PeptideProphetTM

PeptideProphetTM convalida automaticamente le assegnazioni dei peptidi agli spettri MS/MS fatte dai programmi di ricerca del database come SEQUEST. Da ogni set di dati, apprende le distribuzioni dei punteggi di ricerca e le proprietà dei peptidi tra i peptidi corretti e quelli errati, e usa queste distribuzioni per calcolare per ogni risultato la probabilità che sia corretto. Le proprietà rilevanti del peptide includono il numero di termini compatibili con la scissione enzimatica (per ricerche non vincolate), il numero di scissioni enzimatiche mancate, la differenza di massa rispetto allo ione precursore, la presenza di cisteina leggera o pesante (per esperimenti ICAT) e la presenza di un motivo di N-glicosilazione (per esperimenti di cattura della N-glicosilazione). PeptideProphet può essere utilizzato come secondo passo dopo l’analisi degli spettri MS/MS generati da qualsiasi tipo di spettrometro di massa, e i peptidi assegnati utilizzando qualsiasi numero di programmi di ricerca di database.

Questo software è stato sviluppato presso l’Institute for Systems Biology di Seattle ed è descritto in Analytical Chemistry 2002, 74, 5383-5392.

Tipo, l’analisi PeptideProphet è seguita da ProteinProphet, che raggruppa i peptidi in base alle loro proteine corrispondenti per calcolare le probabilità che quelle proteine fossero presenti nel campione originale.

PeptideProphet è un componente della pipeline di analisi LC/MS/MS open source sviluppata all’ISB

Gli altri componenti includono:

Perché open source?

• Il software open source offre una flessibilità che non può essere eguagliata da nessun software proprietario. Può essere facilmente adattato per soddisfare le tue particolari esigenze.
• Il software open source ti dà una visione completa su come i tuoi dati vengono gestiti.
• Il software open source è probabilmente il modo più democratico per stabilire uno standard ampiamente accettato nell’analisi dei dati.

Come posso aiutare?

Ci sono molti modi in cui puoi aiutarci e non hai bisogno di essere uno spettrometrista di massa o un programmatore per farlo.Il modo più semplice per aiutarci è fornirci un feedback sui nostri strumenti! Facci sapere se qualcosa non funziona, se una modifica ad un particolare strumento lo renderebbe più utile, se c’è uno strumento utile o una caratteristica che manca, ecc.Se pensi di essere qualificato per aiutarci in modi più specifici, scrivici! Ci piacerebbe aggiungere il tuo nome alla sezione degli sviluppatori 🙂