Bajo los príncipes-obispos
En 1516 se produjo un cambio en la constitución de Montenegro que muchos historiadores consideran que aseguró su supervivencia como estado independiente. El último de la dinastía Crnojević se retiró a Venecia y confirió la sucesión a los obispos de Cetinje. Anteriormente, la lealtad de los caciques menores y del campesinado a sus gobernantes había sido inestable. No era raro que el control político en los Balcanes pasara de los gobernantes eslavos a los turcos otomanos, no por la derrota de los primeros en la batalla, sino por el fracaso de los magnates locales a la hora de asegurarse el apoyo de sus súbditos. En Montenegro, el cargo de vladika, como se conocía al príncipe-obispo, aportó estabilidad al liderazgo del territorio. El vínculo entre la Iglesia y el Estado lo elevaba a los ojos del campesinado, institucionalizaba una forma de sucesión y excluía la posibilidad de alianzas comprometedoras con los turcos.
No obstante, este período fue difícil para el pequeño Montenegro, entonces sin salida al mar, que estaba casi constantemente en guerra con el Imperio Otomano. La propia Cetinje fue capturada en 1623, en 1687 y de nuevo en 1712. Tres factores explican que los otomanos no lograran someterla por completo: la obstinada resistencia de la población, el carácter inhóspito del terreno (en el que se decía que «un pequeño ejército es vencido, uno grande muere de hambre») y el hábil uso de los lazos diplomáticos con Venecia.
Desde 1519 hasta 1696 el cargo de vladika había sido electivo, pero en este último año Danilo Nikola Petrović fue elegido para el cargo (como Danilo I) con la nueva disposición de poder nombrar a su propio sucesor. Aunque al clero ortodoxo oriental se le permite generalmente casarse, a los obispos se les exige el celibato; en consecuencia, Danilo pasó su cargo a su sobrino, estableciendo una tradición que duró hasta 1852.
Dos cambios importantes se produjeron en el contexto europeo más amplio para Montenegro durante el reinado de Danilo: la expansión del territorio otomano se revirtió gradualmente, y Montenegro encontró en Rusia un nuevo y poderoso mecenas que sustituyó a la decadente Venecia. El reflujo de la marea otomana resultó significativo para la identidad religiosa montenegrina, que parece haber sido especialmente inestable a lo largo del siglo XVIII. A pesar del establecimiento de una política teocrática ortodoxa y de la apócrifa matanza de los convertidos al islam (las «Vísperas montenegrinas» de la Nochebuena de 1702), existen pruebas controvertidas de que los linajes montenegrinos cambiaron de forma muy fluida no sólo entre la fe católica romana y la musulmana, sino también entre la identidad montenegrina y la albanesa. Parece que, dada la incertidumbre sobre quién ostentaba el poder en la región, la diversidad se consideraba a menudo una especie de póliza de seguro colectiva. Sin embargo, la identidad ortodoxa de Montenegro se estabilizó gradualmente a medida que el poder otomano declinaba. El catolicismo romano se mantuvo en la zona, y sólo en los tiempos modernos los católicos montenegrinos se identificaron como croatas.
La sustitución de Venecia por el patrocinio ruso fue especialmente significativa, ya que aportó ayuda financiera (después de que Danilo I visitara a Pedro el Grande en 1715), una modesta ganancia territorial y el reconocimiento formal en 1799 por parte de la Puerta Otomana de la independencia de Montenegro como estado bajo el vladika Petar Petrović Njegoš (Pedro I). El apoyo ruso en el Congreso de Viena de 1815, tras la derrota final del emperador francés Napoleón I, no consiguió asegurar a Montenegro una salida al mar, a pesar de que los montenegrinos habían participado en la toma del golfo de Kotor a las fuerzas francesas en 1806.