Sotto i principi-vescovi
Nel 1516 avvenne un cambiamento nella costituzione del Montenegro che molti storici considerano aver assicurato la sua sopravvivenza come stato indipendente. L’ultimo della dinastia Crnojević si ritirò a Venezia e conferì la successione ai vescovi di Cetinje. In precedenza, la fedeltà dei capi minori e dei contadini ai loro governanti era stata instabile. Non era insolito che il controllo politico in tutti i Balcani passasse dai governanti slavi ai turchi ottomani, non a causa della sconfitta dei primi in battaglia, ma a causa del fallimento dei magnati locali nel garantire il sostegno dei loro sudditi. In Montenegro la posizione di vladika, come era conosciuto il principe vescovo, portò stabilità alla guida del territorio. Il legame tra chiesa e stato lo elevò agli occhi dei contadini, istituzionalizzò una forma di successione ed escluse la possibilità di alleanze compromettenti con i turchi.
Nondimeno, questo periodo fu difficile per il piccolo Montenegro, allora senza sbocco sul mare, che era quasi costantemente in guerra con l’impero ottomano. Cetinje stessa fu catturata nel 1623, nel 1687 e di nuovo nel 1712. Tre fattori spiegano il fallimento ottomano nel sottometterla completamente: l’ostinata resistenza della popolazione, il carattere inospitale del terreno (in cui si diceva che “un piccolo esercito viene battuto, uno grande muore di fame”), e l’abile uso dei legami diplomatici con Venezia.
Dal 1519 al 1696 la posizione di vladika era stata elettiva, ma in quest’ultimo anno Danilo Nikola Petrović fu eletto alla carica (come Danilo I) con la nuova disposizione di poter nominare il proprio successore. Sebbene al clero ortodosso orientale sia generalmente permesso sposarsi, ai vescovi è richiesto di essere celibi; di conseguenza, Danilo passò la sua carica a suo nipote, stabilendo una tradizione che durò fino al 1852.
Due importanti cambiamenti avvennero nel più ampio contesto europeo per il Montenegro durante il regno di Danilo: l’espansione del territorio ottomano fu gradualmente invertita, e il Montenegro trovò in Russia un nuovo potente patrono per sostituire la Venezia in declino. Il riflusso della marea ottomana si rivelò significativo per l’identità religiosa montenegrina, che sembra essere stata particolarmente instabile per tutto il XVIII secolo. Nonostante l’istituzione di una politica teocratica ortodossa e l’apocrifo massacro di massa di coloro che si erano convertiti all’Islam (i “Vespri montenegrini” della vigilia di Natale del 1702), ci sono prove contestate che i lignaggi montenegrini si spostarono in modo molto fluido non solo tra la fede cattolica romana e quella musulmana ma anche tra l’identità montenegrina e quella albanese. Sembra che, data l’incertezza su chi detenesse il potere nella regione, la diversità fosse spesso considerata come una sorta di assicurazione collettiva. L’identità ortodossa del Montenegro si stabilizzò gradualmente, tuttavia, con il declino del potere ottomano. Il cattolicesimo romano mantenne una presa nella zona, e solo in tempi moderni i cattolici montenegrini si sono identificati come croati.
La sostituzione di Venezia con il patrocinio russo fu particolarmente significativa, poiché portò aiuti finanziari (dopo che Danilo I visitò Pietro il Grande nel 1715), un modesto guadagno territoriale e il riconoscimento formale nel 1799 da parte della Porta Ottomana dell’indipendenza del Montenegro come stato sotto la vladika Petar Petrović Njegoš (Pietro I). Il sostegno russo al Congresso di Vienna del 1815, dopo la sconfitta finale dell’imperatore francese Napoleone I, non riuscì ad assicurare al Montenegro uno sbocco sul mare, anche se i montenegrini avevano partecipato alla presa del Golfo di Cattaro dalle forze francesi nel 1806.