Aristotele insegnò ad Alessandro (356-323 a.C.) prima che il principe ereditasse il trono di Macedonia nel 336 a.C. e iniziasse ad estendere l’impero che suo padre aveva conquistato. Più tardi, il giardino del Liceo di Atene conteneva piante fornite dai seguaci delle armate di Alessandro. Teofrasto basò molte delle sue descrizioni di piante sui resoconti ottenuti da viaggiatori che avevano visitato regioni lontane dell’impero di Alessandro. La biblioteca di Alessandria, che probabilmente Dioscoride usò, fu aperta durante il regno del generale di Alessandro, Tolomeo I Soter (circa 367 a.C. – circa 283 a.C.). Tolomeo I era uno stretto amico personale di Alessandro e potrebbe essere stato un compagno di studi di Aristotele. Divenne sovrano dell’Egitto nel 323 a.C. dopo la morte di Alessandro. Il lavoro effettivo di pianificazione e supervisione della biblioteca fu delegato a Demetrio di Falerone (ca. 350 – ca. 280 a.C.), uno studente del Liceo di Teofrasto.

Alessandro governò la Macedonia come reggente dal 340 a.C., mentre suo padre, Filippo II, guidò un grande esercito macedone che invase la Tracia, il paese confinante con la Macedonia a est. Più tardi Alessandro litigò con Filippo e lasciò la Macedonia, ma nel 336 a.C. Filippo fu assassinato e Alessandro, all’età di 20 anni, divenne Alessandro III di Macedonia, poi chiamato Alessandro il Grande. Quando la notizia della morte di Filippo si diffuse, la gente nei paesi conquistati dai Macedoni vide la possibilità di conquistare la libertà e Alessandro dovette agire. Iniziò giustiziando tutti i suoi oppositori all’interno della Macedonia, poi restaurò il dominio macedone in Grecia, Tracia e Illiria.

Lasciando l’esperto generale Antipatro (398-319 a.C. circa) a mantenere l’ordine in patria, nel 334 a.C. Alessandro condusse una grande forza in Asia Minore come prima tappa della sua espansione imperiale. I Macedoni sconfissero un grande esercito persiano, si assicurarono la costa dell’Asia Minore e nel 333 a.C. combatterono e sconfissero un altro esercito persiano, questo guidato dal re persiano Dario III. Le forze di Alessandro si fecero strada verso sud attraverso la Siria e la Fenicia. Nella primavera del 331 a.C. i Macedoni entrarono in Egitto. Dopo alcuni mesi tornarono a Tiro, dove ricevettero rinforzi dall’Europa e si diressero verso est. Sconfissero ancora una volta i Persiani a Gaugemala, a est del fiume Tigri, occuparono Babilonia e poi catturarono Susa e la capitale persiana, Persepoli, e Alessandro fu proclamato re dell’Asia. I macedoni ripresero quindi l’inseguimento di Dario, che trovarono morente per le ferite inflitte da uno dei suoi stessi nobili, che fu poi catturato dai macedoni e punito per ordine di Alessandro. Premendo verso est nell’Asia centrale, raggiunsero le montagne Tian Shan nella Cina occidentale, dove una statuetta di un soldato greco è stata trovata in un luogo di sepoltura.

Nel 326 a.C. Alessandro invitò i capi di quello che oggi è il Pakistan settentrionale a sottomettersi al suo dominio. Alcuni accettarono, ma altri si opposero ai Macedoni e furono superati solo dopo intensi combattimenti in cui Alessandro fu ferito. I soldati macedoni, che desideravano rivedere le loro case e le loro famiglie, si opposero al piano di Alessandro di spingersi più lontano in India e lo convinsero a tornare indietro. Raggiunsero Babilonia, dove Alessandro morì l’11 giugno 323 a.C. nel palazzo di Nabucodonosor II. Gli storici sono incerti sulla causa della sua morte, ma è più probabile che sia stata causata da una malattia. Tra un mese Alessandro avrebbe avuto 33 anni. Come mostra la mappa seguente, al suo apice il suo impero si estendeva dal Macedone a ovest alla valle dell’Indo a est, e dalle coste meridionali del Mar Nero e del Mar Caspio all’Egitto. L’impero cominciò a disintegrarsi entro pochi anni dalla morte di Alessandro, spezzandosi in molti regni indipendenti.

Alessandro era stato uno studente di Aristotele, e sebbene l’educazione del giovane fosse stata interrotta, era molto intelligente e Aristotele aveva esercitato una forte influenza sul suo sviluppo. Aristotele incoraggiava tutti i suoi studenti ad osservare e studiare il mondo naturale, e Alessandro era fortemente interessato alle piante e agli animali. Un grande seguito di studiosi lo accompagnava mentre guidava i suoi eserciti. Misuravano le distanze, preparavano mappe, studiavano religioni sconosciute e anche la flora e la fauna. Quando si imbattevano in specie di piante o animali non familiari, Alessandro mandava degli esemplari in Europa, molti dei quali al Liceo di Atene, all’attenzione dello stesso Aristotele. Raccolse tutte le informazioni possibili sulle cure erboristiche locali e praticò la medicina, curando personalmente alcune delle ferite e delle malattie che affliggevano i suoi soldati.

Nel 332 a.C. Alessandro fondò la città di Alessandria sul sito di Rhakotis, un porto di pesca egiziano. Voleva che la città facesse da ponte tra le culture della Grecia e dell’Egitto, ma vi rimase solo per pochi mesi dopo l’inizio della costruzione e non tornò più. Dopo la morte di Alessandro, Tolomeo I riuscì a far portare il suo corpo in città. La biblioteca di Alessandria fu costruita come una replica del Liceo, con una passeggiata colonnata e giardini. C’erano aule, sale di lettura e una sala da pranzo comune, e la biblioteca si trovava accanto e al servizio del Musaeum, che era un tempio utilizzato come istituzione accademica e l’origine della parola museo. I dirigenti della biblioteca erano incaricati di raccogliere tutte le informazioni del mondo. I rappresentanti della biblioteca partecipavano alle fiere del libro ad Atene e a Rodi, e ogni volta che una nave arrivava nel porto, i libri che portava venivano sequestrati e copiati, la biblioteca conservava gli originali e restituiva le copie al capitano della nave. Questa è la biblioteca dove Pedanius Dioscorides potrebbe aver studiato. Gran parte della biblioteca fu accidentalmente bruciata nel 48 a.C. durante una guerra civile, e anche se un ramo della biblioteca, noto come la biblioteca figlia, continuò a funzionare a sud della città, anch’esso fu distrutto nel 391 a.C. quando l’imperatore romano Teodosio I (347-395) ordinò la distruzione di tutti i templi pagani.