1861. január 29-én Kansast szabad államként felvették az unióba, ami vereséget jelentett a déliek számára. A déli elem még ekkor is szilárdan megmaradt sok kelet-kanasi közösségben. A polgárháború kitörése után körülbelül 20 000 missouri férfi csatlakozott az uniós hadsereghez, míg körülbelül 1000 csatlakozott a konföderációs erőkhöz. Sok déli azonban teljes szívvel az Unió mellé állt, mivel azt akarták, hogy Kansas az otthonuk maradjon.
A területi státuszból az államiságba való átmenet némi változást hozott a Kansasban létező erődök típusaiban. Eltűnt a partizán rivalizálás. Továbbra is sok telepes erőd létezett az indián támadások elleni védelemre. A polgárháború alatt valószínűleg csak egyetlen tábor, Livingston’s Hideout létezett konföderációs állásként Kansasban. A határ kansasi oldalán, Wyandotte (Kansas City) és Olathe környékén azonban más állandó búvóhelyek is létezhettek. Az összes többi az Unió oldalán volt. Az erődök száma is megnőtt. Az államnak 1861-ben 26 volt, és 1864-re ez a szám 43-ra nőtt. A háború végére, 1865-re az államnak még mindig 36 erődje és állása volt.
Az erődök még mindig hasonló célokat szolgáltak, mint a területi időkben. A hadsereg fenntartott néhányat, hogy megvédje az utazókat és a telepeseket az indiánoktól. Az új katonai állások közül néhányat azonban azért hoztak létre, hogy megvédjék a Kansas-Missouri határ menti közösségeket a konföderációs reguláris és gerillaerőkkel szemben.
Más katonai állások, mint Fort Scott, Fort Leavenworth és Fort Riley, a nyugaton húzódó erődök láncolatának adminisztratív központjaiként szolgáltak. A Leavenworth és Scott erődök egyben fontos hadműveleti bázisokká váltak, hogy visszaszerezzék az Indián Terület, Missouri és Arkansas egyes részeit a Konföderációtól. Rileyt, Leavenworthöt és Scottot más különféle célokra használták. Időnként mindháromban számos konföderációs foglyot tartottak fogva. Leavenworth-t arra használták, hogy az elfogott konföderációs foglyokat “galvanizált jenkikké” alakítsák át.”
Ezek a galvanizált jenkik olyan konföderációs foglyok voltak, akiket új uniós századokba szerveztek, és az indiánok által átjárt területek mélyén lévő határmenti erődökben használták őket. Soha nem használták őket a konföderációs társak elleni harcra, mivel lehet, hogy nem voltak hajlandók harcolni korábbi szövetségeseik ellen. A legtöbb galvanizált jenki valószínűleg azért vonult be ilyen egységekbe, hogy elkerülje a fogolytáborok zord körülményeit.
Ezeket a “megjavított” konföderációs katonákat a többi uniós katona megvetette, mert utóbbiak úgy vélték, hogy ezek az emberek először az Unió árulóinak bizonyultak, majd a Konföderáció árulóivá váltak. Így kettős árulóknak tekintették őket, akiknek nincsenek megváltó tulajdonságaik. Emellett a galvanizált jenkik nem számíthattak tiszteletre odahaza délen, amiért csatlakoztak az Unió hadseregéhez. Nem csoda, hogy nagy számban dezertáltak, amint bevetésre kerültek.
Fort Zarah és Fort Larned egy ideig nagyszámú ilyen volt konföderációs fogollyal rendelkezett helyőrségekben. Azért folyamodott az Unió a konföderációs foglyok felszereléséhez, mert a hadsereg kevés embert tudott nélkülözni az ösvények és a telepesek védelmére.
Mellesleg a hadsereg által létrehozott erődök többségét időnként teljes egészében önkéntes vagy milíciai erőkkel látták el, amelyeket a konföderációsok elleni harcra hívtak össze. A hadsereg erődjei többek között postahivatalokként szolgáltak, és az indián ügynökségek főhadiszállásai lettek. Az egyik erődöt, Fort Lincolnt egy ideig foglyul ejtett konföderációs katonák börtöneként használták.
A polgárháború kitörése után számos közösség létesített erődöket, amelyek többsége rönkökből épült. Néhány ilyen erődnek egyedi feladatai voltak. Humboldtban az egyik egy erődített malom volt, míg egy másik egy erődített szárazáru-áruház. Fort Drinkwater postahivatalként, Fort Montgomery (Eureka) pedig iskolaházként szolgált.
A katonai és közösségi erődök erőssége széles skálán mozgott. Meglepő módon a közösségek által épített erődök némelyike lényegesen jobban védhető volt, mint a katonaság által építettek. A nagyon erős erődök közül azonban néhányat a hadsereg hozott létre. A Fort Leavenworth fölé épített Fort Sully olyan helyen épült, amely gyakorlatilag bevehetetlenné tette. A Baxter Springsben lévő Camp Ben Butler szintén gyakorlatilag bevehetetlen helyen állt.
