Una nuova attività per un vecchio enzima: la fosfatasi alcalina batterica di Escherichia coli è una idrogenasi fosfito-dipendente

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Risultati e discussione

Due vie per l’ossidazione del Pt in E. coli. Studi genetici hanno dimostrato che l’enzima C-P liasi, codificato dall’operone phn, è in grado di ossidare il Pt (26). Tuttavia, in uno studio recente (9), siamo stati sorpresi di osservare che alcuni mutanti phn di E. coli sono rimasti capaci di ossidare il Pt. L’esame del genotipo di questi ceppi ha suggerito che il locus phoA potrebbe essere coinvolto nell’ossidazione del Pt. Per testare direttamente questa ipotesi, abbiamo esaminato i ceppi di E. coli che differivano solo nei loci phn e phoA per la loro capacità di ossidare Pt, come dimostrato dalla loro capacità di crescere su supporti con Pt come unica fonte di P. Poiché il fosfato è necessario per la crescita, gli organismi non possono crescere su questo mezzo se non hanno la capacità di ossidare Pt a fosfato. I ceppi che erano o phoA + o phn + sono cresciuti su Pt media (indipendentemente dal fatto che l’altro locus è stato mutato), mentre i ceppi con mutazioni in entrambi phn e phoA non ha fatto (Fig. 1). Pertanto, E. coli ha due percorsi per l’ossidazione di Pt: uno che è phn-dipendente e uno che è phoA-dipendente.

Nonostante la produzione di livelli significativi di fosfato nei nostri saggi, tuttavia, non siamo stati in grado di rilevare né il consumo di O2 (per mezzo di misure sensibili dell’elettrodo O2) né la produzione di H2O2 (per mezzo di un saggio sensibile di perossidasi di rafano). Inoltre, l’ossidazione del Pt è stata osservata a tassi simili in condizioni strettamente anaerobiche in saggi che includevano solo BAP, Pt e acqua. Questi dati hanno fortemente suggerito che i protoni derivati dall’acqua sono l’accettore di elettroni mancante per la reazione di ossidazione del Pt e che l’altro prodotto della reazione era probabilmente H2 molecolare, secondo l’Eq. 2. Math A sostegno di questa ipotesi, abbiamo rilevato la produzione di H2 dipendente dal Pt sia in vitro che in vivo. I saggi in vitro sono stati condotti aerobicamente in fiale sigillate utilizzando BAP altamente purificato. Dopo l’incubazione, lo spazio di testa è stato analizzato per H2, e la porzione acquosa è stata analizzata per il fosfato. Come mostrato in Fig. 2B, quantità stechiometriche di fosfato e H2 sono stati prodotti da Pt in presenza di BAP, mentre né fosfato né H2 è stato prodotto in reazioni di controllo contenenti o BAP o Pt da solo.

Fig. 2.

