A makedón háborúk kezdetén, i. e. 214-ben V. Fülöp makedón király több agresszív lépést is tett a római szövetségesek ellen. Ráadásul Macedónia fenyegetésnek tűnt, mivel a pun háborúk során úgy döntött, hogy Karthágóval szövetkezik. Róma azonban, mivel a saját félszigetén Hannibállal kellett megküzdenie, néhány csapatot átküldött az Adrián, de nem tudta teljesen kezelni a helyzetet. Számos görög város és városállam azonban, megvetve a makedón uralmat, megalakította az Etóliai Ligát, és szövetkezett a rómaiakkal. A háborúban nem került sor nagyobb római összecsapásokra, és határozatlanul ért véget az Aetóliai Liga és Makedónia közötti fegyverszüneti szerződésekkel Kr. e. 205-ben.

A második pun háború után azonban Pergamon és Rodosz is támogatásért könyörgött Rómához, mivel féltek V. Fülöpnek a Szeleukida Birodalom III. antiochusával való feltételezett szövetségétől. Róma hadsereget küldött Quinctius Flamininus vezetésével a makedónok ellen, és az Etoliai Liga szövetségeseivel Larisszába indult Fülöp keresésére. A seregek Pherae közelében találkoztak, és Fülöp a szövetségeseivel együtt mintegy 25 000 katonát vezényelt, szemben Flaminimus 33 000 katonájával. A csata Cynoscephalae-nál, egy kutyafej alakú hegygerinccsoportnál zajlott le.

Filippus előőrsöt küldött a dombok elfoglalására, míg Flamininus, aki nem tudott Fülöp helyzetéről, felderítőként küldte lovassága és könnyűgyalogsága egy részét. Ezeket Fülöp előőrse megtámadta. Fülöp a lovasságát küldte, amely le tudta szorítani a rómaiakat a hegyről, amíg a nehézgyalogságuk össze nem csapott és vissza nem szorította a makedón haderőt. Fülöp serege ekkor már a hegygerinc tetején kezdett el felvonulni, és megparancsolta a hegygerinc tetejére érkező falanxnak, hogy megduplázza a mélységét. Fülöp a jobbszárnyon felállította a seregét, és rohamra küldte őket. Az alakzatuk súlyát és a magaslatot kihasználva a makedónok vissza tudták szorítani a rómaiakat.

Amikor látta, hogy balját visszaszorítja a falanx, Flamininus átvette a parancsnokságot a jobbján. Megfigyelve, hogy a baloldali makedón phalangiták éppen felértek a dombra, és tétlenkednek, elefántok által vezetett légióit támadásra utasította. Fülöp jobbján a makedónok vezető nélkül maradtak, és a meredek terep miatt is sebezhetőek voltak. Az elefántok támadása alatt megtörtek, még a falanxukat sem alakították ki. A makedón baloldalt megtörve az egyik tribunus 20 manipulust fogott a jobboldalon, akik üldözőbe vették, megforgatták alakzatukat, és hátba támadták a makedón jobboldalt. Mivel a falanx nem tudott gyorsan fordulni, sok makedón meghalt, és még többen viszont megadással dobták le a fegyvert.”

Polibiosz szerint Fülöp ezután menekülőre fogta a dolgot, és Tempe felé vonult vissza. A veszteségek Polybius beszámolója szerint 700 római áldozattal és 8000 makedónnal számoltak. Sokan azonban úgy vélik, hogy ez az aránytalanság kissé eltúlzott, a tényleges számok közelebb állnak 5000 makedónhoz és 2000 rómaihoz.

A rómaiaktól elszenvedett vereségét követően Fülöp aláírta a tempei szerződést, amely megtiltotta, hogy beavatkozzon az alsó-görögországi vagy egyéb, határain kívüli ügyekbe.

Kynoszkefáliáig a makedón falanxot tartották a klasszikus világ felsőbbrendű erejének. Hogyan tudták akkor a rómaiak legyőzni? Polybius osztja meg velünk gondolatait erről. A makedón falanx, tizenhat mélyen, szoros rendben elrendezve, szinte megállíthatatlan, ha frontális támadásként egyesül. Ehhez az alakzathoz azonban nagyon különleges körülményekre van szükség, akadályoktól mentes, sík terepre. Ráadásul, amikor vagy üldöznek egy ellenséget, vagy az visszaszorítja őket, ez az alakzat hajlamos szüneteket tartani, ami gyengeséget okoz a fronton. Az egész falanxnak együtt kell harcolnia, míg a római légiós egyetlen csapatként vagy a főseregtől leválva is hatékony. Ez lehetővé teszi a rómaiak számára, hogy seregük egy részét tartalékban tartsák, hogy túl manőverezzenek egy falanxon vagy más ellenséges alakzaton, vagy hogy megerősítsenek ott, ahol a rómaiak gyengék.

Ez ismét meg fog jelenni, amikor Makedónia ismét kihívja Rómát Perszeusz, V. Fülöp fia alatt, aki megszegve a tempei szerződést, megpróbálta helyreállítani Makedónia nemzetközi hatalmát. Phalanx hadereje kezdeti sikereket ért el, mielőtt 18-ban a pydnai csatában találkozott Paullusszal. Cynoscephaléhoz hasonlóan a falanx kezdeti sikereket ért el, de amikor egyenetlen terepen visszaszorította a római gyalogságot, rések keletkeztek a soraikban, amelyek lehetővé tették a légionáriusok számára, hogy áthatoljanak a csákófalon, és oldalba szorítsák a bizonytalan alakzatot, ami ismét a gyalogság számára a megtörést és a menekülést eredményezte. Perseus is menekülőre fogta a dolgot, és láncra verve visszahozták Rómába, miközben Róma Macedóniát négy általa ellenőrzött bábkormányra bontotta.

A Balkán-félsziget több további hellén-római konfliktus színhelye lett, de Pydna után véglegessé vált, hogy ki a nagyobb erő. Mind a Rómával és a Szeleukida Birodalommal vívott szíriai háborúk, mind a makedón és az akháj felkelések utolsó felkelései elsöprő római győzelemmel végződtek, és a Római Köztársaságnak jelentős tartományokat adtak az ellenőrzésére. Ez az uralom Kr. e. 146-ban végérvényesen kimondatott azzal, hogy Róma elpusztította mind Korinthoszt, mind Karthágót.