Shakira a kolumbiai Barranquillában született. Ő Nidia Ripoll és William Mebarak Chadid egyetlen gyermeke. Apai nagyszülei Libanonból vándoroltak ki New Yorkba, ahol az apja született. Édesanyjától, Nidia Ripolltól spanyol (katalán és kasztíliai) és olasz származású. Apja előző házasságából nyolc idősebb féltestvére van. Shakira fiatalkorának nagy részét a Kolumbia északi karibi partvidékén fekvő Barranquilla városában töltötte. Shakira mindössze négyéves korában írta első versét “La Rosa De Cristal” (“A kristályrózsa”) címmel. Gyermekkorában lenyűgözve figyelte, ahogy apja történeteket ír egy írógépen, és karácsonyi ajándékként kért egyet. Hétéves korában kapott egy írógépet, és azóta folytatta a versírást. Ezekből a versekből végül dalok születtek. Amikor Shakira kétéves volt, idősebb féltestvére meghalt egy motorbalesetben, és nyolcéves korában Shakira megírta első dalát “Tus gafas oscuras” (“A sötét szemüveged”) címmel, amelyet édesapja ihletett, aki évekig sötét szemüveget viselt, hogy elrejtse bánatát.