I prodotti dell’ossidazione catalizzata BAP Pt sono fosfato e H2 molecolare.(A) Il protone-disaccoppiato 31P risonanza magnetica nucleare spettri e posizioni dei picchi sono indicati per 5 mM Pt e 5 mM controlli fosfato, così come per una reazione durante la notte che inizialmente conteneva 5 mM Pt più 500 μg di BAP purificato. Un picco per Pt non reagito e un nuovo picco di fosfato sono evidenti nello spettro della reazione enzimatica, ma non sono stati prodotti altri prodotti. Il leggero spostamento nella posizione del picco fosfato tra il controllo e il prodotto di reazione catalizzata BAP è dovuto a differenze di pH minori: aggiunta di soluzione stock di fosfato al saggio aumentato l’altezza del picco Pi ma non ha prodotto picchi extra. Proton-accoppiato spettri sono completamente coerente con questa interpretazione (dati non mostrati). (B) BAP-catalizzata Pt ossidazione produce quantità stechiometriche di fosfato e molecolare H2. Reazioni in vitro contenenti i componenti indicati sono stati incubati per una notte a 37 ° C in fiale sigillate. L’atmosfera dello spazio di testa è stato poi analizzato per H2 mediante gascromatografia con rilevamento della conducibilità termica, mentre la fase acquosa è stata analizzata per il fosfato utilizzando il saggio verde malachite. Reazioni (3 ml) sono stati condotti in 50 mM Mops (pH 7.0) con 50 mM Pt (pH 7.0) e 387 μg di BAP purificato, come indicato. Controlli in triplice copia contenenti o BAP o Pt da solo sono stati eseguiti, ma né fosfato né H2 è stato rilevato in queste condizioni. I risultati in vivo mostrano la quantità di H2 prodotta durante la crescita di WM3924 (Δlac X74, Δphn 33-30, ΔhypABCDE) in 0.4% glucosio/Mops brodo contenente 2.5 μmol della fonte P indicata. Poiché questo livello di P (500 μM) è limitante per la crescita, la fonte di P dovrebbe essere completamente assimilata quando le culture raggiungono la saturazione. Dopo una crescita notturna a 37°C in fiale sigillate, lo spazio di testa è stato analizzato per H2 mediante gascromatografia con rilevamento della conducibilità termica. Sia gli esperimenti in vitro che quelli in vivo sono stati condotti in modo aerobico (cioè, l’O2 era presente durante l’ossidazione del Pt).

La misurazione dell’H2 in vivo è complicata dal fatto che E. coli ha molteplici idrogenasi che possono sia produrre che consumare H2. Per aggirare questo problema, abbiamo costruito un mutante ΔhypABCDE, che non può produrre alcuna idrogenasi attiva a causa della sua incapacità di maturare le proteine precursori (32). Il mutante hyp, coltivato aerobicamente in tubi sigillati, ha anche prodotto approssimativamente quantità stechiometriche di H2 in colture coltivate con livelli limitanti di Pt, mentre nessun H2 è stato rilevato in colture coltivate con livelli limitanti di fosfato o dell’estere fosfato fosfoserina (Fig. 2B ).

L’ossidazione del Pt non è una caratteristica comune a tutte le fosfatasi alcaline. L’efficiente ossidazione del Pt sembra essere una caratteristica unica della fosfatasi alcalina di E. coli. Né Bacillus subtilis, che è noto per produrre più fosfatasi altamente attive (33), né P. stutzeri, che è noto per produrre una fosfatasi distinta da BAP (in ceppi che mancano del sistema deidrogenasi Pt) (A. K. White, S. Neuhaus, M. M. Wilson, e W.W.M., dati non pubblicati), può utilizzare Pt come unica fonte P (Fig. 3A ), anche se entrambi gli organismi crescono su supporti con fosfoserina come unica fonte P (dati non mostrati). Così, le fosfatasi prodotte da questi organismi sono incapaci di ossidare Pt a tassi che sono sufficienti per sostenere la crescita. Abbiamo anche testato preparazioni commerciali di fosfatasi intestinale di vitello (CIP) e fosfatasi alcalina di gambero (SAP) per la loro capacità di produrre fosfato da Pt (Fig. 3B). Anche se piccole quantità di fosfato sono state prodotte dalle fosfatasi eucariotiche dopo un’incubazione notturna, solo E. coli BAP è stato in grado di catalizzare la reazione a tassi significativi. Questo risultato è particolarmente sorprendente perché gli enzimi eucarioti sono in realtà fosfatasi molto migliori, con attività specifiche fino a 40 volte superiori al BAP (27). Questi enzimi condividono tutti una significativa omologia (25-35% di identità) con il BAP di E. coli; inoltre, la maggior parte dei residui del sito attivo, incluso il Ser-102 (che forma un intermedio covalente fosfo-enzimatico durante la reazione di fosfatasi), sono conservati (27).

Fig. 3.

