El 29 de enero de 1861, Kansas fue admitido en la unión como estado libre, una derrota para la causa sureña. Incluso entonces, el elemento sureño siguió firmemente arraigado en muchas comunidades del este de Kansas. Cuando estalló la Guerra Civil, unos 20.000 hombres de Missouri se alistaron en el ejército de la Unión, mientras que unos 1.000 se unieron a las fuerzas confederadas. Sin embargo, muchos sureños apoyaron de todo corazón a la Unión, ya que querían que Kansas siguiera siendo su hogar.

La transición del estatus territorial a la condición de estado trajo consigo algunos cambios en los tipos de fuertes existentes en Kansas. Desapareció la rivalidad partidista. Todavía existían muchos fuertes de colonos para protegerse de los ataques indios. Posiblemente sólo existió un campamento, Livingston’s Hideout, como puesto confederado en Kansas durante la Guerra Civil. Sin embargo, podrían haber existido otros escondites permanentes en el lado de la frontera de Kansas, en las zonas de Wyandotte (Kansas City) y Olathe. Todos los demás estaban en el lado de la Unión. Además, el número de fuertes aumentó. El estado tenía 26 en 1861 y el número aumentó a 43 en 1864. Al final de la guerra, en 1865, el estado seguía teniendo 36 fuertes y puestos.

Los fuertes seguían teniendo propósitos similares a los de los días territoriales. El ejército mantuvo algunos para proteger a los viajeros y colonos contra los indios. Sin embargo, algunos de los nuevos puestos del Ejército se establecieron para proteger a las comunidades a lo largo de la frontera entre Kansas y Missouri de las fuerzas regulares y guerrilleras de la Confederación.

Otros puestos del Ejército, como Fort Scott, Fort Leavenworth y Fort Riley, sirvieron como sedes administrativas en la cadena de fuertes que se extendía por el oeste. Los fuertes Leavenworth y Scott también se convirtieron en importantes bases de operaciones para recuperar partes del Territorio Indio, Missouri y Arkansas de la Confederación. Riley, Leavenworth y Scott tuvieron otros usos diversos. En ocasiones, los tres albergaron un gran número de prisioneros confederados. Leavenworth se utilizó para convertir a los confederados capturados en «yanquis galvanizados»

Estos yanquis galvanizados eran prisioneros confederados organizados en nuevas compañías de la Unión que se utilizaban para tripular fuertes fronterizos en territorios atravesados por los indios. Nunca se les utilizó para luchar contra sus compañeros confederados, ya que es posible que se negaran a luchar contra sus antiguos aliados. La mayoría de los yanquis galvanizados probablemente se alistaron en esas unidades para escapar de las terribles condiciones de los campos de prisioneros.

Estos confederados «reformados» eran despreciados por otros soldados de la Unión, porque estos últimos consideraban que estos hombres primero habían demostrado ser traidores a la Unión y luego se habían convertido en traidores a la Confederación. Por lo tanto, eran vistos como dobles traidores sin cualidades redentoras. Además, los yanquis galvanizados no podían esperar ningún respeto en el sur por unirse al ejército de la Unión. No es de extrañar que desertaran en gran número una vez desplegados.

Fort Zarah y Fort Larned tuvieron durante un tiempo guarniciones con un gran número de estos antiguos prisioneros confederados. La razón por la que la Unión recurrió a equipar a los prisioneros confederados fue porque el Ejército podía prescindir de pocos hombres para proteger los caminos y los colonos.

Por cierto, la mayoría de los fuertes establecidos por el Ejército fueron tripulados en ocasiones en su totalidad por fuerzas de voluntarios o milicianos reclutados para luchar contra los confederados. Otras funciones otorgadas a los fuertes del Ejército incluían servir como oficinas de correos y convertirse en sedes de agencias indias. Un fuerte, Fort Lincoln, se utilizó durante un tiempo como prisión para los confederados capturados.

Una vez que comenzó la Guerra Civil, muchas comunidades establecieron fuertes, la mayoría de ellos construidos con troncos. Algunos de estos fuertes tenían funciones únicas. En Humboldt, uno era un molino fortificado mientras que otro era un almacén fortificado de productos secos. Fort Drinkwater sirvió como oficina de correos y Fort Montgomery (Eureka) sirvió como escuela.

La fuerza de los fuertes militares y comunitarios variaba mucho. Sorprendentemente, algunos de los fuertes construidos por las comunidades eran considerablemente más defendibles que algunos construidos por los militares. Sin embargo, algunos de los fuertes más fuertes fueron establecidos por el ejército. Fort Sully, construido con vistas a Fort Leavenworth, fue construido en una ubicación que lo hacía prácticamente inexpugnable. El campamento Ben Butler, en Baxter Springs, también estaba situado en un lugar prácticamente inexpugnable.

