoises. La situation est différente en Mongolie intérieure. Là, les autorités chinoises restent au pouvoir, même si les militants mongols se préparent à rejoindre la Mongolie extérieure dans l’indépendance. Les membres du parti royaliste pro-Qing étaient connus pour soutenir l’indépendance de la Mongolie intérieure, et certains plaidaient pour un État monarchiste couvrant la Mandchourie ainsi que la Mongolie extérieure et intérieure. Plus particulièrement, Gungsangnorbu, chef de la bannière Harqin de Mongolie intérieure, noue des contacts étroits avec les Japonais en décembre 1911. Lui et d’autres princes de Mongolie intérieure ont contracté des prêts, promis des droits miniers aux Japonais et reçu d’importantes livraisons d’armes.