A hercegpüspökök alatt
1516-ban olyan változás történt Montenegró alkotmányában, amely sok történész szerint biztosította a független állam fennmaradását. A Crnojević-dinasztia utolsó tagja Velencébe vonult vissza, és az utódlást a cetinjei püspököknek adta át. Korábban a kisebb főurak és a parasztság hűsége uralkodóikhoz bizonytalan volt. Nem volt ritka, hogy az egész Balkánon a politikai irányítás a szláv uralkodóktól az oszmán törökökhöz került, de nem azért, mert az előbbiek csatában vereséget szenvedtek, hanem azért, mert a helyi mágnások nem tudták biztosítani alattvalóik támogatását. Montenegróban a vladika, ahogy a fejedelmi-püspöki pozíciót nevezték, stabilitást hozott a terület vezetésébe. Az egyház és az állam közötti kapcsolat felemelte a parasztság szemében, intézményesítette az örökösödés egy formáját, és kizárta a törökökkel való kompromisszumos szövetségek lehetőségét.
Mindamellett ez az időszak nehéz volt a kis, akkor még tengerparttal nem rendelkező Montenegró számára, amely szinte folyamatosan háborúban állt az Oszmán Birodalommal. Magát Cetinjét 1623-ban, 1687-ben és 1712-ben ismét elfoglalták. Három tényező magyarázza, hogy az oszmánok nem tudták teljesen leigázni: a lakosság makacs ellenállása, a terep barátságtalan jellege (ahol azt mondták, hogy “egy kis sereget legyőznek, egy nagy sereg éhen hal”), valamint a Velencével való diplomáciai kapcsolatok ügyes kihasználása.
1519-től 1696-ig a vladika tisztsége választott tisztség volt, de az utóbbi évben Danilo Nikola Petrovićot választották a pozícióba (I. Danilo néven) azzal az új rendelkezéssel, hogy saját maga jelölhette utódját. Bár a keleti ortodox papságnak általában megengedett a házasságkötés, a püspököknek cölibátusban kell élniük; következésképpen Danilo átadta a tisztséget az unokaöccsének, és ezzel olyan hagyományt teremtett, amely 1852-ig tartott.
Danilo uralkodása alatt két fontos változás történt Montenegró tágabb európai kontextusában: az oszmán területek terjeszkedése fokozatosan megfordult, és Montenegró Oroszországban erős új pártfogóra talált a hanyatló Velence helyett. Az oszmán hanyatlás jelentősnek bizonyult a montenegrói vallási identitás szempontjából, amely a jelek szerint a 18. század folyamán különösen instabil volt. Az ortodox teokratikus államforma létrehozása és az iszlámra áttértek apokrif tömeges lemészárlása (az 1702. évi karácsony esti “montenegrói vesperás”) ellenére vitatott bizonyítékok vannak arra, hogy a montenegrói vonal igen képlékeny módon változott nemcsak a római katolikus és a muszlim hit, hanem a montenegrói és az albán identitás között is. Úgy tűnik, hogy tekintettel arra a bizonytalanságra, hogy kié a hatalom a régióban, a sokféleséget gyakran egyfajta kollektív biztosítási kötvénynek tekintették. Montenegró ortodox identitása azonban az oszmán hatalom hanyatlásával fokozatosan stabilizálódott. A római katolicizmus megmaradt a térségben, és csak az újkorban azonosították magukat a montenegrói katolikusok horvátokként.
Velencének az orosz védnökséggel való felváltása különösen jelentős volt, mivel pénzügyi támogatást hozott (miután I. Danilo 1715-ben meglátogatta Nagy Pétert), szerény területi nyereséget, és 1799-ben az oszmán porta hivatalosan elismerte Montenegró függetlenségét mint államot a vladika Petar Petrović Njegoš (I. Péter) alatt. Az I. Napóleon francia császár végső vereségét követő 1815-ös bécsi kongresszuson nyújtott orosz támogatás nem biztosította Montenegró számára a tengerre való kijutást, annak ellenére, hogy a montenegróiak 1806-ban részt vettek a Kotori-öböl francia csapatoktól való elfoglalásában.
A montenegróiak 1806-ban részt vettek a Kotor-öböl elfoglalásában.