A metabolizmus elemzése a mintában lévő összes, esetleg kimutatható komponens lefedettségével, nem pedig az egyes metabolitok egy adott időpontban történő elemzésével valósítható meg. Célzott és/vagy nem célzott megközelítéseket alkalmaznak az egyes kísérletekhez szükséges módon. Több száz vagy több metabolit egy adott időpontban történő nyomon követése nagy áteresztőképességű és nagy teljesítményű technikákat igényel, amelyek lehetővé teszik a vegyületek relatív változásainak, nem pedig abszolút koncentrációinak szűrését széles dinamikai tartományon belül. Az ilyen célokra hasznos analitikai technikák többsége gyors és pontos tömegspektrométerrel összekapcsolt GC vagy HPLC/UPLC elválasztó modulokat használ. A GC elválasztások az elemzés előtt kémiai módosítást (derivatizálást) igényelnek, és hatékonyan működnek a kis molekulák esetében. A HPLC elválasztások jobban alkalmasak a labilis és nem illékony poláros és nem poláros vegyületek natív formában történő elemzésére. A közvetlen infúziós és NMR-alapú technikákat leginkább az ujjlenyomatok és adott esetben a snap fenotípusok meghatározására használják. A metabolikus biomarkerek felfedezése és validálása izgalmas és ígéretes lehetőségeket kínál a biológiai és orvosbiológiai kísérletekben alkalmazott metabolikus analízis. Kimutattuk, hogy a metabolikus elemzéshez használt GC-TOF-MS, HPLC/UPLC-RP-MS és HILIC-LC-MS technikák elegendő metabolizmus-térképezést kínálnak, amely a kutatók számára magabiztos adatokat biztosít a későbbi többváltozós elemzéshez és adatbányászathoz.