Entre los fuertes más débiles se encontraba Fort Larned, originalmente construido principalmente de adobe. Por lo general, muchos fuertes militares empezaron como grupos de edificios y refugios con techos de teja que habrían sido difíciles de defender si se hubieran producido ataques a gran escala contra ellos. Los fuertes Dodge y Zarah también comenzaron como fuertes débiles. Zarah acabó transformándose en uno de los fuertes más fuertes del estado.

Tres acontecimientos hicieron que Kansas construyera rápidamente más fuertes y puestos tras el estallido de la Guerra Civil. Uno de ellos fue el infructuoso esfuerzo del ejército por librar el este de Kansas de los ataques de la guerrilla confederada. En dos ocasiones, en 1861 y 1862, fuerzas regulares confederadas se adentraron en el sureste de Kansas. Además, las fuerzas indias confederadas al mando del teniente coronel John Jumper se organizaron en mayo de 1862 para tomar Fort Larned en el suroeste de Kansas. Los indios perdieron interés en la empresa y nunca llegaron al fuerte. Sin embargo, la principal preocupación del Ejército era proteger a Kansas contra las bandas de guerrilleros que aterrorizaban a los residentes de ambos lados de la frontera entre Kansas y Missouri.

El 13 de marzo de 1863, el coronel Thomas Ewing, Jr. fue ascendido a general de brigada y se le dio el mando del Distrito de la Frontera, que incluía todo Kansas, así como partes de otras jurisdicciones. Las responsabilidades de Ewing incluían mantener la frontera a salvo de los ataques de la guerrilla. Para lograrlo, Ewing decidió instalar puestos del ejército a lo largo de la frontera entre Kansas y Missouri, desde el río Missouri en el norte hasta la frontera con el Territorio Indio en el sur. Quería que hubiera suficientes puestos para que no estuvieran separados más de diez millas. Se construyeron nuevos puestos como Coldwater Grove, Potosi y una serie de puestos en Baxter Springs.

Para el verano de 1863 se suponía que la cadena de puestos a lo largo de la frontera pondría fin a las depredaciones de la guerrilla en Kansas. Sin embargo, se produjeron una serie de pequeñas incursiones, una de ellas hasta el oeste de Council Grove. Las guerrillas eludieron a las tropas del Ejército, muchas de las cuales eran demasiado inexpertas para sus tareas de patrulla. Además, las fuerzas de la Unión disponían muchas veces de caballos y armas de calidad inferior a las que poseían los guerrilleros. Por último, algunos de los oficiales de la Unión bajo el mando de Ewing eran francamente incompetentes.

No obstante, prevalecía una falsa sensación de seguridad. Lawrence, por ejemplo, llegó a aprobar una ordenanza que prohibía a sus habitantes poseer armas de fuego dentro de los límites de la ciudad. Todas las armas y municiones debían guardarse bajo llave en la armería de la ciudad. Incluso los reclutas de dos campamentos de la ciudad no tenían munición y el comandante del escuadrón de tropas de Lawrence tenía que guardar sus armas en la armería.

Esta falsa sensación de seguridad se rompió de repente un caluroso y soleado día de agosto. En la tarde del 20 de agosto el comandante guerrillero William C. Quantrill y casi 450 seguidores entraron a caballo en Kansas y se dirigieron a Lawrence. Sorprendentemente, algunas personas descubrieron los movimientos de Quantrill y la guarnición de Aubry, justo al oeste de la frontera de Missouri, vio pasar a los guerrilleros cerca de su puesto. El comandante del puesto ni siquiera se molestó en tratar de identificar a la fuerza que pasaba.

A la mañana siguiente los hombres de Quantrill irrumpieron en un Lawrence indefenso y cometieron una de las peores atrocidades de la Guerra Civil. Gran parte de Lawrence fue saqueada y quemada. Unos 180 hombres y niños, prácticamente todos indefensos, fueron asesinados a tiros. Unos 6.000 soldados de la Unión y milicianos de Kansas y Missouri intentaron capturar o destruir la fuerza guerrillera, pero prácticamente todos los guerrilleros escaparon. Los guerrilleros en retirada incluso invadieron temporalmente el puesto de Paola durante su apresurada retirada.

Ewing respondió emitiendo las Órdenes Generales nº 11, que ordenaban la virtual despoblación de una amplia zona en el lado de Missouri de la frontera. Parte de la idea era privar a las guerrillas de una base de operaciones. Sin embargo, los ataques de la guerrilla continuaron sin cesar y muchos inocentes de Missouri fueron castigados por el decreto de Ewing.

