1920-ban az oregoni Portlandben tartották a Shriners birodalmi ülését. Ezen az ülésszakon a tagság egyhangúlag elfogadta a W. Freeland Kendrick által előterjesztett határozatot, aki (birodalmi potentátusként szolgálva) terjesztette elő azt a határozatot, amely létrehozta a Shriners Hospitals for Children szervezetet. A rendszer első kórháza 1922-ben nyílt meg a louisianai Shreveportban. Gyermekortopédiai ellátást nyújtott.
A Shriners Hospitals for Children szorosan együttműködött az Egyesült Államok déli parancsnokságával és más katonai parancsnokságokkal, beleértve a hadsereget és a légierőt, a guatemalai egyesített katonai erőket és az amerikai nagykövetségen keresztül az Egyesült Államok egészségügyi minisztériumával & Human Services, valamint az U.S.U. S. State Department, hogy orvosi vízumokat és szállítást szervezzenek az Egyesült Államokba, “globális elkötelezettséggel a gyermekek iránt szerte a világon”.
1962-ben a Shriners of North America 10 millió dollárt különített el három kórház létrehozására, amelyek az égett gyermekek kezelésére és rehabilitációjára specializálódtak. Miután 21 egyetemi egészségügyi intézményt meglátogattak, úgy döntöttek, hogy a texasi Galvestonban, a University of Texas Medical Branch campusán építik meg az első égési gyermekkórházukat.
1994-ben a Chronicle of Philanthropy című szaklap közzétette a jótékonysági és nonprofit szervezetek népszerűségét és hitelességét vizsgáló legnagyobb tanulmány eredményeit. A tanulmány kimutatta, hogy a Shriners kórházak a 9. “legnépszerűbb jótékonysági/nonprofit szervezetként szerepeltek Amerikában” a több mint 100 vizsgált jótékonysági szervezet közül, és a 12 év feletti amerikaiak 40%-a a “Szeretem” és “Nagyon szeretem” választotta a Shriners kórházakat.
2008 szeptemberében a galvestoni Shriner’s Hospital jelentős károkat szenvedett az Ike hurrikán következtében. A kórházat ekkor felújítás miatt bezárták, és az akut égési sérülésekkel küzdő gyermekek ellátását más Shriners Hospital for Children kórházakban biztosították. A Shriners fontolóra vette a louisianai Shreveportban, a dél-karolinai Greenville-ben, a pennsylvaniai Erie-ben, a washingtoni Spokane-ben, a massachusettsi Springfieldben és a texasi Galvestonban lévő létesítmények bezárását, összesen 225 ágy megszüntetésével. 2009 júliusában azonban a Shriners National Convention elsöprő többséggel szavazott a kórházak bezárása ellen, valamint a galvestoni létesítmény helyreállítása és újranyitása mellett.
A rossz gazdasági helyzet miatt kevesebb mint egy év alatt 8 milliárd dollárról 5 milliárd dollárra csökkenő alapítványi tőke ellenére Douglas Maxwell, a kórházak vezérigazgatója 2009-ben azt mondta, hogy ő és más Shriners-tagok bíznak abban, hogy a kórházrendszer hosszú távon fizetőképes maradhat. Maxwell 2009 júliusában kijelentette, hogy egyes intézményekből ambuláns sebészeti központok válhatnak, és a kórházak 87 éves történetében először kezdik el elfogadni a biztosítási kifizetéseket (a legtöbb ellátásért). Maxwell elmondta, hogy az égési sérülésekben, ortopédiai betegségekben, gerincvelő-sérülésekben és szájpadhasadékban szenvedő gyermekeket továbbra is ingyenesen fogják kezelni a családjaik számára.
2015 májusában a Shriners Hospitals for Children tagja lett a Mayo Clinic Care Networknek, egy olyan országos szervezethálózatnak, amely a betegek és családjaik jobb kiszolgálása mellett kötelezte el magát az orvosi együttműködés révén.