Ha subito molte vicissitudini dopo l’espulsione dei gesuiti, prima ordinata da Carlo III di Spagna nel 1767, e poi negli anni 1850 e 1861, durante i primi anni dell’era repubblicana. Per molti anni servì da parco alla caserma adiacente, che occupava parte della casa-scuola della Compagnia di Gesù.

La sua architettura corrisponde allo stile chiamato “gesuitico”, di tipo denominato “di predicazione”. Gran parte della facciata fu scolpita in pietra dell’isola di Tierrabomba, e all’interno, ai piedi dell’altare maggiore in marmo importato dall’Italia dal vescovo Eugenio Biffi, giacciono le reliquie del titolare in un’urna di bronzo dorato e vetro, dono del papa Leone XIII.

Nel 1921 fu eliminata la tipica metà arancione e fu eretta l’attuale cupola, opera di Lelarge. La facciata della chiesa si discosta dallo stile barocco degli altri ingressi. C’è un secondo piano sopra le cappelle, che sono intercomunicanti attraverso archi di mezza punta e coperti da volte ad arista. Questa chiesa ha un organo e un coro simili a quelli dell’Arcibasilica di San Giovanni in Laterano a Roma.

L’interno della chiesa della Compagnia si distingue per la severità dei suoi elementi architettonici, in contrasto con la profusione barocca usata dai gesuiti in altre parti dell’America spagnola. La sua facciata è considerata come la più ricca e monumentale di Cartagena.