A gyengébb erődök közé tartozott Fort Larned, amelyet eredetileg főleg vályogból építettek. Jellemzően sok katonai erőd épületcsoportként és nátortetős ásatások csoportjaként indult, amelyeket nehéz lett volna megvédeni, ha teljes körű támadást indítanak ellenük. A Dodge és a Zarah erődök szintén gyenge erődökként indultak. Zarah végül az állam egyik legerősebb erődjévé alakult át.
A polgárháború kitörése után három esemény hatására Kansas gyorsan újabb erődöket és állásokat épített. Az egyik a hadsereg sikertelen erőfeszítése volt, hogy megszabadítsa Kansas keleti részét a konföderációs gerillatámadásoktól. Kétszer, 1861-ben és 1862-ben a Konföderáció reguláris erői bevonultak Kansas délkeleti részébe. Emellett 1862 májusában John Jumper alezredes vezetésével konföderációs indián erők szerveződtek a délnyugat-kansasi Fort Larned elfoglalására. Az indiánok elvesztették érdeklődésüket a vállalkozás iránt, és soha nem érték el az erődöt. A hadsereg fő gondja azonban az volt, hogy megvédje Kansast a gerillabandáktól, amelyek a kansasi-missouri határ mindkét oldalán terrorizálták a lakosokat.
1863. március 13-án Thomas Ewing, Jr. ezredest dandártábornokká léptették elő, és megkapta a határvidéki körzet parancsnokságát, amely magában foglalta egész Kansast, valamint más joghatóságok egy részét. Ewing feladatai közé tartozott a határ védelmezése a gerillatámadásoktól. Ennek érdekében Ewing úgy döntött, hogy a Kansas-Missouri határ mentén a Missouri folyótól északon az Indián Terület határáig, délen pedig az Indián Terület határáig katonai állásokat állít fel. Annyi őrhelyet akart, hogy azok egymástól legfeljebb tíz mérföldre legyenek egymástól. Olyan új állásokat építettek, mint Coldwater Grove, Potosi és egy sor állást Baxter Springsnél.
1863 nyarára feltételezték, hogy a határ mentén felállított állások sora véget vet a Kansas-i gerillafosztogatásoknak. Azonban számos kisebb portyára került sor, az egyik egészen Council Grove-tól nyugatra. A gerillák elkerülték a hadsereg csapatait, amelyek közül sokan túl tapasztalatlanok voltak az őrjárati feladatokhoz. Ráadásul az uniós erők sokszor rosszabb minőségű lovakkal és fegyverekkel rendelkeztek, mint a gerillák. Végül pedig az Ewing parancsnoksága alatt álló uniós tisztek közül néhányan egyenesen alkalmatlanok voltak.
Mindezek ellenére hamis biztonságérzet uralkodott. Lawrence például még olyan rendeletet is hozott, amely megtiltotta lakosainak, hogy a város határain belül lőfegyvert birtokoljanak. Minden fegyvert és lőszert a város fegyverraktárában kellett elzárni. Még a város két táborában lévő újoncok sem rendelkeztek lőszerrel, és a Lawrence-i csapatrész parancsnokának a fegyverraktárban kellett tartania az oldalfegyvereit.
Ez a hamis biztonságérzet egy forró, napsütéses augusztusi napon hirtelen megtört. Augusztus 20-án délután William C. Quantrill gerillaparancsnok és közel 450 követője belovagolt Kansasbe, és Lawrence felé vette az irányt. Meglepő módon néhányan felfedezték Quantrill mozgását, és a Missouri határától nyugatra fekvő Aubryban lévő helyőrség figyelte, ahogy a gerillák elhaladnak az őrhelyük közelében. Az őrhely parancsnoka meg sem próbálta azonosítani az átvonuló csapatot.
Másnap reggel Quantrill emberei berontottak a védtelen Lawrence-be, és a polgárháború egyik legszörnyűbb atrocitását követték el. Lawrence nagy részét kifosztották és felgyújtották. Körülbelül 180 férfit és fiút, akik gyakorlatilag mind védtelenek voltak, agyonlőttek. Mintegy 6000 uniós katona, valamint kansasi és missouri milicisták megpróbálták elfogni vagy megsemmisíteni a gerillaerőt, de gyakorlatilag az összes gerilla elmenekült. A visszavonuló gerillák sietős visszavonulásuk során átmenetileg még a paolai őrhelyet is elfoglalták.
Ewing válaszul kiadta a 11. számú általános parancsot, amely elrendelte a határ Missouri oldalán lévő nagy terület gyakorlatilag teljes elnéptelenítését. Az elképzelés része volt, hogy megfosszák a gerillákat a hadműveleti bázistól. A gerillatámadások azonban töretlenül folytatódtak, és Ewing rendelete sok ártatlan missouri lakost büntetett meg.
Quantrill október 6-án még a mai Baxter Springsnél lévő Fort Blairt (Fort Baxter) is megtámadta. Bár az erődöt sikeresen tartották, 91 uniós katona és a hadsereg alkalmazottai meghaltak, és körülbelül 25-en megsebesültek. Becslések szerint három-harminc gerillát öltek meg, és legalább hárman megsebesültek. Az aznap meghalt uniós katonák közül sokan megadták magukat Quantrill embereinek, akik aztán meggyilkolták őket a háború másik legszörnyűbb atrocitása során.