L’ossidazione del Pt è unica per la fosfatasi alcalina di E. coli. (A) La capacità di B. subtilis e P. stutzeri di ossidare Pt, come dimostrato dalla crescita su supporti con Pt come unica fonte di P, è stata testata, come descritto in Fig. 1. Nessuno dei due organismi è cresciuto sul mezzo Pt, mentre entrambi gli organismi sono cresciuti sul mezzo fosfato. Quindi, nonostante il fatto che entrambi gli organismi abbiano fosfatasi attive, nessuno dei due può ossidare il Pt a tassi sufficienti per sostenere la crescita. Il P. stutzeri WM3617 (ΔptxA-htxP, Δphn) contiene mutazioni che eliminano le due vie di ossidazione del Pt caratterizzate di questo organismo ma che non hanno effetto sull’espressione della fosfatasi (9, 10). (B) BAP (fosfatasi alcalina di E. coli), SAP (fosfatasi alcalina di gambero; Roche Applied Science, Mannheim, Germania) e CIP (fosfatasi intestinale di vitello; Sigma) sono stati valutati per l’ossidazione Pt come descritto sopra. Abbiamo usato 56 μg della fosfatasi indicata in ogni saggio, che corrisponde a 3 BAP, 32 SAP, e 65 unità di fosfatasi CIP, come misurato da idrolisi pNPP. Nonostante le attività di fosfatasi molto più elevate degli enzimi eucarioti, solo il BAP ha catalizzato l’ossidazione del Pt a tassi significativi. La media di due prove è tracciata.

Sembra plausibile che l’ossidazione di Pt sia catalizzata da BAP con un meccanismo simile a quello utilizzato per l’idrolisi dell’estere fosfato (Fig. 4A). Di conseguenza, il Pt può essere idrolizzato dal BAP con l’anione idruro come gruppo di partenza formale. A sostegno di questa idea, un mutante phoA con il residuo Ser-102 del sito attivo cambiato in alanina non è in grado di utilizzare Pt come unica fonte di P, indicando che questo amminoacido è richiesto per l’idrolisi degli esteri fosforici (27) e per l’ossidazione di Pt (Fig. 4B). Anche se il trasferimento diretto di idruro da un substrato a un protone acquoso è biochimicamente senza precedenti, questa reazione è termodinamicamente ragionevole dato il forte potenziale di riduzione della coppia fosfato-Pt (E o′ = -0,650 V). Così, la reazione di produzione di H abbastanza favorevole: ΔG o′ = -46.3 kJ/mol (calcolato dai potenziali redox in rif. 34). Se il modello idrolitico per l’ossidazione del Pt si rivelasse corretto, sarebbe una reazione enzimatica molto insolita. Gli studi hanno dimostrato che BAP è anche in grado di idrolizzare fosfodiesteri (35), fosfoamidi (36), esteri di solfato (37), e tiofosfato (38). Tuttavia, queste reazioni avvengono a tassi che sono considerevolmente più lenti di quelli della reazione di idrolisi del Pt, nonostante il fatto che coinvolgano gruppi di partenza molto migliori. Inoltre, non sono reazioni redox. La reazione analoga che coinvolge l’idrolisi degli acidi alchilfosfonici non è catalizzata dal BAP, come dimostrato sia biochimicamente (39) che dall’incapacità dei ceppi Δphn di usare questi composti come uniche fonti di P (13).

Fig. 4.

L’ossidazione del Pt da parte del BAP può avvenire tramite idrolisi con l’anione idruro come gruppo lasciante. (A) Il meccanismo chimico per l’idrolisi dell’estere fosfato da parte del BAP comporta un attacco nucleofilo da parte di un residuo di serina attivato (Ser-102) sull’estere fosfato per formare un intermedio enzimatico fosfoserina. Il gruppo lasciante alcossido acquisisce rapidamente un protone dalla soluzione per formare l’alcol corrispondente. Sembra probabile che l’ossidazione del Pt avvenga per mezzo di un meccanismo simile con l’anione idruro come gruppo uscente. (B) Il ruolo di Ser-102 nell’ossidazione di Pt è stato testato esaminando se un mutante che porta una mutazione Ser-102-Ala nel gene phoA potrebbe crescere su supporti Pt, come descritto in Fig. 1. Il mutante non è riuscito a crescere su Pt. Il mutante non è riuscito a crescere sul mezzo Pt, dimostrando il requisito per il sito attivo Ser-102 nell’ossidazione Pt. Il ceppo ospite era BW14893 (Δlac X74, ΔphoA532, Δphn 33-30), WM3610 e WM3611 portano integratori a copia singola dei plasmidi pKY1 e pKY2, che codificano il gene phoA wild-type (phoA+) o il mutante phoA-S102A (Ser-102-Ala), rispettivamente.

