Apprendendo della missione mongola in Russia, il governo Qing incaricò Sando di indagare. Sando convocò immediatamente il capo dell’amministrazione ecclesiastica del Khutukhtu (Ikh shav’), l’Erdene Shanzav, e chiese una spiegazione. L’Erdene Shanzav, dichiarando di non essere stato coinvolto, rivelò l’intero complotto. Sando chiese allora che il Khutuktu ritirasse la sua richiesta di truppe russe. Il Khutuktu accettò, a condizione che Sando smantellasse la Nuova Amministrazione. Sando telegrafò a Pechino per avere istruzioni, e gli fu detto che parti della Nuova Amministrazione potevano essere ritardate.
Sando ordinò ai principi di Urga di firmare una dichiarazione che solo alcuni individui erano stati responsabili dell’appello alla Russia. I principi fecero tale dichiarazione, ma solo oralmente. Sando ordinò poi ai mongoli di non avere più contatti con il consolato russo, minacciando in caso di disobbedienza di portare altre 500 truppe a Urga e di armare la popolazione cinese in città. Mise delle sentinelle intorno al palazzo di Khutuktu con l’ordine di impedire i visitatori russi. E mandò un contingente di truppe al confine russo-mongolo per intercettare la delegazione mongola in Russia al suo ritorno.
Eventi di proporzioni sismiche stavano avendo luogo in Cina. Il 10 ottobre ci fu una rivolta a Wuchang e una rivoluzione contro la classe dirigente minoritaria era iniziata. Una provincia dopo l’altra dichiarava la propria indipendenza dall’autorità Qing. Credendo che la sua posizione fosse insostenibile, Sando telegrafò al governo di Pechino chiedendo il permesso di dimettersi, ma la sua richiesta fu negata. Nel frattempo, la delegazione mongola in Russia tornò segretamente, e riferì i risultati del suo viaggio ad un gruppo di principi e lama. Essi composero un memoriale congiunto per il Khutukhtu chiedendo cosa dovrebbe fare la Mongolia al posto delle rivolte provinciali. Egli consigliò che i mongoli formassero uno stato proprio.
Favorito dal sostegno del Khutuktu e dall’imminente crollo della dinastia Qing, fu formato il Governo Provvisorio di Khalkha, guidato da alcuni importanti nobili Khalkha. Il 28 novembre, il governo ordinò a tutte e quattro le province (aimag) di Khalkha di mobilitare mille soldati ciascuna. Quasi immediatamente 500 uomini dei khoshuun vicini si erano riuniti a Urga. Due giorni dopo, Sando ricevette una lettera, firmata a nome dei nobili e dei lama di Khalkha, che affermava che avevano sentito parlare di un movimento secessionista in Cina, e che truppe cinesi del “partito rivoluzionario” si stavano preparando a marciare su Urga dalla Mongolia Interna. La lettera continuava affermando che, visto il beneficio ottenuto dai Khalkha dai Qing in passato, il Khutuktu aveva ordinato la mobilitazione di 4000 truppe per avanzare su Pechino per difendere l’imperatore. A Sando fu chiesto di fornire a questi uomini provviste e armi. Gli furono date tre ore per rispondere. Non arrivò nessuna risposta. Abbandonando questo sottile inganno, una delegazione di nobili e lama visitò l’ufficio dell’amban, e lo informò della loro decisione di dichiarare l’indipendenza e di installare il Khutuktu come imperatore. Sando supplicò la delegazione. Ammise che ciò che era successo era il risultato della sua stessa follia, e promise di raccomandare la piena autonomia della Mongolia, ma non l’indipendenza. La delegazione rispose bruscamente che era venuta semplicemente per consegnare un messaggio, non per discuterne. A Sando fu ordinato di lasciare il paese entro 24 ore.
C’era poco che Sando potesse fare. Aveva solo 150 truppe, che in ogni caso erano di umore refrattario a causa degli arretrati. Il giorno seguente, i suoi soldati furono disarmati dai miliziani mongoli e dai cosacchi russi del convoglio consolare al comando di Grigory Semyonov, futuro Ataman. Sando e il suo staff si trasferirono nel complesso del consolato russo per la loro sicurezza.
Il 30 novembre 1911 i mongoli stabilirono il governo temporaneo di Khalkha. Il 5 dicembre Sando lascia la Mongolia con la scorta russa. L’autorità cinese nel resto del paese crollò subito dopo. Più tardi nello stesso mese o nel gennaio 1912 (le fonti differiscono) il governatore militare di Uliastai nella Mongolia occidentale, il suo staff e le guardie militari, partirono pacificamente sotto la protezione delle truppe cosacche. Il vice governatore militare di Khovd, tuttavia, decise di resistere, sperando in rinforzi dal Xinjiang. Le truppe arrivarono troppo tardi: la città fu circondata dalle truppe mongole, il distaccamento di rinforzo fu schiacciato. Nell’agosto 1912, la sua roccaforte fu superata dalle truppe mongole, e lui e il suo staff furono scortati fuori dal paese dai cosacchi.
Il 1 dicembre, il governo provvisorio di Khalkha emise un proclama generale che annunciava la fine del dominio Qing e l’istituzione di una teocrazia sotto il Jebtsundamba Khutuktu. Alla fine del mese, il 29 dicembre, il Khutuktu fu formalmente installato come Bodg Khaan (“Grande Khan”, o “Imperatore”) del nuovo stato mongolo. Questo inaugurò l’era del Bogd Khan. Mentre tutti i Barga, Dariganga, Khovd, la regione di Huvsgul, 26 hoshuns della regione di Ili (Dzungarian Oirads), 24 hoshuns della Mongolia Superiore 29 hosnuns, 35 hoshuns della Mongolia Interna 49 hoshuns inviarono dichiarazioni per sostenere l’appello di Bogd Khan alla riunificazione mongola, in realtà però la maggior parte di loro erano troppo prudenti o irresoluti per tentare di aderire al regime di Bogd Khan.
La rivoluzione mongola fu per la maggior parte un trasferimento ordinato del potere. Il suo carattere relativamente pacifico era dovuto al realismo delle autorità Qing in Mongolia, e in non piccola parte alla presenza delle truppe russe, che fornivano protezione a queste autorità e alle truppe cinesi. La situazione era diversa nella Mongolia Interna. Lì, le autorità cinesi rimasero al potere, anche se gli attivisti mongoli si stavano preparando ad unirsi alla Mongolia Esterna nell’indipendenza. I membri del Partito Realista pro-Qing erano noti per sostenere l’indipendenza della Mongolia Interna, e alcuni sostenevano la necessità di uno stato monarchico che coprisse la Manciuria così come la Mongolia Esterna e Interna. In particolare, Gungsangnorbu, leader dell’Harqin Banner della Mongolia Interna, stabilì stretti contatti con i giapponesi nel dicembre 1911. Lui e altri principi della Mongolia interna presero prestiti, promisero ai giapponesi diritti minerari e ricevettero importanti spedizioni di armi.