Az Ewing által létrehozott állások többsége egyébként megmaradt, annak ellenére, hogy nem sikerült megállítani a gerillák támadásait. Némi elrettentő erőt nyújtottak. Nélkülük valószínűleg több portyára került volna sor.
1864-ben az indiánokkal való fokozott összecsapások miatt újabb közösségi és katonai erődök épültek. Úgy tűnik, 1864 márciusában számos tanácskozást tartottak az indián törzsek között, amelynek témája az volt, hogy megpróbálták távol tartani a fehéreket az indiánok által elfoglalt területektől. Késő tavaszra a síksági indiánok Kansas nyugati kétharmadában fehér településeket és utazókat kezdtek támadni, hogy megpróbálják kiszorítani a fehéreket.
Az egyik eredmény a Fort Larnedből és Fort Ellsworthből a lovak megszerzésére irányuló portyák előfordulása volt. Továbbá, mivel minden katonát, akit meg lehetett kímélni, a konföderációsok elleni harcra küldtek, galvanizált jenki egységeket használtak egyes helyőrségek megerősítésére. Néhány telepes erődöt arra használtak, hogy megvédjék a közösségeket az indiánok támadásaitól. Számos új katonai állást és közösségi erődöt építettek, hogy megvédjék a területeket az ellenséges indiánoktól. Kansas nyugati kétharmada a következő télen ostrom alatt állt.
1864 őszén Sterling Price vezérőrnagyot, egy korábbi missouri kormányzót választották ki a konföderációs invázió (Price’s Missouri Raid) vezetésére, hogy elfoglalja St. Louis-t és megszállja Illinois államot. Ez az invázió augusztus 28-án kezdődött, amikor Price 12 000 rosszul felszerelt katonával elindult Arkansas délnyugati részén. Arra számított, hogy elfoglalja és megtartja St. Louis-t. Amikor ott szembekerült 6000 uniós csapattal, Price megváltoztatta terveit. Ehelyett úgy döntött, hogy visszaszerzi Missourit a Konföderáció számára.
Price folyamatosan szövetségi csapatokkal vagy Missouri állam milíciájával került szembe, és nem tudott tartósan elfoglalni egyetlen területet sem. Inváziója dicsőített rajtaütéssé vált, mivel Arkansasban és Texasban el volt vágva a konföderációs támogatástól. Amikor azonban Price St. Louisból nyugatra fordult, a kansasi hatóságok aggódni kezdtek. Október közepére Price már Kansas Cityhez közeledett.
A Price általi fenyegetés olyan reakciót váltott ki, amely megváltoztatta Kansas keleti részén számos erőd és állomáshely státuszát. Számos település küldött csapatokat, hogy találkozzanak a konföderáltakkal. A hadsereg számos kisebb állását kiürítették vagy csontváz-helyőrséggé csökkentették, hogy minél több katona nézhessen szembe Price embereivel. Új erődöket hoztak létre, hogy segítsék Fort Leavenworth, Lawrence és Topeka (az állam fővárosa) védelmét a konföderációsok ellen.
A Kansas keleti részét fenyegető veszély nagyon is valós volt. Price megjegyezte, hogy a Leavenworth-erődben akar vacsorázni, ami arra utalt, hogy remélte, hogy elfoglalhatja ezt a fontos állást. Price tovább haladt nyugat felé, de október 23-án a westporti csatában döntő vereséget szenvedett. Westport Kansas Citytől délkeletre feküdt. Ez a vereség véget vetett a konföderációs előrenyomulásnak, és gyors visszavonulásra kényszerítette a megszállókat a biztonságos terület felé.
Ez a visszavonulás a kansasi-missouri határ mentén történt, és a sok konföderációs jelenlét megzavarta az Ewing által felállított állások vonalát. Dél felé haladva számos őrhelyet fenyegettek, és a Trading Postnál és Potosiban lévő katonai őrhelyeket rövid időre elfoglalták Price emberei. Október 25-én a Mine Creek-i csatában a konföderációsok ismét vereséget szenvedtek. Mine Creek Mound City közelében volt, egy másik jelentős állomáshely közelében.
A csata napján a régi Fort Lincoln állást a konföderációsok lerombolták. Miután megfenyegették Fort Scott városát és őrhelyét, Price csapatai elhagyták a területet. A szövetségesek által Price rajtaütése során elhagyott állások közül többet nem nyitottak meg újra. A harcok mindkét oldalon sok sebesültet hagytak maguk után, akik közül sokakat Mound Citybe és Fort Leavenworthbe vittek.
Price rajtaütésének végével a határ mentén a gerillatevékenység alábbhagyott. Soha nem tűnt el teljesen, egészen körülbelül egy évvel Robert E. Lee tábornok 1865 áprilisában Virginiában történt megadása utánig. Csak ekkor zárt be a legtöbb közösségi és katonai őrhely, mivel már nem volt rájuk szükség.