Pt deidrogenasi (PtxD) era stato l’unico enzima caratterizzato in vitro a catalizzare l’ossidazione del Pt (11). Anche se i dettagli della reazione BAP devono ancora essere chiariti, i meccanismi chimici dei due enzimi sono chiaramente distinti. Mentre PtxD richiede NAD come accettore di elettroni per la reazione redox, la reazione catalizzata da BAP non richiede accettori di elettroni esogeni ma sfrutta la grande forza motrice termodinamica della reazione per produrre un prodotto altamente ridotto (H2) da acqua in una reazione essenzialmente irreversibile (K eq calcolato = 1,1 × 108). Tutte le altre reazioni note che producono H2 operano molto più vicino all’equilibrio chimico e sono tipicamente reversibili. Inoltre, tutte le altre idrogenasi conosciute contengono Fe o Ni, o entrambi, nei loro siti attivi (40). Questa osservazione include la cosiddetta “metal-free” H2-forming methylene tetrahydromethanopterin dehydrogenase degli archaea metanogenici, che ora è noto contenere anche Fe (41). Al contrario, BAP non contiene metalli redox attivi, anche se sia Zn che Mg sono necessari per l’attività idrolitica (27). Il trattamento del BAP con chelanti inibisce l’ossidazione del Pt, suggerendo che i metalli giocano un ruolo nella reazione del Pt (dati non mostrati).

Infine, i dati in vivo presentati qui suggeriscono che la reazione di ossidazione del Pt è biologicamente rilevante. L’osservazione che molti batteri possiedono enzimi dedicati all’ossidazione del Pt dimostra che il tratto è sotto forte pressione selettiva nelle popolazioni microbiche (4, 5, 9, 42). Con questo fatto in mente, è interessante notare che sebbene gli enzimi eucariotici siano fosfatasi molto migliori, sono incapaci di ossidare il Pt. Questa osservazione solleva la possibilità che il BAP di E. coli non si sia evoluto per essere la fosfatasi più efficiente, ma piuttosto per essere una fosfatasi con la capacità di idrolizzare il Pt. Questa idea è coerente con la curiosa osservazione che la BAP di E. coli è molto espressa (fino al 6% della proteina cellulare totale) in condizioni di fame di fosfati (28). La spiegazione tradizionale di questo fenomeno è che qualche substrato sconosciuto BAP deve essere scarsamente idrolizzato e, quindi, richiede massicce quantità di enzima per sostenere tassi di crescita competitivi. Tuttavia, poiché c’è poca differenza nei tassi misurati di idrolisi per un’ampia varietà di substrati di esteri fosforici (39, 43), sembra improbabile che questo substrato povero possa essere un estere fosforico. Al contrario, il tasso di idrolisi del Pt è sostanzialmente inferiore al tasso di idrolisi dell’estere fosfato, suggerendo che il Pt può essere il substrato che spiega l’estremo livello di espressione di phoA osservato in E. coli affamati di fosfato.

Chiaramente, molti dettagli della reazione BAP con Pt rimangono da chiarire. Un ulteriore studio di questa reazione unica è probabile che contribuisca non solo alla nostra comprensione della chimica redox del P e delle reazioni di trasferimento del fosforile, ma anche alla nostra conoscenza del trasferimento di idruri, delle reazioni che producono H2 e del ruolo dei composti ridotti del P in natura.

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