Quantrill incluso atacó el Fuerte Blair (Fuerte Baxter), en el actual Baxter Springs, el 6 de octubre. Aunque el fuerte se mantuvo con éxito, 91 soldados de la Unión y empleados del Ejército murieron y unos 25 resultaron heridos. Se calcula que murieron entre tres y 30 guerrilleros y al menos tres resultaron heridos. Muchas de las tropas de la Unión que murieron ese día se rindieron a los hombres de Quantrill, que luego los asesinaron en otra de las peores atrocidades de la guerra.

Por cierto, la mayoría de los puestos establecidos por Ewing permanecieron, a pesar del fracaso en detener las incursiones de la guerrilla. Proporcionaron cierta disuasión. Sin ellos probablemente se habrían realizado más incursiones.

En 1864 el aumento de los enfrentamientos con los indios hizo que se construyeran nuevos fuertes comunitarios y del ejército. Al parecer, en marzo de 1864 se celebraron muchos consejos entre las tribus indias con el tema de los intentos de mantener a los blancos fuera de las zonas ocupadas por los indios. A finales de la primavera los indios de las llanuras comenzaron a atacar los asentamientos blancos y a los viajeros en los dos tercios occidentales de Kansas en un intento de forzar la salida de los blancos.

Una de las consecuencias fue la aparición de asaltos para asegurar los caballos de Fort Larned y Fort Ellsworth. Además, como todas las tropas que se pudieron salvar fueron enviadas a luchar contra los confederados, se utilizaron unidades yanquis galvanizadas para reforzar algunas guarniciones. Algunos fuertes de colonos se utilizaron para proteger a las comunidades de los ataques de los indios. Se construyeron varios puestos nuevos del ejército y fuertes comunitarios para proteger las zonas contra los indios hostiles. Los dos tercios occidentales de Kansas estuvieron bajo asedio durante el siguiente invierno.

En el otoño de 1864, el mayor general Sterling Price, antiguo gobernador de Missouri, fue elegido para liderar una invasión confederada (Price’s Missouri Raid) para capturar San Luis e invadir Illinois. Esta invasión comenzó el 28 de agosto, cuando Price partió del suroeste de Arkansas con 12.000 soldados mal equipados. Esperaba conquistar y mantener San Luis. Cuando se enfrentó a 6.000 soldados de la Unión allí, Price cambió sus planes. Decidió, en cambio, recuperar Missouri para la Confederación.

Price se enfrentó constantemente a las tropas federales o a la milicia del estado de Missouri y no pudo ocupar permanentemente ninguna zona. Su invasión se convirtió en una incursión glorificada, ya que quedó aislado del apoyo confederado en Arkansas y Texas. Sin embargo, cuando Price se dirigió al oeste de San Luis, las autoridades de Kansas se preocuparon. A mediados de octubre Price se acercaba a Kansas City.

La amenaza de Price provocó una reacción que cambió la situación de muchos fuertes y puestos del este de Kansas. Muchas localidades enviaron tropas para enfrentarse a los confederados. Varios pequeños puestos del ejército fueron desalojados o reducidos a guarniciones esqueléticas para que el mayor número posible de soldados pudiera enfrentarse a los hombres de Price. Se establecieron nuevos fuertes para ayudar a defender Fort Leavenworth, Lawrence y Topeka (la capital del estado) contra los confederados.

La amenaza para el este de Kansas era muy real. Price comentó que quería cenar en Fort Leavenworth, una indicación de que esperaba capturar ese importante puesto. Price siguió avanzando hacia el oeste, pero fue derrotado decisivamente el 23 de octubre en la batalla de Westport. Westport estaba justo al sureste de Kansas City. Esta derrota puso fin a los avances confederados y obligó a los invasores a una rápida retirada hacia territorio seguro.

Esta retirada se produjo a lo largo de la frontera entre Kansas y Missouri y la presencia de tantos confederados desbarató la línea de puestos establecida por Ewing. En el camino hacia el sur varios puestos fueron amenazados y los puestos del ejército en Trading Post y Potosi fueron brevemente ocupados por los hombres de Price. El 25 de octubre los confederados fueron derrotados de nuevo en la batalla de Mine Creek. Mine Creek estaba cerca de Mound City, el lugar de otro puesto importante.

El día de la batalla el antiguo puesto de Fort Lincoln fue destruido por los confederados. Tras amenazar la ciudad y el puesto de Fort Scott, las tropas de Price abandonaron la zona. Varios de los puestos abandonados por los federales durante la incursión de Price no fueron reabiertos. Los combates dejaron muchos heridos en ambos bandos y muchos de ellos fueron llevados a Mound City y Fort Leavenworth.

Con el fin de la incursión de Price la actividad guerrillera a lo largo de la frontera disminuyó. Nunca desapareció del todo hasta aproximadamente un año después de la rendición del general Robert E. Lee en Virginia en abril de 1865. Fue entonces cuando la mayoría de los puestos de la comunidad y del ejército cerraron, al no ser ya necesarios.