1861年1月29日、カンザスは自由州として連合に加盟し、南部の大義を打ち砕いた。 それでもカンザス州東部の多くのコミュニティーには南部勢力が根強く残っていた。 南北戦争が勃発すると、約2万人のミズーリ州の男性が北軍に、約1000人が南軍に入隊した。 しかし、多くの南部住民はカンザスが自分たちの故郷であり続けることを願い、北軍を全面的に支持した。
領土から州への移行は、カンザスの要塞の種類にいくつかの変化をもたらした。 党派的な対立がなくなったのである。 それでも多くの入植者の砦はインディアンの攻撃から守るために存在した。 南北戦争中、カンザス州に南軍の拠点として存在したのは、おそらくリビングストン・ハイドアウトの1カ所だけであろう。 しかし、カンザス側のワイアンドット（カンザスシティ）とオラース地域には、他の常設の隠れ家が存在した可能性がある。 残りはすべて北軍側であった。 また、砦の数も増加した。 1861年に26あった州内の砦は、1864年には43に増加した。 1865年の終戦までに、州にはまだ36の砦とポストがあった。
砦はまだ領土時代と同様の目的を果たしていた。 陸軍は、インディアンから旅行者や入植者を守るために、いくつかの砦を維持した。
スコット砦、レブンワース砦、ライリー砦のような他の砦は、西部に広がる砦群の管理本部として機能した。 レブンワース砦とスコット砦はまた、インディアンテリトリー、ミズーリ、アーカンソーの一部を南部連合から取り戻すための主要な作戦拠点となった。 ライリー、レブンワース、スコットはその他の雑多な用途に使われた。 ライリー、レブンワース、スコットには南軍の捕虜が多数収容されたこともあった。 レブンワースは捕虜となった南軍兵士を “Galvanized Yankees “に変えるために使われた。
このGalvanized Yankeesは南軍兵士を新しい北軍中隊に編成し、インディアンが通過する領土の奥地にある開拓砦に配置するために使われた。 彼らは元同盟軍と戦うことを拒否したため、南軍との戦闘に使われることはなかった。
これらの「改心した」南軍兵士は、他の北軍兵士から軽蔑された。なぜなら、北軍兵士は、彼らがまず連邦への反逆者として証明し、次に南軍への反逆者となったと考えたからだ。 このように、彼らは救いのない二重の裏切り者とみなされたのである。 また、ガルバニック・ヤンキーは、北軍に入ったからといって、故郷の南部で尊敬されることはないだろうと考えていた。
Fort ZarahとFort Larnedには、一時期、これらの元南軍捕虜が多数駐屯していた。
ちなみに、陸軍が設置した砦のほとんどは、南軍と戦うために集められた志願兵や民兵によって、ある時は完全に配置されていた。 また、陸軍の砦に与えられた機能には、郵便局としての役割やインディアン機関の本部となることも含まれていた。
南北戦争が始まると、多くの地域が砦を築いたが、そのほとんどは丸太で造られたものだった。 これらの砦の中にはユニークな任務を持つものもあった。 ハンボルトでは、1つは要塞化された工場であり、もう1つは要塞化された乾物屋であった。 ドリンクウォーター砦は郵便局として、モンゴメリー砦（ユーレカ）は学校として使用された
軍やコミュニティの砦の強さは大きく異なっていた。 意外なことに、コミュニティによって建設された砦のいくつかは、軍によって建設されたものよりもかなり防御力が高かった。 しかし、非常に強力な砦のいくつかは、陸軍によって築かれたものであった。 レブンワース砦を見下ろすように建てられたサリー砦は、実質的に難攻不落の立地条件であった。 バクスター・スプリングスのキャンプ・ベン・バトラーも実質的に難攻不落の場所に建っていた。 一般に、多くの軍事要塞は、建物や草ぶき屋根の掘っ立て小屋の集まりとして始まり、本格的な攻撃が行われた場合には、防御が困難であったであろう。 ドッジ砦やザラ砦も、最初は弱い砦だった。 南北戦争勃発後、カンザス州は3つの出来事により、急速に砦やポストを増設することになった。 1つは、陸軍がカンザス東部の南軍ゲリラの攻撃を排除しようとしたが、失敗したことである。 1861年と1862年の2回、南軍の正規軍がカンザス南東部に進駐してきたのである。 また、1862年5月、ジョン・ジャンパー中佐率いる南軍インディアン軍は、カンザス南西部のラーンド砦を奪取するために組織された。 しかし、インディアンはこの作戦に興味を失い、砦に到達することはなかった。
1863年3月13日、トーマス・ユーイング・ジュニア大佐は准将に昇進し、カンザス州全域と他の管轄区の一部を含む国境地帯の指揮を任されることになった。 ユーイングの任務は、ゲリラの攻撃から国境を守ることでした。 そのためにユーイングは、カンザス州とミズーリ州の境界に沿って、北はミズーリ川から南はインディアン準州の境界まで、陸軍基地を配置することに決めました。 彼は、10マイル以上離れないような十分な数の基地を求めました。 コールドウォーターグローブ、ポトシ、バクスタースプリングスのような新しい拠点が建設された。
1863年夏までに、国境に沿った一連の拠点がカンザスでのゲリラの略奪を終わらせると思われていた。 しかし、いくつかの小さな襲撃が行われ、カウンシル・グローヴの西でも襲撃が行われた。 ゲリラは陸軍の部隊から逃れ、その多くは巡回任務には未熟であった。 また、北軍はゲリラが持っている馬や武器より質が劣ることが多かった。 最後に、ユーイングの指揮下にあった北軍将校の中には、まさに無能な者もいた。
