Dubrovnik története a szlávok 7. századi támadásával kezdődik, amely kiirtotta a római Epidaurum városát (a mai Cavtat helyén). A lakosok a lehető legbiztonságosabb helyre menekültek, amely a szárazföldtől keskeny csatornával elválasztott Ragusa sziklás szigetecskéje volt. A falak építése az invázió veszélye miatt sürgetően sürgős volt; a város a 9. századra jól megerősödött, amikor 15 hónapig ellenállt egy szaracén ostromnak.

Eközben a szárazföldön egy másik település is kialakult, amely Dubrovnik néven vált ismertté, nevét a területet borító dubrava (magyaltölgy) után kapta. A két település a 12. században egyesült, és a csatornát, amely elválasztotta őket, betömték.

A 12. század végére Dubrovnik a partvidék jelentős kereskedelmi központjává vált, fontos összeköttetést biztosítva a Földközi-tenger és a Balkán államai között. Dubrovnik 1205-ben velencei fennhatóság alá került, végül 1358-ban ismét elszakadt.

A 15. századra a Respublica Ragusina (Ragusa Köztársaság) kiterjesztette határait a Stontól Cavtatig tartó teljes tengerparti övezetre, miután korábban megszerezte Lastovo szigetét, a Pelješac-félszigetet és Mljet szigetét. Most már olyan erő volt, amellyel számolni kellett. A város a tengeri kereskedelem felé fordult, és saját hajóflottát hozott létre, amelyet Egyiptomba, Levantéba, Szicíliába, Spanyolországba, Franciaországba és Isztambulba küldtek. A város ügyes diplomáciával mindenkivel jó kapcsolatokat tartott fenn – még az Oszmán Birodalommal is, amelynek Dubrovnik a 16. században kezdett adót fizetni.

A béke és a jólét évszázadai lehetővé tették a művészet, a tudomány és az irodalom virágzását, de a dubrovniki reneszánsz művészet és építészet nagy része elpusztult az 1667-es földrengésben, amely 5000 ember halálát okozta, és romokban hagyta a várost. A Szent Megváltó-templom, a Sponza-palota és a rektori palota az egyetlen jelentős épület, amely ebből az időből fennmaradt. A földrengés egyben a város gazdasági hanyatlásának kezdetét is jelentette.

A végső kegyelemdöfést Napóleon adta meg, akinek csapatai 1808-ban bevonultak Dubrovnikba, és bejelentették a köztársaság végét. Az 1815-ös bécsi kongresszus Dubrovnikot Ausztriának engedte át; bár a város megtartotta hajózását, a társadalmi szétesésnek engedett. Az első világháborút követően a város elkezdte fejleszteni idegenforgalmi iparát, és gyorsan Jugoszlávia vezető látványosságává vált.

Dubrovnik a Horvátország 1991-es függetlenségi nyilatkozatát követő háború célkeresztjébe került. Nyilvánvaló katonai vagy stratégiai ok nélkül Dubrovnikot 1991-ben és 1992-ben mintegy 2000 lövedékkel bombázta a jugoszláv hadsereg, jelentős károkat és emberéleteket követelve. A megrongálódott épületek mindegyikét mára már helyreállították.