PeptideProphetTM

A PeptideProphetTM automatikusan validálja az adatbázis-kereső programok, például a SEQUEST által készített MS/MS spektrumok peptid hozzárendelését. Minden egyes adathalmazból megtanulja a keresési pontszámok és a peptidek tulajdonságainak eloszlását a helyes és helytelen peptidek között, és ezeket az eloszlásokat használja arra, hogy minden eredményre kiszámítsa annak valószínűségét, hogy az helyes. A releváns peptidtulajdonságok közé tartozik az enzimatikus hasítással kompatibilis végződések száma (nem korlátozott keresések esetén), a kihagyott enzimhasítások száma, a prekurzorionhoz viszonyított tömegkülönbség, a könnyű vagy nehéz cisztein jelenléte (ICAT-kísérletek esetén) és az N-glikozilációs motívum jelenléte (N-glikozilációs befogási kísérletek esetén). A PeptideProphet bármilyen típusú tömegspektrométerrel előállított MS/MS-spektrumok elemzését követő második lépésként használható, és a peptideket tetszőleges számú adatbázis-kereső programmal lehet hozzárendelni.

Ezt a szoftvert a seattle-i Institute for Systems Biology-ban fejlesztették ki, és az Analytical Chemistry 2002, 74, 5383-5392.

A PeptideProphet elemzést tipikusan a ProteinProphet követi, amely a peptideket a megfelelő fehérje(k) szerint csoportosítja, hogy kiszámítsa annak valószínűségét, hogy ezek a fehérjék jelen voltak az eredeti mintában.

A PeptideProphet az ISB-n kifejlesztett nyílt forráskódú LC/MS/MS analízis csővezeték egyik összetevője

A többi összetevő a következő:

Miért nyílt forráskód?

• A nyílt forráskódú szoftver olyan rugalmasságot biztosít, amelyet semmilyen szabadalmaztatott forráskódú szoftver nem tud elérni. Könnyen az Ön egyedi igényeihez igazítható.
• A nyílt forráskódú szoftver teljes betekintést nyújt abba, hogyan kezelik az adatait.
• A nyílt forráskódú szoftver valószínűleg a legdemokratikusabb módja annak, hogy széles körben elfogadott szabványt hozzunk létre az adatelemzésben.

Hogyan segíthetek?

Sokféleképpen segíthet nekünk, és ehhez nem kell tömegspektrometrikusnak vagy programozónak lennie. a legegyszerűbb módja a segítségünknek, ha visszajelzést ad nekünk az eszközeinkről! Tudasd velünk, ha valami nem működik, ha egy adott eszköz módosítása hasznosabbá tenné azt, ha hiányzik egy hasznos eszköz vagy funkció, stb. Ha úgy gondolod, hogy alkalmas vagy arra, hogy konkrétabb módon segíts nekünk, írj nekünk! Szívesen felvesszük a nevedet a fejlesztők rovatba 🙂