それにもかかわらず、誤った安心感が蔓延していた。 例えば、ローレンスは、住民が市内で銃器を所持することを禁じる条例を可決したほどである。 すべての武器と弾薬は、町の武器庫に保管されることになっていた。 町の2つのキャンプにいる新兵でさえ弾薬を持たず、ローレンスの部隊の指揮官はサイドアームを武器庫に保管しなければならなかった。
この誤った安心感は、ある暑くて晴れた8月の日に突然壊された。 8月20日の午後、ゲリラ司令官ウィリアム・C・クアントリルと約450人の従者がカンザス州に乗り込み、ローレンスに向かいました。 驚いたことに、多くの人がクアントリルの動きを察知し、ミズーリ州境のすぐ西にあるオーブリーの守備隊は、ゲリラが自分たちの持ち場の近くを通過するのを見守っていたのです。
翌朝、クアントリル軍は無防備なローレンスに押し寄せ、南北戦争で最悪の残虐行為を行いました。 ローレンスの大部分は略奪され、焼失しました。 事実上無防備な約180人の男性や少年が射殺されました。 約6000人の北軍兵士とカンザス州とミズーリ州の民兵がゲリラ部隊の捕獲と破壊を試みましたが、事実上すべてのゲリラは逃走しました。 8863>
ユーイングはこれに対し、一般命令第11号を発し、国境のミズーリ側の広大な地域の事実上の過疎化を命じた。 これは、ゲリラの活動拠点を奪うことも目的の一つであった。 しかし、ゲリラの攻撃は衰えず、多くの罪のないミズーリ人がユーイングの命令によって罰せられた。
クアントリルは10月6日に現在のバクスター・スプリングスにあるブレア砦（バクスター砦）をも攻撃している。 砦の保持には成功したが、北軍兵士と陸軍職員91名が死亡、25名ほどが負傷した。 ゲリラは3人から30人が死亡し、少なくとも3人が負傷したと推定される。
ちなみに、ゲリラの襲撃を阻止できなかったにもかかわらず、ユーイングが設置した砦のほとんどは残されています。 ある程度の抑止力にはなったのです。
1864年、インディアンとの対立が激化し、新しいコミュニティや陸軍の砦が建設されることになった。 1864年3月には、インディアン部族の間で、白人をインディアンの居住地域から排除することを主題とした多くの会議が開かれたようである。 春の終わりには、平原インディアンはカンザスの西3分の2の白人入植地と旅行者を攻撃し始め、白人を追い出そうとした。
その結果のひとつが、ラーンド砦とエルズワース砦からの馬を確保するための襲撃の発生であった。 また、倹約できる部隊はすべて南軍との戦いに送られたため、いくつかの守備隊を強化するためにヤンキー部隊の活力が使われた。 いくつかの入植者の砦は、インディアンの攻撃から地域を守るために使用されました。 敵対するインディアンから地域を守るために、多くの新しい陸軍基地とコミュニティの砦が建設されました。 8863>
1864年秋、元ミズーリ州知事のスターリング・プライス（Sterling Price）将軍が、セントルイスを占領しイリノイ州に侵攻する南軍の作戦（プライスのミズーリ襲撃）の指揮官に選ばれ、カンザス州の西3分の2は次の冬にかけて包囲下に置かれた。 この侵攻は8月28日、プライスが12,000人の装備の整わない兵を率いてアーカンソー州南西部を出発したところから始まった。 彼はセントルイスを征服し、保持することを期待していた。 しかし、そこにいた6,000人の北軍に直面し、プライスは計画を変更した。 8863>
プライスは連邦軍やミズーリ州の民兵と常に対峙し、どの地域も永久に占領することができなかった。 彼の侵攻は、アーカンソーとテキサスの南軍の支援から遮断されたため、華麗な襲撃と化した。 しかし、プライスがセントルイスから西に向かうと、カンザス当局が心配した。 10月中旬には、プライスはカンザスシティに近づいていた。
プライスの脅威は、東カンザスの多くの砦やポストの状況を変化させる反応を引き起こした。 多くの地方は南軍を迎え撃つために軍隊を派遣した。 多くの小さな陸軍基地は、できるだけ多くの兵士がプライス軍に立ち向かえるよう、空けられたり、骨格部隊に縮小された。 レブンワース砦、ローレンス、トピカ（州都）を南部連合軍から守るために、新しい砦が設置された。 プライスはレブンワース砦で食事をしたいとコメントしたが、これは彼がその重要なポストを攻略することを望んでいることの表れであった。 プライスは西への移動を続けたが、10月23日のウェストポートの戦いで決定的な敗北を喫した。 ウェストポートはカンザスシティの南東に位置する。 この敗北により南軍の前進は終わり、侵略者は安全な領域への素早い撤退を余儀なくされた。
この撤退はカンザス・ミズーリ州境に沿って行われ、多くの南軍の存在はユーイングが築いた基地のラインを崩壊させることになった。 南下する途中、多くの拠点が脅かされ、トレーディングポストとポトシの陸軍拠点は一時プライスの部下に占拠された。 10月25日、マインクリークの戦いで南部連合軍は再び敗北した。
この戦いの日、旧リンカーン砦は南軍によって破壊された。 プライス軍はフォート・スコットの街と基地を脅かした後、この地域から去った。 プライス軍の襲撃で連邦軍が放棄したいくつかの砦は再開されることはなかった。
プライスの襲撃が終わると、国境沿いのゲリラの活動は衰えた。 しかし、1865年4月にロバート・E・リー将軍がバージニアで降伏してから約1年後まで、完全に消滅することはなかった。 その時初めて、ほとんどのコミュニティと陸軍の拠点が必要とされなくなり、閉鎖されたのです
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