En 1920, la Sesión Imperial de los Shriners se celebró en Portland, Oregón. Durante esa sesión, los miembros aprobaron por unanimidad una resolución presentada por W. Freeland Kendrick, quien (mientras se desempeñaba como Potentado Imperial) presentó la resolución que creó los Hospitales Shriners para Niños. El primer hospital del sistema se inauguró en 1922 en Shreveport, Luisiana. Proporcionaba atención ortopédica pediátrica.
Los Hospitales Shriners para Niños trabajaron estrechamente con el Comando Sur de los Estados Unidos y otros comandos militares, incluidos el Ejército y la Fuerza Aérea, la fuerza militar combinada de Guatemala y a través de la embajada de los Estados Unidos, el Departamento de Salud &Servicios Humanos de los Estados Unidos y el Departamento de Estado de los Estados Unidos para organizar visitas médicas.UU para organizar visados médicos y transporte a los Estados Unidos, «con un compromiso global con los niños de todo el mundo».
En 1962, los Shriners de Norteamérica destinaron 10 millones de dólares para establecer tres hospitales especializados en el tratamiento y la rehabilitación de niños quemados. Tras visitar 21 instituciones médicas universitarias, se tomó la decisión de construir su primer hospital pediátrico para quemados en el campus de la rama médica de la Universidad de Texas en Galveston, Texas.
En 1994, el Chronicle of Philanthropy, una publicación del sector, dio a conocer los resultados del mayor estudio sobre la popularidad y credibilidad de las organizaciones benéficas y sin ánimo de lucro. El estudio mostró que los Hospitales Shriners estaban clasificados como la 9ª «organización benéfica/sin ánimo de lucro más popular de Estados Unidos» de entre más de 100 organizaciones benéficas investigadas, con el 40% de los estadounidenses mayores de 12 años eligiendo «Amor» y «Me gusta mucho» para los Hospitales Shriners.
En septiembre de 2008, el Hospital Shriner de Galveston sufrió importantes daños a causa del huracán Ike. El hospital fue cerrado para su renovación en ese momento, y la atención a los niños con quemaduras agudas se proporcionó en otros Hospitales Shriners para Niños. Los Shriners habían considerado el cierre de instalaciones en Shreveport (Luisiana), Greenville (Carolina del Sur), Erie (Pensilvania), Spokane (Washington), Springfield (Massachusetts) y Galveston (Texas), eliminando un total de 225 camas. Sin embargo, en julio de 2009, la Convención Nacional de Shriners votó abrumadoramente en contra del cierre de cualquier hospital y a favor de la reparación y reapertura de las instalaciones de Galveston.
En 2009, a pesar de que la dotación se redujo de 8.000 millones de dólares a 5.000 millones de dólares en menos de un año debido a la mala economía, Douglas Maxwell, director general de los hospitales, dijo que él y otros Shriners confían en que el sistema hospitalario podrá seguir siendo solvente a largo plazo. Maxwell declaró en julio de 2009 que algunas de las instalaciones podrían convertirse en centros de cirugía ambulatoria, y que comenzarán a aceptar pagos de seguros (para la mayoría de los cuidados) por primera vez en los 87 años de historia de los hospitales. Maxwell dijo que los niños que sufren quemaduras, afecciones ortopédicas, lesiones de la médula espinal y paladares hendidos seguirán siendo tratados sin cargo para sus familias.
En mayo de 2015, los Hospitales Shriners para Niños se convirtieron en miembros de la Red de Atención de la Clínica Mayo, una red nacional de organizaciones comprometidas con un mejor servicio a los pacientes y sus familias mediante la colaboración de los médicos.